NCBI使用方法(3)

2019-03-22 11:10

为科学领域的核心刊物提供一个“白皮书”服务。 4、 PubMed 中心(开发中) — PubMed 中心是一个无障碍的 NIH 资源,用于在生命科学领域中 同业互查的基础研究报告。从 2000 年一月开始接受杂志文章。所有在 PubMed 中心的材料将由目前任一 主要的摘要和索引服务中列出的杂志提供,或者在编辑委员会中拥有 3 个以上有主要资金机构的研究经费 的拥有人的杂志提供。 5、 OMIM — 在线人类孟德尔遗传—经常更新的人类基因和遗传失调的目录,有链接到其它相关的 文献参考,序列记录,和相关数据库。 6、 书籍 — 同书籍出版商合作 NCBI 为网络改编了教科书,并把他们链接到 PubMed—生物医药书 目数据库 这是为了给 PubMed 提供背景信息 这样使用者可以探究在 PubMed 搜索结果中不熟悉的概念。 。 , 目前收录的书有: 7 Molecular Biology of the Cell, 3rd ed. Alberts B., Bray D., Lewis J., Raff M., Roberts K., 、 Watson J.D., 1994, Garland Publishing. 8、 外部链接 — 一个登记服务,用于建立从在 Entrez 中的特定的文章,杂志,或生物数据到外部 网址的链接。第三方可以提供一个 URL,资源名字,关于他们网址的简要的描述,和关于从 NCBI 数据的 哪里他们希望建立链接的详细说明。这个详细说明可以用对 Entrez 有效的布尔查询来写,也可以用特定的 文章或序列的标志列表来写。这样 NCBI PubMed 的用户将可以通过“NCBI 小房间”服务(开发中)来选择 哪个外部链接在他们的搜索中是可见的。 9、 引用匹配 — 允许你找到任何一篇在 PubMed 数据库中的文章的 PubMed ID 或 MEDLINE UI D,给出

书目信息(杂志,卷,页码等)。 10、 单篇文章的引用匹配。 11、 许多文章的批量引用匹配。 12、 E-mail 引用匹配也是可以的,也可以用于单篇或许多文章。如果要获得帮助文件,给[email=ci tation_matcher@ncbi.nlm.nih.gov]citation_matcher@ncbi.nlm.nih.gov[/email]写一封只有内容为 HELP 的 E-Mail。 [b]Genomes and Maps Overview:[/b] 1、 Entrez 基因组:人,小鼠,大鼠,酵母,线虫,疟原虫,细菌,病毒,viroids,质粒,和真核 细胞器。 2、 Entrez 基因组(各种物种) 3、 Entrez 基因组 — 超过 800 种在 GenBank 中被完整测序的物种,包括大于 500 种病毒,〉25 种细菌,酵母,和许多 viroids,质粒,和细胞器。还包括正在进行中的基因组,比如人,小鼠,线虫,疟 原虫,果蝇,利什曼原虫,水稻,和玉米。提供完成的基因组/染色体的图形概览,并可以探究那些逐步细 化的区域。也提供那些已经被 NCBI 工作人员分析过的物种的编码区的摘要和 TaxTables。另外,Entrez Map Viewer,Entrez 基因组的一个软件组成部分,提供整合的果蝇(细胞遗传学和序列图谱)和人类(细 胞遗传学,遗传连锁,序列,放射杂交,和其它图谱)的染色体图谱的浏览。 4、 通过每个物种的 Entrez 基因组页面来下载〈350kb 的基因组。 5、 通过 NCBI ftp 站点来下载〉350kb 的基因组—参见在 genbank/genomes 目录下的 readme 文 件,ftp 链接在每个物种的 Entrez 基因组页面上也有。 [b]NCBI 站点地图---其他基因组数据介绍:[/b] 1、 小鼠基因组 1) 小鼠基因组资源向导 :把从各个中心来的各种小鼠相关的资源整合在一起,包括序列,图谱,

