卷内材料原则上应按照实际办案程序依次排列，保持卷内文件联系。证据材料可按材料所反映的问题或材料的名称等特征分类，每一类再按时间顺序排列，并按照证据材料的重要程度，将主要证据材料排列在前，旁证材料排列在后。卷内排列顺序如下：
1、检查（调查）案件档案的卷内排列顺序。 （1）办案依据。包括上级的批件；信访简报；检举、揭发、申诉材料及有关领导的批示、会议决定。
（2）初步核实报告。 （3）立案报告。
（4）调查方案或办案计划。 （5）证据材料。 （6）本人检查。
（7）错误事实见面材料。 （8）调查报告。
（9）案件进展情况报告及简报。 （10）调查过程中的往来文书材料。
（11）本级研究有关案件处理的材料、会议记录、会议纪要、决定事项通知等。
（12）上级下达的批复、批复通知、监察决定、监察建议等。
（13）本级对上级批复的执行情况的报告。
（14）承办部门的结案意见。
（15）对案件的通报、报道、反映等材料。 2、审理案件档案的卷内排列顺序。 （1）移送审理登记表。
（2）下级党组织或行政部门对案件的审查意见及请示。
（3）调查报告。
（4）本人所在党组织或行政部门的处理意见。 （5）本人检查、错误事实见面材料。 （6）有关补证材料。 （7）审理谈话笔录。
（8）受处分人对处分决定的意见及基层组织对本人意见的说明。
（9）征求有关部门意见的材料。 （10）审理报告。
（11）本级有关案件处理的决定，会议记录、会议纪要、决定事项通知等。
（12）本级报上级审批的请示。 （13）上级的批复。
（14）本级下达的批复：批复通知，监察决定，监察建议，复核决定等。
（15）下级执行批复情况的报告，包括处分决定执行
情况等。
（16）对案件的通报、报道、反映等材料。 3、信访案件档案的卷内排列顺序。
自办信访案件。卷内排列顺序可参照“检查（调查）类案件档案的卷内排列顺序”和“审理类案件档案的卷内排列顺序”进行排列。
交办信访案件。办案依据（检举、揭发、控告、申诉材料及有关领导批示）；将举报材料批转下级纪委或有关单位办理的函及底稿；下级或有关单位上报的案件查处结果情况报告（主件及附件）；查办信访案件、信访监督案件的相关证据材料；承办部门的结案报告或审理意见及领导的批示；其他相关材料。
信访监督案件：检举、揭发、控告材料及有关领导批示；信访通知书、（函问）及底稿、本人对信访监督涉及问题的说明、信访谈话记录等证据材料、本人检查等整改落实材料、承办部门了结报告或审理了结呈报表及领导批示。
三、案件档案保管期限划分
案件档案的保管期限，应根据案件的办理方式、干部管理权限、案件的查办结果以及社会、党内外影响等因素综合考虑。案件档案的保管期限分为永久、长期、短期三种，其中长期保管期限为六十年，短期保管期限为十五年。
为了维护案件档案的完整性和关联性，纪检监察机关案件档案保管期限的确定，原则上以案件为单位进行。
1、凡属在本机关权限内直接查处的大案要案及有重要影响的典型案件中形成的，有长远利用价值的案件档案，应划为永久保管。
（1）在本级机关管辖区域内有一定影响或发有通报的典型案件。
（2）在审批权限内，经审理给予正式处理的审理类案件。
（3）本级机关正式立案调查后，按审批权限需要作出正式处理的检查（调查）类案件。
2、凡属在相当长的时期内有利用价值的案件档案，应划为长期保管。
（1）本级机关正式立案调查后，不需要作出正式处理的检查（调查）类案件。
（2）本级机关过问、督办或转办，经下级机关正式立案调查并作出正式处理的检查（调查）类案件。
（3）按审批权限，作为备案审理的审理类案件。 （4）本级机关转办，经下级机关正式立案调查并作出正式处理的信访类案件。
3、凡属利用时效较短的案件档案，划为短期保管。 （1）本级机关过问、督办或转办，经下级机关调查不
需要作出正式处理的检查（调查）类案件。
（2）本级机关转办，经下级机关调查不需要作出正式处理的信访类案件。
4、复查、复议的申诉案件，比照确定。
保管期限具体划分方法见《附件2：案件档案保管期限对照表》。
四、案件档案的移交
案件承办部门应将当年结案后整理完毕的案卷，在次年第二季度前移交机关档案室。移交时要填写案卷移交目录一式两份，立卷部门和档案室各留一份，移交人、接收人要履行有关交接手续。档案室应将案件档案作为全宗档案的一类进行排列和整理。案件档案可根据每个单位的档案分类按年度—机构—保管期限或年度—问题—保管期限的方法进行分类排列。排列方法应保持一致性，不可随意改动。在分类、排列的基础上编制案卷目录等检索工具，为档案的利用创造必要的条件。