选中右侧的设置情况，如果输入的数据的形式属于配子片段已知的单倍型数据或基因型数据，则操作界面如下
继续设置，点击Molecular diversity indices （在分子水平上计算遗传分歧度的几个参数）
设置后，出现如下图的结果
Standard diversity indices:计算几种常见的分歧度参数，如等位基因的数目、分离
位点的数目、杂合的水平等.
Molecular diversity indices:隔离位点的数目(s)、单倍型的数目（nh）、单倍型的多样性（Hd）
Compute minmum spanning network among haplotype:利用每个居群的单倍型数据计算最小支撑树和最小支撑扩张网络图。
Molecular distance：选择遗传距离，包括配对差异距离和核苷酸差异数的百分比。 Theata（Hom）:通过估计观测到的纯质性H而得到一个参数 Theata（s）: 通过估计观测到的隔离位点S的个数而得到的一个参数 Theata（k）: 通过估计观测到的等位基因K的个数 Theata（π）通过平均配对差异数而得到的一个参数。
点击Arlequin configuration 出现如下的结果
点击Browse ,选择要分析的数据，如下图
点击打开如下图
点击project wizard 进行设置，这里面数据的设置，可以通过view project 打开的文本格式来作为参考，进行设置
点击view project 出现的文本格式中包含了所要设置的数据的情况