意根“遍能嘱当五识之事”，所以其地位、作用非常关键，凡、圣的区别亦在于此：
凡俗愚人，是六种识随缘系缚，亦不能知五根有处，意根无处，谓各各缘，不能了知总别之相，是名凡夫分张识相，生死根栽。
凡夫的特点是，随时随地地不断攀缘种种境界，从不停息，更不了知事实真相，所以处于不停的流转之中，意根的能觉作用，在凡夫地虽然存在，却未发挥作用。菩萨则异于此： 新学菩萨用第七识金刚利智，观察五阴、十八界等，无有集散，虚妄不实，无名无字，无生无灭，是时意根，名为圣慧。……圣名无著，亦名清净，能度众生，立照为圣。无著者，以圣慧根觉知六根空无有主，觉知六尘无色，觉知六识无名无相，如是三六，无灭、无取、无舍。断一切受，故名无著。虽知己身及外众生诸法实相，亦能生知众生根性，是故名圣，得阴界实相，舍一切著故，名无著。若无爱著，即无染累，了知诸法，自性清净，毕竟寂然。 从中可以看出，慧思所谓第七转识是意识、意根觉了作用的开显，是对意识、意根在凡夫位时随缘系缚(“六情识”)的被动地位的改转，增加觉照的力量，如理思维、观察，直观地认识到佛所说的诸法实相，从而转生死为涅槃，获得解脱。当这种力量大到一定程度时，就会发生质变，即意根转名为圣慧根，意根“觉”的作用成为圣慧根“照”的功能，而从体上来说，
二者并无二致： ……是故佛言，众生性即菩提性，菩提性即众生性，菩提众生无二知，如此作天人师。凡夫六根，圣人六根，是凡圣根，无一无二，不觉是凡夫，觉了是圣人，生死烦恼根即是圣慧根，凡夫丑陋不净身，即是相好妙法身。 可见，初心菩萨所用的两种识，无论是转识还是藏识，在凡夫身上都是各有根据的：藏识凡圣皆具，转识则是意根觉了作用的发挥。所不同者，凡夫虽有觉了的潜能但未能正确的运用，所以其本具的如来藏的性德隐而不显，只能称为自性清净“藏”，而菩萨由于正确地使用了觉照的作用，转意根为圣慧根，觉了诸法毕竟空寂，开显自心本具的光辉，所以其藏识称为自性清净“心”。
虽然说“凡夫丑陋不净身，即是相好妙法身”，但凡夫丑陋不净身并不等于相好妙法身，二者在功用上尚有天渊之别。倘用“六即”理论来说，凡夫只是“理即佛”——从道理上来说是佛，或者，凡夫理体与佛不二，从凡夫跻身圣贤之列，获得诸佛之福慧，尚需脚踏实地的实践。
总之，慧思大师《随自意三昧》思想的核心在于对无明的剖析和对空观的重视，并以观慧打破无明，从而开显如来藏的种种功德，这一思想奠定了他后面几部作品，如《无诤门》、《安乐行》等的基础，并是其高足智者大师作进一步发挥的基础。(待续)