为实施安全生产监督，在铁道部、铁路局、铁路分局三级机构中均设立了安全监察部门，负责安全生产监督检查和行车事故、路外伤亡事故调查处理工作。全路还认真借鉴国际上实行外部(异体)监督的做法和工程监理实行异体监督的原理，改革传统的安全监察体制，在加大外部监督力度方面取得了突破。铁道部实行了安全监察特派员制度，由铁道部直接派出安全监察特派员，在6个地区设立办事处，对各铁路局实行安全监督。几年来，各个安全监察特派员办事处在加强安全检查监督、搞好事故调查剖析、开展调查研究方面做了大量工作，发挥了重要作用，有效地加大了对各铁路局的安全监督力度，同时也为部决策提供了很多有价值的信息和建议。各铁路局也在改革安全监督体制上进行了探索，有的成立了安全监察大队，有的在各地区派驻了安全监察办事处；有效地加大了对现场作业的监察力度。一些铁路分局也组建了安全监察大队，各级安全监督的力量明显增加。到2000年底，铁道部、铁路局、铁路分局共有1691人从事安全监督工作，比1998年增加近300人，增加20％以上。安全监督体制的改革，扩大了安全监督的覆盖面，加大了监督检查力度，提高了监督检查的质量。
在安全管理方面，按照1998年底全路运输安全工作会议确定的“规范管理、强基达标”的安全工作总体思路，主要做了以下几项工作： 1)修改完善安全生产责任制
(1)进一步界定了路局、分局、站段3个层次的安全管理职能、责任和权利。明确路局作为市场主体，担负着安全管理的主体责任，对全局安全规划、安全投入、安全管理、安全结果负全面责任。分局对管内安全生产负管理、执行责任，负责对站段安全生产的具体组织实施和检查考核。站段对安全生产负执行、落实责任，负责在安全生产作业过程中抓好具体实施，确保安全生产。
(2)建立健全了局长、分局长、站段长、，车间主任(领工员)，安全逐级负责制。明确了领导负责、分工负责和主管负责，主要领导担负安全工作的全面领导责任，副职对安全生产负具体领导责任，实行技术人员特别是技术主管负责制，每一项工作必须有主要责任和特定责任者，让能够真正负责的人负责安全管理。不管发生什么问题，都能够找到具体的责任人。 (3)明确部门安全管理责任，建立健全局、分局两局机关干部岗位责任制，各专业部门担负技术政策、技术标准、技术管理、技术监督的工作责任，加强专业和技术指导，特别对结合部管理，确需由两个部门或多个部门负责的工作，明确一个部门牵头负责，避免多头负责，防止结合部出现空档。
2)建立健全安全逐级考核评价机制
各铁路局都规定每月召开一次安全电话会议，通报安全情况，分析典型事故，提出整改要求；每季度进行一次安全设备动态检查，把检查结果作为评价和考核分局的重要依据；分局定期(一般为半年)对站段班子进行一次综合考核评价；站段每月对车间、车间对班组进行包括安全、任务、设备、人员素质等方面的综合考核，真正形成了“一级抓一级、层层抓落实”的新局面。
3)深化三项制度改革，健全和完善安全生产激励约束机制
首先在干部管理中积极引入竞争机制，实行综合考核、排队促尾，逐步推行领导干部竞争上岗制度。坚持“查现场、看管理、盯班子”，查现场以查管理为主，查岗位以查干部为主，查干部以查一把手为主，把检查、监督和考核的重点放在各级领导班子上，放在干部岗位责任制具体履行和实际效果上。对安全不稳、问题较多而又整改不力的班子，及时予以调整；对不负责任、作风不实、工作失职、考核不合格的干部，坚决予以解聘。 对各主要行车站段普遍加大了机制创新力度，在干部职工中全面推行竞争上岗、积分待岗、排队促尾、优胜劣汰的竞争激励措施，普遍实行工效挂钩、全员全额浮动，不断拉开收入分配档次，初步形成了“上岗靠竞争、竞争靠素质、收入靠贡献”的激励约束机制，增强了干部职工确保安全生产的危及感和责任感，促使干部职工在安全生产中尽职尽责。 4)严格安全考核奖惩
2000年，部分铁路局对分局的考核实行“风险抵押、奖惩兑现”，把安全的风险和压力等强传递给每个职工，把安全成绩与分局的工资、成本和责任挂钩考核。各分局对站段的安全工作实行季度考核，考核期内如发生行车事故，或在接受上级检查中发现管理上、设备上存在严重问题而没有在限定的时间内整改消号的，要按照有关规定予以罚款，同时追究有关
责任人、主管领导的责任。各行车主要站段在安全考核中，对干部实行“日写实、月考核”，如没有完成规定的安全检查天数和任务，主管的车间和班组发生违章违纪或事故苗子，扣发当月生产奖，连续3个月考核被扣款，要下岗、调整工作。在对每个职工的考核中，以当日工作质量、完成任务、劳动纪律、安全实绩为主要内容，实行百分考核，当天计分、当月兑现，与职工的收入、分配紧紧挂钩。