偿协议以外，还存在其他的行政协议类型。但是这些协议是哪些协议并不确定，这种行政协议的非法定性和不确定性，带来很大的实践困扰。
例如，安徽某A公司承包了政府所有的某湖泊，并经营渔业养殖业。在承包届满前，政府进行了招投标活动，由B公司中标。经过行政诉讼等程序最终确定该次招标活动违法，政府与A公司签署协议，明确约定某A公司继续经营大青湖。但是在经营期间，经营活动受到各种干扰，无法正常进行。A公司就该协议的履行提出诉讼，在诉讼类型的确定上，就该诉讼属于民事诉讼还是行政诉讼产生了较大的认识分歧。为了加快诉讼进度，决定同时提起行政诉讼和民事诉讼；该两个不同属性的诉讼分别提起后，法院均予以立案受理。
从上述案例可以看出，由于行政协议的类型存在不确定性，在争议发生后，给市场主体确定纠纷解决的路径带来较大的困扰。
(三）行政协议的概念和确定标准尚不清晰
从目前立法上看，只有最高人民法院的司法解释对行政协议作了概括界定：“行政机关为实现公共利益或者行政管理目
标，在法定职责范围内，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。”根据该规定，确定了几个层次的标准：
1.主体要素。行政协议的一方必须是行政机关，另一方必须是公民、法人和其他组织。当然，这里的行政机关包含了法律法规和规章授权的组织。2.职责要素。行政机关必须是在法定职责范围内签署的协议才能够纳入行政协议，在此意义上，我们认为行政机关超越职权签署的协议，不应当属于行政协议。3.权利义务属性要素。司法解释要求必须存在行政机关与公民法人和其他组织确定的“具有行政法上权利义务内容的协议”，才能够纳入行政协议的范畴。但是，如何理解“具有行政法上权利义务内容”，就存在比较大的分歧，这为实践中的操作留下了较大的困难。
根据法国行政法的理论，行政合同中的实质标准包括：（1)执行政府公务，包括合同本身就是执行公务的一种形式，或者当事人一方直接参加公务的执行；（2)合同条款超越司法规则，包括合同条款超越司法规则或者合同缔结的制度超越一般私法范围。
根据我国台湾地区“行政法”的概念，行政契约是指双方当事人之意思一致，所缔结之发生公法上法律关系的契约。行
政契约有下列特征：
（1）经由合意所产生；（2）发生公法上法律效果；是设立、变更、废止行政法律关系为目的的契约，并非发生私法效果之契约；（3）行政法契约属于公法契约之一种。
但是从我国大陆目前的法律规定和司法解释的规定层面看，行政协议的形式要件和实质标准并不明确，其含义亦不清晰。 案例1
某市经过土地“招拍挂”程序将某国有地块出让给A公司并签署了《土地出让合同》，但是因为当地的房地产业持续不景气，A公司认为该土地很难盈利，决定不再履行合同，于是政府根据合同的约定将土地收回并没收了土地保证金。A公司不服，提出民事诉讼，经过二审审理，法院判决政府应当返还A公司的保证金。 案例2
2004年2月，江西省萍乡市亚鹏房地产开发有限公司（以下简称亚鹏公司）通过投标竞拍竞得涉案地块（原为该市肉类联合加工厂用地）土地使用权，其后与萍乡市国土资源局（以下简称市国土局）签订了国有土地使用权出让合同，约定“开
发用地为商住综合用地，冷藏车间维持现状”。市国土局给该公司颁发了两本国有土地使用证，其中一证地类登记为“工业”。
亚鹏公司认为约定的“冷藏车间维持现状”是维持冷藏库的使用功能，并非维持地类性质，要求将该证地类由“工业”更正为“商住综合”；但市国土局认为维持现状是指冷藏车间保留工业用地性质出让，且该公司也是按照冷藏车间为工业出让地缴纳的土地使用权出让金，故不同意更正土地用途。
后市规划局向市土地收购储备中心复函明确涉案地块用地性质为商住综合用地（含冷藏车间约7300平方米），并指出“冷藏车间维持现状”指暂时维持其使用功能。
市国土局于2013年2月向亚鹏公司作出书面答复：1.同意涉案地块中冷藏车间用地的土地用途由工业用地变更为商住用地；2.冷藏车间用地的土地用途由工业用地变更为商住用地，应补交土地出让金208.36万元；3.冷藏车间用地的土地用途调整后，其使用功能未经市政府批准不得改变。亚鹏公司不服诉至法院，请求判令市国土局履行出让合同约定，更正相关土地证上地类用途，撤销答复第二项内容。
萍乡市安源区人民法院一审和萍乡市中级人民法院二审均作为行政诉讼案件作出了判决。
上述两个案例中，同样是土地出让合同，但是在审判实践中却出现完全不同的两个定性。
(四）行政协议的救济程序尚不完善
现有法律规定将行政协议纳入行政诉讼程序，但由于行政机关不能够作为原告提起行政诉讼，在发生纠纷和争议的情况下，不能提起诉讼程序解决纠纷。尽管有专家提出，行政机关一方基于其优势地位，可以通过单方变更解除权以及通过申请法院强制执行来实现合同目的，但是多数情况下，合同本身对单方权利的约定并不明确，行政机关行使强制执行的申请权利路径尚缺乏明确的制度保障，实践中出现了行政机关对于协议纠纷束手无策，只能被动违约以引发诉讼，进入纠纷解决程序的情况。
(五）行政协议的纠纷解决法律适用与私法规则之间尚不明确
行政协议的公法属性与协议的私法属性之间如何协调，是目