后，大量境外非政府组织涌入中国，设立机构，频繁活动。2006年《中国发展简报》公布在大陆设立办公室的境外非政府组织己经接近500家，同期另一数据为清华大学ngo研究所统计，境外在华社团的数目大约在3000到6500家之间，其中资助机构2000家，项目机构1000家，商会、行业协会2500家，宗教社团1000多家
黄浩明主编：《国际民间组织：合作实务与管理》，北京对外经济贸易大学出版社2000年版，第1页。
。它们进入中国的方式可谓多样，或设立办事处，或以企业形式在工商局注册，或在香港建立总部或分部以指导在大陆的项目运作。这些境外非政府组织在中国活动的重点是社会发展领域，如扶贫、环保、教育、医疗卫生、社会福利以及落后地区发展等，主要服务对象是各弱势社会群体，如贫困人口、残疾人、妇女儿童、青少年、老年人等。近几年来，境外非政府组织每年在中国的投入至少在2亿美元以上。
和中国大部分非政府组织还处在“断奶期”的情况相比，境外非政府组织以自主的管理方式、成熟的运作模式、积极的参与态度突然大量涌现，且频繁展开活动，这给本来尚不成熟且又在转型中的中国非政府组织管理体制带来了诸多困难。具体表现为： （一）登记门槛过高，导致大量境外非政府组织无法注册登记，无法得到有效管理
就立法而言，我国目前主要存在五个行政法规，除《事业单位登记管理条例》（1998）外，《民办非企业单位登记管理暂行条例》、《社会团体登记管理条例》（1998年）和《基金会管理条例》（2004）都对国内外非政府组织有双重规范作用；《外国商会管理暂行规定》（1989）是单立的规范境外非政府组织的法规；此外《关于鼓励台湾同胞和香港澳门同胞投资的规定》和《中华人民共和国中外合作办学条例实施办法》（2004）中也涉及到了对境外非政府组织的登记注册。
根据上述法律规范，四类境外非政府组织可以给予登记：一为根据1989年国务院颁布的《外国商会管理暂行规定》中“一国一会”原则，在北京设立的16家外国商会是在华唯一的合法外国商会；二是根据国务院《关于鼓励台湾同胞和香港澳门同胞投资的规定》，民政部审批通过的78家各地台商投资企业协会；三是根据2004年6月1日正式开始实施《基金会管理条例》登记的部分境外基金会；四是根据2004年3月1日颁布的《中华人民共和国中外合作办学条例实施办法》及民政部配发的《关于对中外合作办学机构登记有关问题的通知》登记的具有独立法人资质的境外办学机构。据有关调查发现，境外民间组织的实际数量与合法登记数的比例大约达到?12∶1，?大部分境外民间组织无法根据现行法律实施登记。 （二）登记手续过于繁杂，致使境外非政府组织规避登记要求，寻求盈利性注册
1989年以来，我国确立了对非政府组织的双重管理体制和限制竞争性制度安排。前者指团体成立时，必须通过一个行业主管部门的审批，即先取得“行政合法性”后才能获得“法律合法性”，大部分境内外民间组织因找不到业务主管单位而放弃登记。后者指同一领域、同一地域民间组织必须是排他的和唯一的：《外国商会管理暂行规定》（1989）第五条规定外国商会应当按照国别成立；《社会团体登记管理条例》（1998年）中规定：“社会团体的分支机构、代表机构不具有法人资格；社会团体的分支机构不得再设立分支机构；社会团体不得设立地域性的分支机构。”《民非》条例第11条和第13条的规定：“对在同一行政区域已有业务范围相同或相似的民办非企业单位，登记管理机关不予登记；民办非企业单位不得设立分支机构。”
由于制度缺陷，当前境外非政府组织在社团登记、其他替代性登记和冒着“刑事处罚或治安管理处罚”危险进行选择时，“合法性”的成本远高于“非法性”，而收益却相反。按照现行社团法规，申请成立社团，除了要有业务主管部门审查同意外，还得具备章程、法定会员人数、固定住所、专职工作人员、法定经费数额等多项条件；而成立后，年度检查和工作报告、变更或注销登记等，也仍然需要支付难以预料的成本。与此同时，现行社团法规为执法部门设置了其完成不了的任务，法规上说的“刑事处罚或治安管理处罚”也就落不到实处，只要不从事其他违法活动，不进行社团登记，顶
多也就是缺乏法律上的身份而已。
（三）管理监督机制匮乏，导致合法注册的境外非政府组织实质上也无法得到有效管理
与这种繁杂的登记手续相反，一旦境外非政府组织得到了某种形式的批准，政府对他们下一步的活动却并没有什么有效的监督机制。由于项目意味着资金的流入，不少政府机构和组织争相作为他们在中国的接待单位，但是却没有能力审查或监督他们的活动。 二、中国境外非政府组织管理制度变迁的历史演进 第一阶段：原制度均衡阶段（1978-1984年）
从1978年至1984年为境外非政府组织来华的破冰阶段。1978年，美中艺术交流中心(us-china arts exchange center)在北京设立办事机构，成为改革开放后第一个来华的境外非政府组织，同期进入的还有福特基金会、世界自然基金会、洛克菲勒基金会等。中国政府开始通过与一些声誉卓著的境外非政府组织接触，主动“邀请”其来华工作，如福特基金会就是在1979年以特批许可的身份进入中国的。全球最大的环境保护机构之一——世界自然基金会也凭借其温和的工作理念在这一时期(1980年)受邀与政府合作大熊猫保护项目。同时，其他基金会最早的项目也几乎都是与政府合作进行的，包括在欠发达地区和弱势群体中开展扶贫与发展、环境与生物多样性保护、教育、卫生、保护传统文化资源、提高妇女地位与儿童援助等等。
管理制度方面，1950年政务院颁布了《社会团体登记暂行办法》，1951年3月内务部颁布了《社会团体登记暂行办法实施细则》，初步确立了我国对民间组织的管理制度，其中对境外非政府组织，特别是境外基金会并无相关管理制度。但实际上，中国政府对于这些新兴组织的管理还是贯彻在组织从登记到运行的每个阶段，这些组织或与中国政府组织或官办ngos合作办项目，在北京开设代表处，由政府机构做挂靠或接待单位，在与政府的紧密合作中发展。 第二阶段：制度危机阶段（1985-1994年）
1985年至1994年为国际民间组织来华的集中阶段。受联合国组织（联合国儿童基金会、联合国人口基金会等)、双边援助(发达国家政府官方发展援助)持续加大对中国多边援助的影响，已进入中国的境外民间组织开始扩大中国项目的规模。另外，许多国际大型基金会对中国问题的关注，激发了更多境外非政府组织进入中国开展项目活动。该阶段集中进入的组织包括国际和区域慈善组织、国际环保组织和各国商会组织。慈善组织方面包括了乐施会、救世军等；环保组织方面包括绿色和平组织、美国环保基金会、绿色地球网络等；商会组织方面，仅上海一地，就有地方性外国商会33家。与此同时，美国妈妈联谊会等一些卫生保健、儿童救助类非政府组织也进入中国。
管理制度方面，这一时期的社团管理制度有了重大调整。1988年，国务院发布了《基金会管理办法》，将以前由政府倡导公益活动改