2、从整个社会角度来看，特殊性税务处理并不会造成重复纳税。
上例中，股权收购后，A公司将持有的M公司100%股份转让后，A公司实现所得2亿元，该所得从理论上来看应归属于其新股东B公司所有，而当B公司将持有A公司的股票转让给C公司后，该项所得应归属于C公司。假设，C公司以5亿元购买B公司持有的A公司股票后，A公司派发红利0.75亿元，对于C公司属于符合条件的股息红利免税，而转让其持有的股权时，由于A公司已经将该项股权蕴含的股息发放，从理论上来看，C公司只能转让价格3亿元。即：C公司持有B公司股票的计税基础为5亿元，转让价格为3亿元，形成了2亿元的损失，而该项损失是可以弥补其他所得的，因此重组业务形成两次所得和一次损失，从整个社会来看，仍然是一次所得，并未形成重复纳税。如果A公司一直未分红，清算时，由于被清算企业的未分配利润可以从剩余资产中扣减，仍然可以得出上述结果。
3、如果允许A公司持有M公司股权的计税基础为5亿元，税收漏洞太大，即使从征管的角度来看，也不应允许。例如，B公司持有M公司股权计税基础为3亿元，公允价值为5亿元，B公司同C公司达成股权转让协议，要转让该项股权。为了避税，B公司做了以下策划：
第一步，将M公司的100%股权投资给关联企业A公司，该步骤为符合特殊性税务处理的股权收购，B公司不征税，同时A公司按照5亿元确认计税基础。
第二步，由A公司将股权转让给C公司，转让价款5亿元，由于其计税基础为5亿元，A公司不征税。
通过以上步骤，B公司转让M公司股权没有缴纳税款，虽然未来B公司转让A公司股权时，股权转让所得将会实现，但很可能B公司转让A公司股权遥遥无期。
4、59号文件中特殊性税务处理适用是可以选择的，并没有硬性规定符合特殊性税务处理条件的必须选用特殊性税务处理，因此如果纳税人认为一般性税务处理不符合企业整体税收利益，可以选用一般性税务处理。
在重组实践中，以上问题一直是焦点争议问题，对该问题应予以明确，消弭争议。
五、资产收购中被收购资产比例的确认
案例5：M公司资产账面价值为1亿元，净资产公允价值为2亿元。2011年2月，A公司收购M公司账面价值为75%，公允价值为70%的资产。
问题：该项资产收购是否符合特殊性税务处理条件？
第一种观点，认为59号文件中被收购资产比例不低于75%，是指账面价值的比例。因此该项资产收购符合特殊性税务处理条件。
第二种观点，认为59号文件中被收购资产比例不低于75%，是指公允价值的比例，因为被收购资产公允价值占M公司总资产公允价值比例的70%，达不到资产收购比例，因此该项资产收购不符合特殊性税务处理条件。
分析：资产收购与股权收购本质是一样的，股权收购中被收购股权比例不低于75%，显然是对被收购企业净资产公允价值不低于75%的收购，因此以此类比，资产收购中被收购比例也应当是资产公允价值的75%。因此在理论上，笔者赞同按照第二种观点公允价值确认。但是，按照公允价值确认比例也有两个缺陷，一是在适用特殊性税务处理的资产收购中，由于被收购企业不确认所得，所以无需进行资产评估，如果对被收购资产比例按照公允价值确认，被收购企业必须对所有资产进行评估，才能得出是否符合被收购比例的结论，需要付出评估费用，加重了企业负担；二是公允价值容易被操纵，例如，被收购资产账面价值比例只有65%，可能通过评估的方式，不公允的将被收购资产评估为75%，从而达到符合特殊性税务处理的条件。
综上，从理论上被收购资产比例应当按照公允价值确认，如果考虑实践中被收购企业评估费用负担及操纵评估价值问题，也可以确定为账面价值，但目前59号文件中并没有明确界定，应当完善政策，明确被收购资产比例到底是按照账面价值还是公允价值确认。
六、企业合并、分立中税收优惠金额的界定
案例6：A公司为外商投资企业，两免三减半税收优惠已经享受完毕，M公司从2008年开始享受过渡期税收优惠政策，2010年12月31日，A公司对M公司吸收合并，该项合并适用特殊性税务处理。合并日A公司净资产账面价值为1亿元，公允价值为1.5亿元，M
公司净资产账面价值为4000万元，公允价值为5000万元。2011年存续企业A公司实现应纳税所得额3000万元。
问题：4号公告28条规定，在适用特殊性税务处理情况下，合并前各企业剩余的税收优惠年限不一致的，合并后企业每年度的应纳税所得额，应统一按合并日各合并前企业资产占合并后企业总资产的比例进行划分，再分别按相应的剩余优惠计算应纳税额。
这里的资产比例是指按照公允价值比例，还是账面价值比例呢？
第一种观点认为，应该按照净资产账面价值比例来享受税收优惠。
税收优惠金额=3000万×（4000万÷1.4亿）=3000万×28.57%=857.14（万元）
应缴企业所得税=857.14×25%÷2+（3000-857.14）×25%=642.86（万元）
