以在2010年汇算清缴之前补充备案。但本案例是2010年的重组业务，此时4号公告已经颁布，不能再允许企业补充备案，因此应该要求A公司调整应纳税所得额4000万元。
分析：59号文件中的特殊性税务处理，并不是强制享受的，在重组年度企业可以选择适用一般性税务处理或者是特殊性税务处理，A公司未在2010年度备案，就认为是已经选择了一般性税务处理，不应再允许追溯备案，因此笔者赞成不允许企业补充备案，而是立即补缴税款。
事实上，特殊性税务处理只是递延纳税，在重组当事人有亏损因素情况下，适用特殊性税务处理未必一定符合企业最终税收利益，因此如果允许纳税人任意补充备案，就是允许纳税人任意调节税款享受方式，25号公告中的实际资产损失，是确定性没有选择余地的税收事项，同特殊性税务处理截然不同，不能混为一谈。
在国家税务总局对资本交易税务稽查越来越重视的情况下，建议总局应当完善政策，明确适用。
[1] 这里的4.3%，是根据59号文件规定，特殊性税务处理条件下，被合并企业年度弥补亏损限额等于被合并企业公允价值与截止当年年末最长期限国债利率的乘积。截止到2011年12月31日，为50年国债，利率4.3%。
[2] 也有一种观点认为，本案例中A公司持有M公司的30%股权视作股权支付额的一部分。例如A公司持有M公司90%股份，B公司持有M公司10%股份，M公司净资产公允价值1亿元。A公司支付给B公司1000万元现金，对M公司实施了吸收合并，如果将A公司未持有股份部分公允价值1000万元，看做交易支付额，则本次重组股权支付额为0，如果将A公司原持有M公司90%股份，虽然无需支付对价，但是也看做股权支付额，则股权支付比例为90%。笔者认为后一种观点更为恰当。在此案例中，不再展开叙述。
[3] 还有一种说法将该句话断句为：“股权转让+所得预提税负担发生变化”，进而解释“所得预提税负担变化”就是包括了股息红利所得。对这种近似儿戏的文字游戏说法不予置评，笔者以为，即使立法者要限制因此而造成的股息红利税负较少的情形，也应当以明确的政策法言法语加以表述，出台文件时并未考虑周全，补充文件解释即可，不必以文字游戏文过饰非。
[4] 例如，为了防止境外公司变相变现，可以严厉的要求境外取得股份支付的原主要股东，其持有股权在36个月内不允许转让取得的股份等类似限制措施。
[5] 企业所得税与个人所得税重组政策不能混用，例如：苏宁环球案件中，张氏父子以持有84%的南京浦东建设公司股权换取苏宁环球定向增发的股票，如果持股人是法人公司，而不是自然人，则符合被收购股权在75%以上的限定条件，可以享受特殊性税务处理。
[6]大连市的《大连市地方税务局关于加强企业注销和重组自然人股东个人所得税管理的通知》（大地税函[2009]212号）文件规定：
企业合并，被合并企业应当按照清算进行所得税处理，其自然人股东的个人所得税管理按照本通知第一条规定执行。
对按照《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号)规定，企业合并选择特殊性税务处理的，以被合并企业合并前的企业期末留存收益、资本公积和非股权支付对应清算所得和损失之和，按股东所占股份比例计算的部分确认为应纳税所得额，计算征收“利息、股息、红利所得”项目个人所得税，应纳税所得额=[企业期末留存收益+企业期末资本公积+(被转让资产的公允价值-被转让资产的计税基础)×(非股权支付金额÷被转让资产的公允价值)]×股东所占股份比例。
被转让资产的计税基础)×(非股权支付金额÷被转让资产的公允价值)]×股东所占股份比例。
企业分立后，被分立企业存续的，其自然人股东取得的对价应当视为被分立企业的分配，在扣除投资成本后确认为所得，按“利息、股息、红利所得”项目计算征收个人所得税。
企业分立后，被分立企业不存续的，被分立企业应当按照清算进行所得税处理，其自然人股东的个人所得税管理按照本通知第一条规定执行。
对按照《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号)规定，企业分立选择特殊性税务处理的，以被分立企业分立前的企业期末留存收益、资本公积和非股权支付对应清算所得和损失之和，按股东所占股份比例计算的部分确认为应纳税所得额，计算征收“利息、股息、红利所得”项目个人所得税，应纳税所得额=[企业期末留存收益+企业期末资本公积+(被转让资产的公允价值-被转让资产的计税基础)×(非股权支付金额÷被转让资产的公允价值)]×股东所占股份比例。