体，所以对应了一个古老的保守 domain。 7、 疟原虫基因组 1) 疟原虫遗传学和基因组：提供与疟原虫遗传学和基因相关的数据和信息。资源包括物种特异的序 列 BLAST 数据库（恶性疟原虫，所有疟原虫，以及弓形虫），基因组图谱，连锁标记，以及遗传学研究 信息。链接到其他的疟原虫网站和相关的寄生虫遗传学数据库包括弓形虫。 2) Entrez 基因组 — 恶性疟原虫的染色体全长的图形视图，完整的染色体序列数据（2 和 3），链 接到正在进行的染色体的分离数据表（来自于 HB3 X Dd2 杂交的染色体） ，链接到其他基因组测序中心。 3) FTP 站点 （pub/Malaria 目录）：用于查找在 DNA 序列中 STS 的电子 PCR 疟原虫版。 4) FTP 站点 (genbank/genomes 目录)：下载各种格式的完整的染色体序列数据（2 和 3） ，包括 G enBank 的 flat file (*.gbk)，GenBank 的概要文件(*.gbs)，FASTA 核酸文件（*.fna），FASTA 氨基酸文 件（*.faa），蛋白表（*.ptt）和其他。 8、 细菌基因组 1) Entrez 基因组 — 完整细菌基因组的图形表示，可以整个的查看，也可以逐步放大的看。链接到 相关的序列数据。对每一个细菌都提供了一个编码区域的概要和 TaxTable。 2) 微生物基因组测序计划：完成的和正在进行的测序计划，链接到 NCBI 的图形视图和测序中心。 3) COGs :相邻类的聚簇 — 来自于完整基因组的基因家族自然系统。COGs 用比较 21 种完整的基 因组的编码的蛋白序列描绘了 17 个主要的种系发生系统。每个 COG 包含至少来自 3 个世系的独立蛋白或 蛋白家族的相邻体，所以对应了一个古老的保守 domain。 4) FTP 站点:
下载各种格式的完整的细菌染色体序列数据，包括 GenBank 的 flat file (*.gbk)，Gen Bank 的概要文件(*.gbs)，FASTA 核酸文件（*.fna），FASTA 氨基酸文件（*.faa），蛋白表（*.ptt）和其 他。 5) 微生物基因组 BLAST 数据库 :与完成的和未完成的微生物基因组进行 BLAST
GenBank Overview 基本信息
? 什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
? 纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
? 访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
? 增长统计 - 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每
个物种的统计），2.2.8（GenBank增长）小节。
? 公布通知，最新 - 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。
? 公布通知，旧 - 同上相同，是过去公布的统计。
? 遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。 （向）GenBank提交（数据）
? 关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。
? BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。（请在提交前用VecScreen去除载体）
? Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。（请在提交前用VecScreen去除载体）
? ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。
? GSSs - 基因组调查序列，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。 ? HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列，未完成的（阶段0，1，2）和完成的（阶段3）序列。（注意：完成的人类的HTG
序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。）
? STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。
? 注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中（dbSNP）。 国际核苷酸序列数据库合作组织
? GenBank，DDBJ，EMBL - 合作计划的概述，并链接到相应的主页。GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）数据库共享的数据是每天都交换的，因此他们是相等的。数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参考内容等等。
? DDBJ/EMBJ/GenBank特性表 — 特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上，使得数据共享成为可能，包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录，以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。
________________________________________ FTP GenBank and Daily Updates
? GenBank普通文件格式 — 参见GenBank记录样本和在
GenBank公布通知中的详细描述，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
? ASN.1格式 — 摘要句法记号1，国际标准组织（ISO）数据表示格式，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。 ? FASTA格式 — 定义行号后只跟随序列数据（示例），参见描述数据库的readme文件，包括nt.Z（每天更新的非冗余BLAST核酸数据库，包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列，但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列），nr.Z（每日更新的非冗余蛋白质），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。 分子数据库概览 核酸序列
? Entrez核酸 — 用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录（在GenBank + PDB中）。更多的关于Entrez的信息见下。如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
? RefSeq — NCBI数据库的参考序列。校正的，非冗余集合，包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
? dbEST — 表达序列标签数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。 ? dbGSS —基因组调查序列的数据库，短的、单次（测序）阅读的