第二种观点认为，应该按照公允价值比例来享受税收优惠。
税收优惠金额=3000×（5000万÷1.5亿）=3000万×33.33%=1000（万元）
应缴企业所得税=1000万×25%÷2+（3000-1000）×25%=625（万元）
分析：在特殊性税务处理条件下，被合并企业税收优惠之所以按照资产比例来享受，是将资产的盈利能力与税收优惠挂钩，而资产的盈利能力与资产的公允价值相关，与账面价值无关。因此，从理论上来看，这里的资产比例按照公允价值更为恰当。但是基于特殊性税务处理条件下，尤其是同一控制下的合并，一般企业不进行资产评估，难以取得公允价值，且公允价值容易操纵，从征管的角度出发，也可以规定按照账面资产比例确定。
目前，59号文件对此的界定并不清晰，鉴于过渡期优惠政策在2012年仍有可能适用，建议总局进一步明确政策。
七、吸收合并当年弥补亏损的处理
案例7： 2011年6月30日，A公司对M公司实施了吸收合并，合并日M公司净资产公允价值为1亿元，M公司有未弥补亏损4000万元。
问题：由于2011年1—6月，M公司在注销前要做一次汇算清缴，在税收上看做一个年度。而2011年7—12月，由存续企业统一汇算清缴，当年汇缴时弥补被合并企业M公司亏损是否看做一个弥补亏损年度？弥补当年的亏损是否有金额限制？
第一种观点认为，存续企业A公司在汇算清缴时，也看做一个对被合并企业亏损的弥补年度，同时应对当年被合并企业弥补亏损限额限制，但无需按照合并后当年月份来计算亏损限额。
当年可弥补亏损限额=1亿元×4.3%[1]=430（万元）
弥补亏损年度为2011、2012、2013、2014、2015
第二种观点认为，存续企业A公司在汇算清缴时，可以直接弥补当年亏损，不看做亏损弥补年度，但是应对当年被合并企业弥补亏损限额加以限制，并按月份计算限额。
当年可弥补亏损限额=1亿元×4.3%×（6÷12）=215（万元）
弥补亏损年度为2011（当年）、2012、2013、2014、2015、2016
分析：笔者赞同第二种观点。59号文件之所以规定被合并企业亏损弥补限额为截止当年年末国家最长发行的国债利率与被合并企业净资产乘积，是因为要保证被合并企业的亏损应当由被合并企业资产产生的盈利来弥补，而被合并企业资产产生的盈利用代表社会平均利润率的国债利率来测算。
明白了以上道理，该问题就不难解决了。第一，被合并企业资产在2011年对存续企业产生的盈利，只有半年的贡献，因此弥补亏损限额应该按照半年计算，即215万元；第二，任何企业弥补亏损其实都是6年，即当年度和以后5年，因此吸收合并不能剥夺企业当年下半年盈利弥补以前年度亏损的权利，因此2011年汇缴不能算作5年弥补亏损的一个年度，即2016年仍然是弥补被合并企业亏损的年度（假定2016年仍然有符合条件的亏损）。
以上分析体现的法理是明确的，但是由于59号文件未对此细节进行明确，导致实践当中执行不一，建议总局对此政策进行完善。
八、亏损企业合并盈利企业弥补亏损问题
案例8：M公司截至2010年12月31日有未弥补亏损6000万元，A公司为盈利企业。A公司酝酿以承担负债的方式吸收合并亏损企业M公司，由于在一般性税务处理条件下，被合并企业的亏损不允许弥补，即使是特殊性税务处理，被合并企业的亏损弥补也受到限制，由于M公司的净资产为0，实际上不能弥补被合并企业亏损。因此，双方策划，以亏损企业M公司吸收合并A公司。
问题：无论是一般性税务处理，还是特殊性税务处理情况下，吸收合并中存续企业的亏损是否不受任何限制？
分析：
目前59号文件并没有规定对存续企业的亏损做任何限制，因此以上策划至少在理论上是可行的，但客观上会造成避税的效果。如果出现这种情况，笔者认为虽然有避税的可能性，但不可因噎废食，决然规定存续企业的亏损也要受到弥补亏损的限制，因为大多数情况下亏损企业弥补盈利企业不一定没有合理的商业目的。如果在亏损企业弥补盈利企业的确造成巨额避税效应的，应区分特殊性税务处理和一般性税务处理，区别对待：
1、特殊性税务处理情况下，可以没有合理的商业目的为理由，不允许企业享受特殊性税务处理。
2、一般性税务处理情况下，可以用一般反避税条款启动反避税调查。
综上，关于亏损企业吸收合并盈利企业，应当在税收政策中明示限制，但也不能反避税过头，损害纳税人的合理利益。
九、通过股权收购进而同一控制下的吸收合并扣除商誉问题
案例9：M公司资产计税基础8000万元，公允价值为1亿元，B公司全资持有M公司股份，股权计税基础为5000万元。由于M公司的品牌、渠道、人力资源等在行业中具有比较优势，经A公司与M公司的母公司B公司协商，A公司并购M公司价格定为1.5亿元。由于《企业所得税法实施条例》第六十七条规定，外购商誉的支出，在企业整体转让或者清算时，方可准予扣除。因此，A公司支付的超过1亿元的合并商誉，难以即时在企业所得税前扣除。