云南白药散剂、云南白药胶囊剂获中国中药名牌产品称号。
云南白药散剂、云南白药胶囊剂、宫血宁胶囊、热毒清片、云南白药酊、云南白药膏等六个产品被列为国家中药保护品种，其中云南白药散剂、云南白药胶囊剂保护期20年，其余品种保护期为7年。
4月，云南白药实业股份有限公司公司经云南省对外贸易经济合作厅批准与台湾宏龙胶囊股份有限公司、台湾郑蔡英女士合资新建云南广得利胶囊有限公司。
6月，云南白药气雾剂完成报批并获得生产批文，1996年投入市场就受到了用户的欢迎，当年销售收入达到了114万元。
云南白药集团股份有限公司
1996年——2009年
1996年
年11月经云南省经济体制改革委员会云体改复[1996]48号文同意，云南白药集团股份有限公司正式成立，由云南白药实业股份有限公司以现金形式出资，对大理制药厂、文山州制药厂、丽江药业有限公司三家企业进行控股，以云南白药实业股份有限公司为核心企业（母公司），以资产为纽带，实行母子公司管理体制的企业法人联合体，实现了云南白药的“五统一”（统一生产计划、统一商标、统一批准文号、统一质量管理、统一销售），实现了云南白药的独家生产经营。（70年代末，出于对云南白药作为战略性必备物资和原料产地的考虑，云南省政府在本省内又重新安排了其它3个地州的制药厂生产云南白药，即大理制药厂、文山制药、丽江地区制药厂。90年代，市场竞争日益加剧，四家企业为争夺市场份额，一方面抢占资源，靠扩大产量来取胜，一方面压价竞争，导致资源枯竭，市场混乱，直接影响了“云南白药”民族品牌的形象和国企利益。）
1997年
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1月，云南白药集团取得企业自营进出口业务权。 被云南省实施战略领导小组授予“云南名牌产品”。 1998年
5月，云南白药集团被国家中医药管理局评为1997年度中成药工业国有重点企业（五十强）。
7月，云南白药创可贴通过报批并获得生产批文。
12月，为弘扬云南历史文化，云南白药集团独家出资140万元恢复重建昆明市地方标志性建筑——碧鸡坊。
1999年
5月，王明辉就任云南白药集团总经理，拉开“云南白药企业再造”的序幕，同年5月荣获“昆明市十大杰出青年”称号。
10月，云南白药集团被云南省科委认定为高新技术企业。
10月，云南白药集团被中共云南省委、云南省企业管理协会等单位评为第八届云南省优秀企业管理奖。
10月14日，原中央政治局常委宋平及其夫人在云南省委书记令狐安陪同下到云南白药集团参观、视察。
11月26日，云南白药集团出资3000万元组建云南白药集团医药电子商务有限公司，营销工作的创新改造开始启动，顺利完成了营销网络和营销队伍的建设、新老模式的对接和营销方式的转变，使公司产品的市场基础得以夯实。营销系统的成功改制为公司进一步实施研发、生产和管理系统的创新改革奠定了良好的基础。
12月，云南省医药公司和昆明天紫红药厂作为国有优质资产，配股进入云南白药集团，云南白药集团由原主要生产中成药，发展成为大型医药工商贸结合的综合性企业。
12月，云南白药集团经国家人事部批准建立博士后科研工作站。
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投资引进德国乌尔曼公司生产的全自动胶囊填充包装生产线，2000年初正式交付生产使用，极大地提高了公司主要产品的现代化生产水平。
2000年
云南白药集团实施了包括营销、研发、生产等一整套企业创新改革工作。由于公司完全按照市场化的原则选用经营模式和运行机制，公司经营业绩快速攀升，员工危机意识、市场意识、服务意识明显加强，使云南白药从一个单纯的生产导向型企业真正转变为一个市场导向型企业。
4月，云南白药系列产品、舒列安（胶囊）获国家知识产权局主办的中国专利五十年成就展最佳项目。
4月，云南白药集团徐志刚同志被评为全国劳动模范。
4月，云丰牌云南白药系列产品、云丰牌宫血宁胶囊被云南省经贸委评为“云南省名牌产品”。
4月，云南白药集团以现金及产品的形式赞助2000年奥运会中国体育代表团，获得“第27届奥运会中国体育代表团热心赞助商”称号。云南白药系列产品（胶囊、散剂、气雾剂、创可贴、云南白药酊、膏）被指定为2000年奥运会中国体育代表团首选疗伤专用药品。
5月，云南白药集团医药电子商务有限公司经云南省科委认定为高新技术企业。 5月，云南白药集团获国家五项发明专利（云南白药气雾剂及其制备方法、一种治疗前列腺疾病的药物、附片口服液及其制备方法、云南白药片及其制备方法、附片颗粒及其制备方法）。
5月，云南省工商行政管理局审核批准云南白药集团注册地址由原昆明市西坝路51号变更为昆明市国家高新技术产业开发区。
云南白药集团第三期总体改造全面结束，新建了质检培训大楼、综合车间，并完成了污水处理站和各车间的GMP改造，为公司顺利通过GMP认证创造了有利条
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件。
8月，云南白药集团六个剂型（胶囊剂、颗粒剂、散剂、片剂、酊剂、气雾剂）一次性、高水平地通过了国家GMP认证，生产现场和生产过程管理迈上了新的台阶，并于同年9月获得药品GMP证书。
8月，公司“云南白药”、“云白药”、和“云白”三个商标成功注册，得到法律的永久保护。
8月，公司五个独家产品云南白药散剂、云南白药胶囊、云南白药膏、云南白药酊、宫血宁胶囊顺利进入国家医保基本药品目录。
9月，新组建的“云南白药集团天然药物研究院”按照“全方位开放”式的研发模式，实施“首席科学家制”。 2001年
云南白药集团开发应用ERP系统（企业资源计划），重组企业内部业务流程，建立起一套新的符合市场经济体制的企业管理模式，带动了企业管理现代化。
3月，投资500万元组建云南白药集团上海透皮技术有限公司，负责云南白药创可贴、云南白药膏的研究、生产和销售。
4月2日，世界著名体操冠军刘璇、李小鹏作为云南白药气雾剂的形象代言人在金马碧鸡广场为“云南白药气雾剂三人篮球街头争霸赛”主持颁奖仪式。
4月，公司第二届五次职工代表大会审议通过《云南白药集团股份有限公司薪酬体系改革方案》，并于5月成功实施薪酬制度改革，彻底打破了老的分配体系，基本实现薪酬水平同市场的接轨，解决了进人和留人的问题。
6月，“白药”商标成功注册。
7月，为保证云南白药的可持续发展，解决中药材的种源、繁育、种植和质量问题，建立了武定基地。武定基地处于滇中高原北部，云贵高原西侧，投影面积12000多亩（表面积达30000亩）。
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7月，公司制剂二车间片剂生产线被中国共产主义青年团中央委员会授予国家级“青年文明号”称号。
8月，云南省徐荣凯省长一行视察云南白药集团公司武定基地。
10月，全国各大媒体报道了“云南白药提前终止中药保护”的事件，由于各种相关报道严重失实，造成了社会、市场、媒体的混乱，在国内外产生了不良影响。公司快速、果断、有效地处理了“10.17”中药保护品种突发事件，变被动为主动，把此次事件当成宣传“云南白药”品牌的有力契机，不仅成功避免了可能给公司带来的巨大损失，也极大的增强了公司员工的危机意识，公司处理危机、规避风险的能力得到了较大幅度的提升。
12月，引进英国KP公司和德国意书卡公司制造的气雾剂生产线，进一步提升公司现代化生产水平。
12月，云南白药集团总经理王明辉荣获第九届云南省优秀企业家称号。 12月，云南白药气雾剂及其制备方法获中国国家知识产权局中国专利优秀奖。 12月，为走规模化优良种植的道路，从根本上解决企业发展中的原料供应问题，建立中药现代化科技产业示范种植基地，云南白药集团决定加大投资云南白药武定基地项目。
2002年
1月，云南白药系列产品获原产地标记注册证书，是全国首批通过注册认证的品牌。原产地标记注册证的取得将有利于“云南白药”和“云丰”牌云南白药系列产品在国内、国际竞争中得到对等的合理、合法的保护。
2月，“云南白药”（中药）商标被国家工商行政管理总局商标局认定为中国驰名商标，是云南省制药企业的第一件中国驰名商标。
4月17日，公司第二次董事会审议通过将云南白药武定基地变更注册为云南白药集团中药材优质种源繁育有限责任公司，以武定基地为依托，公司原生药材产业
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