殊性税务处理条件。可见，“多步骤交易原则” 是“双刃剑”，有时有利于企业的税收利益，有时对企业的税收利益不利。
一般而言，案例13是标准的“多步骤交易原则”运用，实践中无异议。而案例14是否运用“多步骤交易原则”判定该项交易不符合特殊性税务处理条件，实践中存在异议，有一部分观点认为，既然M公司减资时已经就15%部分缴纳税款，就应当允许剩余部分享受特殊性税务处理条件。笔者认为上述交易不符合特殊性税务处理条件，当鉴于目前对政策的解释并不十分清晰，建议完善政策，明晰“多步骤交易原则”的实际含义。
十四、持有部分股权的股权收购问题
案例15：2005年，A公司和B公司投资成立M公司，A公司持有M公司40%股权，剩余60%股份由B公司持有。2011年2月，A公司收购M公司60%的股权，由于A公司已经持有M公司40%股份，因此收购股份比例只能是剩余的60%。
问题：该项股权收购是否符合收购股权75%的比例限制？
第一种观点，股权收购中，收购完成后，收购企业合计持有被收购企业75%以上的股权即可，因此本项股权收购符合特殊性税务处理条件。
第二种观点，股权收购中，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%，是指一次收购比例，而不是收购方收购完成后合计持有被收购企业股份比例，因此本项股权收购不符合特殊性税务处理条件。
分析：59号文件第10条规定，企业在重组发生前后连续12个月内分步对其资产、股权进行交易，应根据实质重于形式原则将上述交易作为一项企业重组交易进行处理。因此，如果在重组前后连续12个月内收购的股权，可以合并计算收购股权比例，如果超出了12个月，不符合“多步骤交易原则”的定义，不能合并计算收购股权比例。本案例中，A公司取得的40%股权比例是2005年投资取得的，距离2011年2月，已经远远超过了12个月，因此两项股权不能合并计算收购股权比例，本次股权收购不符合特殊性税务处理条件。
本次股权收购，企业应该采取A公司先转让15%股份给B公司，然后再收购B公司15%股份两步达到目的，这样只就其中的15%股权缴纳税款，而不是60%股权部分缴纳企业所得税。
十五、涉外重组中，境外预提所得税率未发生变化是否包含股息所得
案例16：A公司是一家注册在台湾的企业，M公司是A公司全资持有在上海注册的外商独资企业；B公司是A公司注册在香港的另一家全资子公司；2011年2月，A公司将持有的M公司100%股权投资给香港的B公司，对B公司增资。资产重组后，台湾A公司全资持有香港B公司股份，香港B公司全资持有上海的M公司，即该项重组将A公司的子公司M公司变为了孙公司。
问题：该项资产重组行为是否符合特殊性税务处理条件？
第一种观点认为，59号文件第七条第（一）款规定，适用特殊性税务处理，除满足59号文件第五条规定的5个条件外，还必须满足：“非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在3年（含3年）内不转让其拥有受让方非居民企业的股权”。
在本案例中，非居民企业台湾A公司向其100%直接控股的香港B公司转让其拥有的居民企业M公司100%股权，以后香港B公司转让该项股权时，股权转让所得适用税率10%，与重组前，如果由台湾A公司直接转让上海B公司股权适用的10%税率相同，因此股权转让行为没有造成以后该项股权转让所得预提税负担发生变化。如果该项重组符合其他的条件，则适用特殊性税务处理。
另外一种观点认为，59号文件中“股权转让所得预提税负担变化”包括了股息红利所得，由于台湾公司受到大陆公司股息红利的预提所得税适用税率10%，而香港公司如申请双边税收协定适用股息预提所得税税率5%，因此该项股权转让后，“股权转让所得预提税负担”发生了变化，因此不能适用特殊性税务处理。
分析：笔者同意第二种观点，即：该项资产重组如符合其他条件，可以享受特殊性税务处理。首先，59号文件文字表述为“股权转让所得[3]预提税负担变化”，从直观的文字含义可以判断，59号文件只限定股权转让所得，而没有提及股息红利预提税负担变化的问题。
59号文件本条的立法本意在于，假如台湾A公司在韩国有全资子公司B公司，而目前根据中韩双边税收协定，韩国公司转让中国居民企业股权，中方不征收预提所得税，因此A公司将中国境内全资子公司转让给韩国公司后，未来韩国公司转让中国居民企业M公司将不征收预提所得税，相比较重组前台湾A公司直接转让大陆居民企业M公司股权需要按照10%缴纳预提所得税，“股权转让所得预提税负担”发生了变化，因此该项重组不符合特殊性税务处理。
当然M公司由台湾公司直接控股改为由香港公司控股，未来股息红利预提所得税负担减轻了，但是如果香港公司不是导管公司，其本身就应当享受这样的协定待遇，59号文件中特殊性税务处理适用条件中，合理的商业目的是非常重要的一条，该条款规定，只要企业重组行为不主要是为了避税的目的即可，并没有排除重组行为如取得税收利益，一律不符合特殊性税务处理条件；如果重组后的B公司只是导管公司，根据国税函【2009】601号文件规定，则不能享受5%的优惠税率，也就是说是否能够享受5%优惠税率问题是由另外的文件体系加以规范的，反避税不能过头，处处设防。
