entries. Accessible from OMIM page (see Genes).
? OMIM致病图 — 按字母排列的疾病和相应的细胞遗传图位点，链接到OMIM的条目。可以从OMIM页面访问。 ? 癌症研究
? CCAP — 癌症染色体变异计划—计划用来加速同恶性转移相关的显著染色体变异的定义和详细的特征描述。
? CGAP — 癌症基因组剖析计划 — 交叉学科项目，目的是基于cDNA库，鉴定在不同癌症阶段的人类基因表达，和决定正常，癌前和恶性细胞的分子表达谱。是NCI，NCBI和其它许多实验室的合作。 ? Mitelman癌症染色体变异摘要 — 由Drs. Mitelman, Mertens, 和 Johansson建立的基因组范围的人类癌症中染色体断裂位点图谱。参见Nature Genetics, Vol. 15(Spec. No.):417-74 (April 1997)的超文本版本。
? SAGE分析 — 在癌症库中的SAGE标签的差异表达。
如何使用NCBI
2011-01-15
Part one 如何查找基因序列、mRNA、Promoter
Part two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列
Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性
First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分 利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、
启动子（Promoter）
下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤
1．打开Map viewer 页面，网址为：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html
在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：
2．点击“GO”出现如下页面：
3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene
前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：
说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了
三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管
你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序
列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的
一个序列。我也推荐大家使用这个序列。
4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的\，出现新的页面，
页面下方为：
5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，
结果如图所示：
先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下
拉式选择菜单，默认的为FASTA 格式，还有一个是GenBank 格式。我推荐大家选择GenBnak
格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA 格式只有基因序列。
6．在Sequence Format 后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关
信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：
在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出
来的等各种信息。
你会看到: mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394)
这代表了从基因的3598 位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA 片断，由于内含子的存在，
所以mRNA 在DNA 序列上分成了几段。
CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970)
CDS 代表编码序列，即蛋白编码区是从3660 开始的（ATG），由于剪接作用所以CDS 区
也是不连续的。
说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter 即启动子区域在哪里了。但我还是再
唠叨几句：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是
猜测它的大体位置，如果你要研究promoter 区的话，建议你选择转录起始位点前的2000
个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研
究-1000 到0 这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。
这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很
多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。
部分 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列（依
然以人类的IL6 为例）
1．进入NCBI 主页：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
在search 后面选择Gene，在for 后面填写需要查找的基因的名字。如图所示：
点击“Go”，出现以下界面：
出现了很多基因序列，在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接，这些序
列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名（Other Aliases）与你的目的基因一
致，根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的IL6 是标号为2 的序列。
2.1 查找cDNA 序列
2.1.1 点击Order cDNA clone, 出现目的页面如图所示：
2.1.2 点击Clone Sequence 后面的链接即可得到cDNA 序列。点击后如图所示（只抓
取其中一部分）：
2.2 查找mRNA、蛋白序列
回到步骤1 点击“Go”之后出现的页面，点击目的基因的名字，出现以下页面(只抓取
相关部分)：
页面的下半部分，即可以获取mRNA 和蛋白序列的部分：
找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”，它分为几个板块，第一个“mRNA and
Protein ”区可以让我们找到连续的编码mRNA 序列和蛋白序列。在mRNA and Protein
下面有两个序列代码（中间划有一个箭头），这代表了mRNA 序列和蛋白序列。分别点击就可
以得到相应的序列页面。点击后如图所示，mRNA 序列：
蛋白序列如下：
NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二个板块是Reference assembly，它下面显
示的是Genomic ，点击Genomic 下面Reference assembly 对应的Genbank 或FASTA 即可出
现编码的DNA 序列（注意：只是编码序列，其中包括内含子，但一般没有5‘非编码区）。
这一步就不做贴图演示了吧，呵呵。
这样我们就可以找到基因的cDNA 序列、连续的编码mRNA 序列、蛋白序列以及含有内
含子的编码DNA 序列了。相信这些操作对很多战友还是有用的。
如果大家有更好的方法，欢迎发帖交流！
第三部分 运用STS 查找已经公布的引物序列
STS，序列标签位点（Sequence Tagged Site）：一段短的DNA 序列（200－500 个碱基
对），这种序列在染色体上只出现一次，其位置和碱基顺序都是已知的。在PCR 反应中可以
检测处STS 来，STS 适宜于作为人类基因组的一种地标，据此可以判定DNA 的方向和特定序
列的相对位置。
以上内容基本是STS 的定义，我主张活学活用，下面就介绍一下我个人用STS 数据库查
找引物的一点经验。
还是使用人的IL6 基因为例，呵呵
1． 打开NCBI 主页，在Search 后面的下拉菜单选择UniSTS，在FOR 后面填写目的基
因。
操作完毕如图所示：
点击GO 以后出现以下页面，
这是你会发现NCBI 又提供了很多序列，下面我们还是要初步筛选我们需要的序列。
2．根据物种、目的阴物所在染色体的位置等选择相应序列（可能不只一个），点击。
下面以点击第一个进入的画面为例。
你会发现这个页面直接就给出了引物序列，PCR 之后的片段长度也是给了的（247bp）。
下面还有很多相关的信息??
3．点击GeneBank Accession 后面的代码，进入下一个页面。
啊！前后引物都呈现在眼前了，还有反应体系和反应条件！其中Primer A 是前引物序
列，Primer B 则是后引物序列，并且给出了他们在DNA 序列中的位置。有兴趣的朋友可以
在序列中找一下，是可以找到的， 不过要注意，PCR 是双链扩增，在序列中可以直接找到
的是Primer A 的原序列 和 Primer B 的互补序列。
在步骤二里面我只点开了一个序列，继续打开其他的可能还会有对自己有用的引物，不
过这要你自己慢慢发掘了。
这种寻找引物的方法有点投机取巧的味道，实用程度不是很高，但如果这里面恰好有你
想P 的片段的话，恭喜你，这些引物都是很成熟的引物，可以直接拿过来使用了。
如果想寻找引物，大家可以查阅相关论文，已经报道的引物我们为什么不用呢？！既省
时间，可靠性又强。
如果这两种方法都不能找到你需要的引物的话，那就自己设计吧，建议使用Primer 5 和
Oligo。引物设计的详细内容我在这里就不多说了，推荐两个帖子给大家看一下，第一个是
本版版主liuzeyi2002 发起的，内容很丰富，很值得学习，另一个则是我发的。
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=64&id=9517792&sty=1&tpg=1&age=0
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=9523263&sty=1&tpg=1&age=0
第四部分 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特
异性
提到序列比对，绝大多数战友都会想到BLAST，但BLAST 的使用确实又是一个很大的难