和 克隆信息以及指向小鼠种系和突变资源的指针。 2) 小鼠基因组测序:小鼠基因组计划的测序进展,HTG 序列 contigs(可以用大小和染色体号来浏 览)由测序中心的数据建立,可以 contig 或染色体的形式来下载。 3) 小鼠 UniGene :被整理成簇的 EST 和全长 mRNA 序列,每一个代表一种特定已知的或假设的基 因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以 cluster 形式在 Unigene 网页下载, 完整的数据可以从 FTP 站点 repository/UniGene 目录下下载 4) 位点链接(LocusLink) :为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。Locu sLink 给每个位点发布一个稳定的 ID,并提供官方的命名,序列 accesssion number, Unigene 簇,图谱 信息,和相关的网址。LocusLink 是 NCBI,人类基因命名委员会,OMIM 和其它组织的合作结果。Locus Link 目前包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。 5) Entrez :包括了来自〉70000 个物种的序列数据,可以用物种字段来限制记录只在小鼠搜索。 6) 人类/小鼠同源图 :University of California at Davis 的 M. F. Seldin 建立,一张比较人和老鼠 在同源区段 DNA 上基因的表,按在每个基因组上的位置排列。 2、 大鼠基因组 1) 大鼠 UniGene :被整理成簇的 EST 和全长 mRNA 序列,每一个代表一种特定已知的或假设的基 因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以 cluster 形式在 Unigene 网页下载, 完整的数据可以从 FTP 站点 repository/UniGene 目录下下载 2)

位点链接(LocusLink):为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。Locus Link 给每个位点发布一个稳定的 ID,并提供官方的命名,序列 accesssion number, Unigene 簇,图谱 信息,和相关的网址。LocusLink 是 NCBI,人类基因命名委员会,OMIM 和其它组织的合作结果。Locus Link 目前包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。 3、 斑马鱼基因组 1) 斑马鱼 UniGene :被整理成簇的 EST 和全长 mRNA 序列,每一个代表一种特定已知的或假设的 基因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以 cluster 形式在 Unigene 网页下 载,完整的数据可以从 FTP 站点 repository/UniGene 目录下下载 2) 位点链接(LocusLink) :为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。Locu sLink 给每个位点发布一个稳定的 ID,并提供官方的命名,序列 accesssion number, Unigene 簇,图谱 信息,和相关的网址。LocusLink 是 NCBI,人类基因命名委员会,OMIM 和其它组织的合作结果。Locus Link 目前包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。 4、 果蝇基因组 1) 黑腹果蝇主页 : 提供所有可使用的果蝇资源的概要,用图形的方式显示了染色体,允许你通过 Entrez 基因组浏览器的方法来搜索整个基因组的细胞遗传和序列信息。Entrez 基因组提供了对于一个物种 一致的遗传,物理,和序列数据的图形界面。当你用一个基因的代号来搜索时,它给出搜索结果的一个图 形的基因组视图,从那你可以放

大到你所感兴趣的区域的更详细的图谱视图,并且链接到序列数据和包含 更多信息的相关资源。 2) 黑腹果蝇基因组测序的状态 :描述了目前在 GenBank,Entrez Genomes,和 FTP 站点中的数 据的范围 3) Entrez 图谱浏览器 :整合的染色体图谱—图谱浏览器是 Entrez 基因组的一个软件组成部分,用 来显示一个或多个用共同标记或基因名字互相 align 过的图谱,以及用相同序列进行比较过的序列图谱。在 人类基因组数据和搜索技巧文件中有关于目前可以使用的果蝇的序列和细胞遗传学图谱。Entrez 图谱浏览 器的帮助文件提供了关于如何使用这个工具的一般说明。 4) 位点链接(LocusLink): 为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。Locu sLink 给每个位点发布一个稳定的 ID,并提供官方的命名,序列 accesssion number, Unigene 簇,图谱 信息,和相关的网址。LocusLink 是 NCBI,人类基因命名委员会,OMIM 和其它组织的合作结果。Locus Link 目前包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。 5、 线虫基因组 Entrez 基因组:染色体的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数 据。 6、 酵母基因组 1) Entrez 基因组 :染色体的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序 列数据。 2) COGs :相邻类的聚簇 — 来自于完整基因组的基因家族自然系统。COGs 用比较 21 种完整的 基因组的编码的蛋白序列描绘了 17 个主要的种系发生系统。每个 COG 包含至少来自 3 个世系的独立蛋白 或蛋白家族的相邻


NCBI使用方法(3).doc 将本文的Word文档下载到电脑 下载失败或者文档不完整,请联系客服人员解决!

下一篇:发电机的励磁限制与保护的配合整定

相关阅读
本类排行
× 注册会员免费下载(下载后可以自由复制和排版)

马上注册会员

注:下载文档有可能“只有目录或者内容不全”等情况,请下载之前注意辨别,如果您已付费且无法下载或内容有问题,请联系我们协助你处理。
微信: QQ: