2005年
1月，在北京召开的2005年中国医药企业管理年会暨中国医药营销峰会上，云南白药集团董事长、总裁王明辉荣获2004年度“中国医药杰出企业家”荣誉称号。
3月，团中央与香港苗圃慈善行动共同主办的“助学长征”公益助学步行团从贵州进入云南。3月17日在曲靖珠江源广场举行“助学长征”公益助学步行云南段助走启动仪式，云南白药集团作为云南省唯一一家向“助学长征”捐赠药品、助走的企业，赢得了社会各界更高的赞扬和尊敬。
3月15日，云南白药集团股份有限公司的云南白药牙膏在质量、服务、信誉、保健、企业形象、市场潜力、市场竞争力等方面名列前茅，被全国三十多个省、市、自治区消费者（用户）推选为2005年：中国牙膏市场质量放心消费者满意第一品牌。
4月，在由中国企业联合会、中国企业家协会组织的全国优秀创业企业家推选活动中，云南白药集团王明辉总裁当选“第四届全国优秀创业企业家”。
2005年，中国证券报社和清华大学中国企业研究中心对全国1269家上市公司2004年度绩效进行排序，云南白药集团综合得分75.64，位列第69名（2003年度列122名）；在单项排名前50名公司中，在盈利能力这一项上得分86.53，排第21名。
5月，党中央国务院在北京召开中央民族工作会议暨国务院第四次民族团结进步表彰大会。云南白药集团光荣当选“全国民族团结进步模范集体”。8月，云南白药集团当选全省民族团结进步模范集体，受到云南省委、省人民政府的表彰。
2005年5月经中国中轻产品质量保证中心审核，云南白药集团公司生产的云南白药牙膏被授予了“国家权威检测、质量合格产品”证书。
6月，云南白药集团在2005年“中国上市公司竞争力公信力TOP10”调查中，被机构投资者和中小投资者共同认定为“十佳最具成长性上市公司”。
6月22日，沪、深交易所联合公布了沪深300指数成份股的第一次调整方案，公司股票“云南白药”因品质优良，市场代表性好被调入样本股，这是云南白药集
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团股票上市12年来第一次进入指数成份股。
7月5日, 国务院总理温家宝在国家财政部部长金人庆、交通部部长张春贤、云南省委、省政府白恩培、王学仁、秦光荣、杨崇勇、李汉柏等领导的陪同下视察云南白药集团。温总理对云南白药牙膏的研发、销售及使用效果给予了充分的关注。
7月19日，云南白药集团在得知西双版纳获救的3岁小象“然然”的伤情后，第一时间将无偿捐赠的500粒保险子，以及一批云南白药胶囊和云南白药散剂交给西双版纳州森林公安局。
8月，第七届“中证·亚商中国最具发展力上市公司50强”评选结果揭晓，云南白药集团评分为74.89，排名由上年的第21位上升到第5位。在单项排行中，公司被评为“组织执行力排行榜”的第6名、“资源整合力排行榜”的第4名。
9月，云南省企业联合会、云南省企业家协会根据省经委领导指示和中国企联的要求，按照国际贯例和中国企业500强的排序规则，以2004年企业营业收入为标准，首次排出了云南企业100强，云南白药集团位居第16位。
9月11日，中共中央政治局常委、国务院常务副总理黄菊一行，在中共云南省委书记白恩培、省长徐荣凯等的陪同下视察云南白药集团。
11月，云南白药集团在医药企业思想政治工作及其理论研究中成绩突出，被评为2001—2005年度“全国医药行业思想政治工作优秀企业”；在医药企业文化建设及其理论研究中成绩突出，被评为2001—2005年度“全国医药行业企业文化建设先进单位”；公司党委书记戚太云被评选为2001—2005年度“全国医药行业优秀思想政治工作者”。
2005年初，公司董事会确定“稳中央、突两翼”的产品发展战略，公司在确保云南白药中央主产品稳定增长的同时，力求实现以创可贴和白药膏为代表的透皮产品与以白药牙膏为代表的个人护理产品迅速增长，大大丰富了白药产品族群，企业业绩快速提升。
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2006年
第二届（2005）中国上市公司董事会金圆桌奖颁奖仪式于2006年1月9日在上海国际会议中心举行，云南白药集团荣获第二届（2005）中国上市公司董事会“金圆桌奖” 。
2月，“云南白药”商标通过国际注册方式（商标国际注册马德里协定方式）在5类（药品类）、30类（保健品类）在澳大利亚获准注册，获得世界知识产权组织颁发的商标注册证。
2月，国家知识产权局授予云南白药集团“第二批全国企事业专利试点工作先进单位”荣誉称号。
3月，云南白药集团 “宫血宁胶囊重大工艺改进及现代质量标准研究”和“重楼优质种源繁育研究及GAP示范基地建设”两个项目，同时获得云南省科学技术进步类三等奖。
3月，云南白药集团宫血宁胶囊以“预防皮下埋植、放置IUD、药物流产术后阴道出血的技术”项目作为云南省唯一一个入选国家卫生部“十年百项”重点项目，在全国广大农村和城市基层推广使用。
4月14日，“云南白药整体搬迁呈贡”签约仪式在云南白药集团总部（高新区）五楼会议室举行。昆明市副市长赵德光莅临仪式并讲话，呈贡相关部门负责人和有关媒体也出席了签约仪式，与白药人共同见证这一具有里程碑意义的时刻。 4月，投资1000万元设立云南白药置业有限公司，主营房地产开发。
4月28日，召开公司2006年第一次临时股东大会暨股权分置改革相关股东会议，会议审议通过了公司股权分置改革方案。
云南白药集团于2006年5月被医药经济报评为中国制药工业百强。
云南白药集团股份有限公司生产的云南白药系列牙膏被中国保护消费者基金会推介为“2006年度中国维权、放心、诚信品牌”。
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6月1日，国务院国资委主任李荣融一行参观了公司气雾剂及胶囊剂生产线，并对公司各项工作给予了充分肯定：“各行各业中，凡是成功的企业都是有特点的，云南白药就是个有特点的企业，有着很好的管理模式，员工精神面貌也很好。”。
6月，云南白药集团与南非Rivet Trading C.C.公司举行合作签约仪式，云南白药正式进入南非市场。
2006年7月30日，国家发改委副主任（常务）陈德铭在云南省副省长秦光荣的陪同下到云南白药集团股份有限公司调研。
8月，“爱国者”品牌中国总评榜（1980—2005）颁奖盛典在北京举行，云南白药集团荣登中国品牌百企榜上榜企业。
8月，“云南十大名片”、“‘红云杯’云南十大名镇”颁奖典礼在云南昆明世博花园酒店隆重举行。集146万张短信投票和累数十位专家学者之“众望所归”，“云南白药”以较高的人气、关注度和影响力入选云南十大名片。
9月6日，“首届全国网络媒体云南行”启动仪式在云南白药集团隆重举行。中共云南省委副书记省丹增开启了活动按钮，中共云南省委常委、省委宣传部部长晏友琼出席了启动仪式。
10月，云南白药牌云南白药系列产品（云南白药、云南白药胶囊、云南白药气雾剂、云南白药酊、云南白药膏、云南白药创可贴）、云丰牌宫血宁胶囊及云南白药牌云南白药牙膏共八个产品被评为“云南省名牌产品”。云南白药牙膏首次参评就入选，是云南省牙膏行业唯一的云南省名牌产品。
10月，云南白药集团的“图（宝相花）”商标获日本特许厅认可，在3类（化妆品、牙膏等商品）、5类（药物及其制剂等）获准注册。
11月，云南白药集团的“云南白药”、“云丰”及“图（宝相花）”三件商标同时获得“2006年云南省著名商标”称号。
2006年11月28日，国家质量监督检验检疫总局公布了2006年国家免检产品及
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生产企业的名单，我公司生产的云南白药牙膏(3g/支~250g/支)获得了国家免检产品的资格。全国共有14家牙膏企业获得此资格。
2006年，围绕董事会年初制定的工作方针“紧扣市场、深度调整、平稳增长、蓄势待发”，公司各项工作顺利开展，2006年云南白药集团实现主营业务收入32亿元，同比增长31%；实现净利润2.76，同比增长19.94%；实现利税5.51亿元，同比增长33%，公司经营业绩连续第七年保持了健康发展的良好势头，各项主要经济指标跃居中医药行业首位，公司经营业绩得到证券市场充分认同，公司总市值居于沪深两市医药类上市公司之首，标志着云南白药从一个地方性的企业成长为一个全国性的企业，由行业的追随者成长为行业的领跑者。
2007年
1月，在全省工业经济工作暨大型工业企业提前完成“倍增行动”目标表彰大会上，代省长秦光荣为云南白药颁发“突出贡献奖”奖牌。
2月2日，云南省委副书记李纪恒到云南白药集团调研，他在调研中指出，云南白药是名副其实的中华老字号，要继续发挥品牌优势，为云药产业的发展作出更大贡献。
3月，国家知识产权局“国知发管字[2007]25号”文向全国公布70个“全国企事业知识产权示范创建单位”名单，云南白药集团公司名列其中。
3月22日，云南白药集团第一次董事会审议通过购买云南白药集团无锡药业有限公司60%的股权，股权比例由原来的40%上升到100%，无锡药业公司成为云南白药集团的全资子公司。
4月，云南白药集团被医药经济报评为中国制药工业百强。
6月，云南白药集团在2006中证百强的评比活动中，入选中证综合百强及中证市值百强。
6月，在“2006影响中国”上市公司系列评选活动中，云南白药集团董事会秘
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