当然，对于该问题，实践中争议非常大，建议财政部和总局明确政策，消弭争议。
十六、境外母公司合并分立导致居民企业股权发生变化的是否征收预提所得税
案例17：M公司是一家注册在国内的外商独资企业，A公司是注册在香港的一家非居民企业，A公司是M公司的母公司。2012年2月，香港B公司对A公司实施了换股吸收合并，以定向增发支付A公司股东的代价，将A公司吸收合并，吸收合并后，M公司的母公司由A公司换成了B公司。
案例18：M公司是一家注册在国内的外商独资企业，A公司是注册在香港的一家非居民企业，A公司是M公司的母公司。2012年2月， A公司进行了存续分立，分立后A公司将包含持有M公司的股权的一部分净资产分离，并新设分立公司A1公司。M公司的股东由A公司换成了A1公司。
问题：M公司股权的转移，是否可以申请特殊性税务处理，在国内不申报预提所得税？
第一种观点，涉外重组中，只有同时符合59号文件第五条（一般标准）和第七条（涉外特殊标准）条件才能享受特殊性税务处理，而第7条中并没有列举因境外母公司合并分立导致股权变化问题，因此该项股权转移需要缴纳预提所得税。
59号文件第七条第4款规定：财政部、国家税务总局核准的其他情形可以享受特殊性税务处理。因此，上述案例如果想免缴预提所得税，只有申请财政部、国家税务总局特别核准。
第二种观点，59号文件第7条只是列举的三项条件，并非涉外重组享受特殊性税务处理的全部情形，因此如果境外母公司合并、分立符合59号文件第五条规定的5项条件，可以向省级税务机关备案，要求享受特殊性税务处理条件。
分析：上述两种观点，各有道理，从59号文件的文字表述来看，应当是倾向于第一种观点，体现了对于涉外重组非常谨慎的政策态度。但如果“一刀切”，在政策上也并不适当，尤其是境外公司的大型重组，如果其境内控股企业全部缴纳预提所得税，显然会影响重组的进行。因此笔者建议总局明确政策，完善59号文件第七条规定的标准体系，在加以限定的基础上[4]，允许境外母公司合并分分立情形造成的特殊性税务处理可以申请特殊性税务处理待遇。
十七、在企业合并、股权收购采取特殊性税务处理条件下自然人股东是否需要纳税
案例19：M公司有两个股东，分别是A公司持有90%股份，张先生持有10%股份，2011年2月，B公司对M公司实施了换股吸收合并，合并后，A公司持有B公司9%的股权，张先生持有B公司1%的股权。
案例20：2011年2月，B公司收购M公司全部股权，股权收购后，M公司存续，A公司持有B公司9%的股权，张先生持有B公司1%的股权,B公司持有M公司100%股权。
问题：在本次重组整体符合企业所得税特殊性税务处理条件下，张先生取得的股权支付额，是否可以不缴纳个人所得税？
分析：59号文件是企业所得税的政策文件，而不是个人所得税文件[5]，因此依据国家税务总局2011年第41号公告，张先生应该缴纳个人所得税。但对于张先生而言，本次合并没有现金流流入，缴纳个人所得税缺乏纳税必要资金。
在政策层面，很容易得出结论，由于个人是企业的终极股东，因此目前在个人所得税层面上没有重组优惠政策，应当一律纳税（大连地税局规定了合并分离的特殊纳税公式）[6]，但这种政策设计是否完全合理，确有探讨之处。关于重组中涉及的个人所得税问题，是重组政策热点之一，企业所得税和个人所得税都属于所得税范畴，两个税种应当有起码的协调，改变“马路警察，各管一段”的政策割裂方式出台文件。
十八、如果在重组年度未按规定备案被税务稽查查出后是否允许补充备案
案例21：M公司资产计税基础为6000万元，公允价值1亿元，A公司持有M公司100%的股权。2010年12月，B公司定向增发相当于1亿元的股票换取A公司持有M公司的全部股权。该项重组业务实质符合59号文件规定的特殊性税务处理条件，但重组主导方A公司在2010年度汇算清缴结束之前，未在税务机关备案。2012年6月，税务机关在对A公司进行税务稽查时，发现了该问题。关于A公司是否可以使用特殊性税务处理问题，税务机关内部分为两种意见：
第一种意见，虽然A公司未在重组年度按照规定进行备案，但该项重组实质完全符合特殊性税务处理条件，《资产损失管理办法》（国家税务总局25号公告）中都允许纳税人对实际资产损失追溯享受，因此也应当允许A公司按照4号公告的要求补充备案，补充备案后，可以享受特殊性税务处理，不再补缴企业所得税款。
第二种意见，59号文件第11条规定，企业发生符合本通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。
由于具体的重组要求直到2010年才出台，因此4号公告又规定：“2008、2009年度企业重组业务尚未进行税务处理的，可按本办法处理”。即：对2008、2009年度的重组业务，可