（3）有关组织移送。没有管辖权的行政机关及有关组织发现土地、矿产违法行为将其移交给有管辖权的国土资源管理部门进行处理。
（4）上级机关交办。国土资源管理部门的上级领导机关（包括上级业务主管机关、上级或同级人民政府、人民代表大会）交办的土地、矿产违法案件材料，责令国土资源管理部门处理。
（5）土地、矿产违法行为人主动交代。土地、矿产违法行为人自行主动向国土资源管理部门及有关组织承认并交代其土地、矿产违法行为。
（6）国土资源管理部门自行发现。国土资源管理部门在行使国土资源管理职权过程中自行发现土地、矿产违法行为等等。
4．立案的步骤
立案阶段，一般按下列步骤工作：
（1）受理行政机关接到举报、控告、移送、上级交办、主动交待的有违反行政法律规范的行为，应予受理。
行政机关应对案件材料进行统一登记和编号，填写《国土资源违法案件立案呈批表》，记明所反映的主要问题及处理意见、报主管领导审批。
（2）审查。行政机关对受理的行政违法案件应认真进行审查，听取知情人和有关单位及群众的意见，确定是否符合立案条件。审查的内容包括：①案件材料所反映的情况是否可靠；②案件的违法性质和情节是否应追究法律责任；③是否应由本级、本部门管辖等。
（3）立案。行政机关经初步审查后认为符合立案条件的，应填写立案审批表，经主管负责人审批后立案调查。
（二）调查和处理
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1．调查取证程序的一般规定
土地违法案件经批准立案后，国土资源行政主管部门应当及时指派案件承办人。
承办人应当全面、客观、公正地调查、收集有关证据。 承办人调查取证时，不得少于两人，应当向被调查人出示国土资源执法证件。
调查取证是指行政机关对于立案处理的案件，为查明案情、收集证据和查获违法行为而依法定程序进行的专门活动。
2．询问
询问当事人和证人、对于查明案件事实具有十分重要的意义。当事人是做出行政违法行为的人，他对案件事实最为了解；证人是了解案件情况的人，他们的陈述和证言往往是了解案情，揭露真相的有力武器。
（1）询问笔录载明的内容：A、被调查人的姓名、性别、民族、出生年月、职业、住址、联系电话、身份证号码等；B、询问人和记录人姓名及执法监察证号；C、制作笔录的时间、地点，介绍执法人员的身份和出示执法证；D、调查的经过和结果，必要时进行录音或要求被调查人写书面证明材料。违法主体是法人的，接受调查的对象应是法人代表（法人不能到场的，由法人代表出具委托书指定了解情况的代理人到场接受调查，委托书加盖公章）。笔录要一问一答，即一句问话只问一个问题。
非法占地类的问话要点：违法的主体；用地来源；土地的权属状况；违法用地的时间、地点、面积、地类、用途；当前土地使用的状况；该用地行为有无批准手续等。
非法转让（出租）类的问话要点：转让（出租）人和受让（承租）人是谁；该宗地的权属状况、批准用途、面积、取得权属证
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书的时间、宗地座落；有无签订转让或出租合同、何时签订；转让（出租）的年限、转让费或租金是多少；转让（出租）后的土地用途；该转让（出租）行为是否经合法批准；当前已支付的转让金、租金是多少，有无发票、收据；转让（出租）后受让（承租）方是否已实际使用土地，当前的用地状况；
（2）询问记录完毕后，将问话笔录给被询问人阅读，让被询问人在询问笔录的末页写上“以上询问笔录本人已看过，记录属实”并签名写日期；在其他各页下端要被询问人签名写日期。询问笔录中有涂改的地方，要被询问人点上指印（大拇指）。
3．证据收集及审查
调查取证是为了查明案件，收集证据而进行的活动。调查取证应遵循以下几个原则：迅速及时的原则；客观全面的原则；合法的原则；国土资源管理部门调查与群众相结合的原则。
承办人在调查案件时，可以向当事人、证人提出询问，索取有关证据，必要时可以进行现场勘测。
证据有下列几种：
根据《行政诉讼法》和《土地违法案件查处办法》的规定，作为土地违法的证据有：
①物证；②书证；③视听资料；④证人证言；⑤当事人陈述；⑥调查笔录和现场勘测笔录；⑦鉴定结论。
4．处理
经立案调查认定有违法行为的，国土资源管理部门应当及时发出责令停止违法行为的通知书，送达当事人。
承办人在案件调查结束后，应当根据事实和法律、法规，提出违法案件调查报告。
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对违法案件的处理，应当由国土资源行政主管部门领导集体审议，但实行行政首长负责制。审议应当制作笔录，由参加审议的成员签名。审议中的不同意见，应当如实记入笔录，并将笔录归入案卷。
调查终结的案例，国土资源行政主管部门应当区别不同情况分别予以处理：
（1）认定违法事实不成立的，对立案予以撤销，重大案件的撤销应当报上一级人民政府土地行政主管部门备案；
（2）认定违法行为轻微，依法可以不予行政处罚的，不予行政处罚；
（3）认定违法事实清楚，证据确凿的，依法作出行政处罚决定，发出违法行为行政处罚决定书，送达当事人；
（4）认定非法批地的，撤销批准文件，注销土地登记； （5）认定当事人拒绝、阻碍执法人员依法执行职务的，将案件移送公安机关；
（6）认定国家工作人员违法，应当给予行政处分的，依法给予行政处分；自己无权处理的，提出行政处分建议书并附调查报告和有关证据，移送有处理权的部门；
（7）认定违法行为构成犯罪的，应当将案件及时移送有关机关。
三、告知和听证 1．告知
案件调查结束后，办案人员应就所查清的事实和收集的证据材料认真进行整理，并依法对案件作出初步认定。
行政机关在立案调查后，还应及时告知当事人依法享有的权利，国土资源行政主管部门在对违法行为作出行政处罚决定之
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前，应当以书面形式告知当事人作出处罚决定的事实、理由及依据，并告之当事人依法享有的权利。
2．听证
（1）听证程序的概念。听证是指国土资源管理机关在作出行政处罚决定前为有关利害关系人提供机会，对特定问题进行论证、辩驳的程序。
我国《行政处罚法》第四十二条规定，听证程序仅适用于行政机关作出责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额罚款等行政处罚决定。国土资源违法案件查处中以较大数额的罚款要适用听证程序。
四、决定和送达 1．决定
经过告知和听证之后，国土资源行政主管部门应针对案件的具体情况作出决定。
（1）当事人确有应受行政处罚的违法行为，根据情节轻重及具体情况，作出行政处罚决定。
（2）认为当事人的违法行为已构成犯罪的，应当移送司法机关。
（3）当事人员有违法行为，但情节显著轻微，可不给予行政处罚的，应当作出免予处罚的行为。
（4）当事人没有违法行为或者依法不应当给予行政处罚的，应当作出撤销案件的决定。
（5）认为依法应当给予当事人行政处分的，依法直接给予行政处分或依法提出行政处分建议书，并将有关证据材料移送监察机关，处理结果应抄送案件的行政机关。
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