前摆在行政协议纠纷面前最为迫切的问题。
1.关于时效和起诉期限。根据《适用解释》的规定，公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行协议提起诉讼的，参照民事法律规范关于诉讼时效的规定；对行政机关单方变更、解除协议等行为提起诉讼的，适用行政诉讼法及其司法解释关于起诉期限的规定。
这样在行政协议的起诉问题上，同时出现了时效和起诉期限两种不同的制度规定，给实践操作导致较大的困扰，哪些问题可以进行时效中断，哪些情况必须及时起诉，就成为一个复杂的技术问题。
2.根据《适用解释》，在实体法律适用方面。人民法院审查行政机关是否依法履行、按照约定履行协议或者单方变更、解除协议是否合法，在适用行政法律规范的同时，可以适用不违反行政法和行政诉讼法强制性规定的民事法律规范。但是哪些属于“不违反行政法和行政诉讼法强制性规定的民事法律规范”，是一个相当复杂的技术判断，对于实务操作成为一个相当困难的领域。
3.法院判决形式方面。根据《适用解释》，原告主张被告不依
法履行、未按照约定履行协议或者单方变更、解除协议违法，理由成立的，人民法院可以根据原告的诉讼请求判决确认协议有效、判决被告继续履行协议，并明确继续履行的具体内容；被告无法继续履行或者继续履行已无实际意义的，判决被告采取相应的补救措施；给原告造成损失的，判决被告予以赔偿。
原告请求解除协议或者确认协议无效，理由成立的，判决解除协议或者确认协议无效，并根据合同法等相关法律规定作出处理。被告因公共利益需要或者其他法定理由单方变更、解除协议，给原告造成损失的，判决被告予以补偿。
但是有关赔偿和补偿的法律适用，是适用私法规则还是公法规则并没有予以明确。如果按照公法规则，行政赔偿的范围仅限于直接损失，会远远低于民事合同领域的全面赔偿原则。因此目前的实务中，出于对赔偿标准的顾虑，已经出现了很多市场主体考虑如何将合同避免确定为行政合同的倾向。
4.行政主体一方的双重属性，导致对其行为时基于行政协议实施的履行协议行为还是基于行政管理权本身而实施的行政行为，容易发生混淆，也影响行为的定性和纠纷解决路径
的确定。
5.在基础设施建设特别是特许经营领域，特许经营协议仅是交易结构的一个环节，整个交易架构中还存在大量的配套协议，如市场主体之间的融资协议、担保协议、租赁协议和服务协议等。在整体的交易架构中，如果一份特许经营协议因为属于行政协议必须进入行政诉讼的救济程序，而其他协议在民事诉讼的救济程序，那么当项目本身发生争议时，明明可以在一个程序解决的纠纷，就不得不至少区分为两个不同的诉讼进行。这样对于特许经营的结构设计和推广，其实是一个不小的技术障碍。
（六）行政协议可否纳入行政复议和商事仲裁等问题尚无定论
1.关于行政协议可否纳入行政复议范围的问题由于行政复议法尚未修改，行政协议是否能够当然纳入复议的范围，目前并没有定论。在某公司与某市容委的特许经营纠纷案件中，某公司就该争议申请了行政复议，目前该案件尚未作出最终的复议决定。
2.关于行政协议是否可以纳入仲裁的问题
根据《仲裁法》第3条、第17条、第20条的规定，即使存在仲裁协议无效的情形，而当事人对仲裁协议没有争议的情况下，则仲裁委员会仍然可以取得对案件的管辖权；因此，就行政争议的纠纷解决路径，应当存在当事人选择商事仲裁的法律空间。实践中，在北京市某区政府与某公司的土地以及开发协议的纠纷解决中，区政府乙方通过提出仲裁，最终解决了双方之间的行政争议。
三、对于行政协议解决路径的展望1.在就行政协议制定系统的行为立法之前，应确定行政协议类型法定化的规则
法律的主要目的在于各法律主体对于法律上权利义务关系有明确的预期，社会秩序保持相对的稳定。但是如果行政协议的边界不明，势必会出现对行政协议还是民事合同的纷争，对于行政主体的特权条款，必然产生是合法的权利义务约定还是违法的权利义务约定的纷争，在纠纷产生时，必然会发生应该提起民事诉讼还是行政诉讼的艰难抉择。因此，为避免实践中的操作困难和其他问题，减少市场交易逾期和成本的不确定性，建议在行政协议的专门立法出台之前，对
于行政诉讼法关于行政协议立法的“等”字作出限定解释，即目前的行政协议仅限于列举的类型；待立法完善后，再逐步扩大立法的类型。
2.通过司法解释进一步细化行政协议的审理规则
考虑到行政协议作为实践中的新生事物，如何对行政协议进行司法审查尚缺乏经验，最高人民法院在司法解释中需要系统梳理行政协议审理的不同规则，包括证据制度、举证责任的分配等，都需要区别于行政行为的审理规则。另外，在现有立法框架下，进一步研究赋予行政协议的行政机关以诉权，以确定更好地保障行政目的的实现。
3.改变人民法院受理、审理行政协议的规则
实践中，人民法院按照民事诉讼程序受理后发现属于行政协议的，或者人民法院按照行政协议受理后发现属于民事合同的，均以不符合起诉条件为由，裁定驳回起诉。这无疑加重了当事人的诉讼负担，并且将行政协议现阶段属性模糊以及判断标准不明的风险全部转由当事人承担，显然加重了当事人的诉累，浪费了人民法院的审判资源。从我国司法审判制度看，无论是民事诉讼法还是行政诉讼法，受理、审理案件
的都是人民法院，而不是民事审判庭或者行政审判庭；因为协议的属性导致管辖法庭的不同，不应当导致裁定驳回的后果。建议在人民法院内部建立协调机制，民事审判庭和行政审判庭之间可以就协议类案件进行内部移送，这样充分提高诉讼效率，也能够有效地利用审判资源，提高审判效率。
4.对行政协议中约束仲裁条款的合法性予以肯定
在我国现行行政诉讼制度基本保留“民告官”的基本框架情况下，如何解决行政协议纠纷中“官告民”的问题，就成为现阶段必须考虑的重大问题。如果政府一方不能提起争议解决程序，很多纠纷不仅得不到解决，国有资产也可能在此过程中受到重大损失。为此，我们认为，在行政诉讼法不可能尽快修改的情况下，尊重并且维持仲裁法的纠纷路径设计，允许行政协议通过仲裁的方式解决，不失为一个可以考虑的解决问题的对策。
当然，我们相信，在充分实践和广泛研究的基础上，未来的行政协议的纠纷解决，应当可以通过修改立法的方式予以完善，这也是行政协议制度能够保有生命力的重要保障。