政策，在恰克图、库伦各地处决了三百多人，并把他们的妻儿罚为奴仆。地方官吏以逼迫牧民偿还所抢汉商的货物为由，又一次的搜刮了穷苦的牧民。
“撤驿之变”是青衮杂布在没有事先准备和组织的情况下发动的，即使这样一开始就得到了广大牧民的积极响应。这说明了清王朝对广大牧民的民族压迫与阶级压迫，只要有人发动，他们就会揭竿而起。但是青衮杂布只寻求呼图克图王公和汗的支持，始终不依靠群众的力量，因而在清军的高压下以失败告终年少的噶尔丹策凌大败清军的和通脑儿大捷噶尔丹策凌汗执政之后，为了准噶尔汗国的和平与稳定，希望不再与清朝兵戎相见，保持睦邻友好关系。可当时清朝皇帝雍正以噶尔丹策凌年少无治国经验，决定趁此机会讨伐准噶尔。
公元1729年（雍正七年）3月雍正皇帝命领侍卫大臣三等公傅尔丹为靖边将军，出师北路，川陕总督三等公岳钟琪为宁愿大将军，出师西路，征讨准噶尔。
公元1731年（雍正九年）春，噶尔丹策凌令库克辛祃木特和台基色布腾等以二千兵围困鲁克察克（今吐鲁番克沁）、哈喇和卓（今吐鲁番东），攻打和牵制两路清军，与此同时，令大小策凌敦多卜率兵三万，抓紧时间，准备攻打清军的主力——北路军。
大小策凌敦多卜及多尔济丹巴等率军，渡额尔齐斯河，陆续到达奇喇山阳。部队中包括了善于山地战的乌梁海人和乞儿吉思人，还有由瑞典军官列纳特亲自指挥的准噶尔的包沁（炮兵部队）。大小策凌敦多卜制定了将傅尔丹所率清军引诱至库里野图岭一带攻打的作战方案。
阿尔泰山阳之额尔斯河源有二：一为喀喇尔齐斯，二为华额尔齐斯。溯喀喇尔齐斯而行，便到了博克托岭，过博克托岭，过博克托岭往上走不久便可到了库里野图岭。岭下通往科布多的路上有和通脑儿。
6 月初大小策凌敦多卜按预先的计划，将大队人马三万余人埋伏于博克托岭下，另外派二千多名轻骑守在库里野图岭。然后，派遣一名叫塔苏尔海丹巴的人，故意让他被清军抓住。塔苏尔海丹巴供称，准噶尔的一半人马还没有到达达奇喇山。傅尔丹根据他的口供，以为准噶尔的大军还没有全部到齐，准备乘其立足未稳，火速进攻。
6 月9 日，傅尔丹亲自率领一万余人出城，人马分为三队，直奔库里野图岭。当清军到达扎克赛河一带时，又有巴尔喀等二十三名准噶尔人故意被抓获。他们故意供出在博克托岭有准噶尔人二千，驼马万余，还没有立营设防。傅尔丹不知其中有诈，率兵继续前进。参赞苏图、前锋统领丁寿和副都统戴豪等率领四千人为先锋，傅尔丹率七千人压后。
6 月18日，在库里野图岭清军与准噶尔二千多人遭遇并展开了激战，准噶尔军且战且退，有意引诱清军深入。19日傅尔丹与先锋队伍会合一万多人越库里野图岭直夫博克托岭扎营。20日，黎明前，准噶尔军队以胡笳（准噶尔汗国乐器）为号令，大军共三万多人，居高临下包围了清军，炮火齐轰，万箭齐发，毫无准备的清军立即阵脚大乱，自相践踏，各自逃命，夺路逃回库里野图岭。准噶尔乘胜追击。过岭后，傅尔丹在岭下和通脑儿稳住了败退下来的清军，准备重整队伍。21日清军还没得到喘息的机会，准噶尔军队伍已经在和通脑儿包围了清军。清军不敢与准噶尔军正面对持，于是傅尔丹率余下的队伍，准备移营。可是此时准噶尔已经四面列阵冲锋，分割包围了清军左右两翼的丁寿、觉罗海兰，马尔岱、马尔齐两军。
左翼前锋统领丁寿多次突围没有成功，将军傅尔丹从中军派兵支援右翼马尔岱，有令承保久远左翼丁寿之军。但是，到日落还没有突围，号称劲旅的索伦兵救援丁寿也被击溃清军将领丁寿、苏图、马尔齐河西弥赖等人都自尽身亡，常豫阵亡，清军死伤惨重。23日夜，准噶尔人再次攻击清军，此时的清军已经不堪一击，无心恋战，都各自逃命。呼和浩特土默特副都统衮布及其部下放下武器投降。次日，四千清兵仍抵抗准噶尔人的攻击，但无法突围。印务侍郎永国、觉罗海兰、截豪等人也自尽身亡。傅尔丹命塔尔岱为前锋统领，达福、舒楞额殿后，承保统右翼，马尔萨统左翼，傅尔丹与副将军巴赛、查弼纳居中，边战边退。25日和26日准噶尔军队又四面杀出，清军又一次遭到重创，被俘与死伤者不计其数。27日殿后的清军散秩大臣大福及其下属阵亡。28日傅尔丹领剩余的部队渡哈日哈纳河，后等山岭，分两队下山。
在这期间，副将军巴赛、查弼纳、马尔萨相继阵亡。7月1日，傅尔丹逃回科布多。史称“辛亥败兵事”。
这次战役清军伤亡惨重，士兵生还科布多的只剩下二千人，有四千名官兵死亡，五千人被俘。准噶尔大获全胜“从容唱胡歌而还。”在和通脑儿战役后有一部分喀尔喀人归附了准噶尔。据记载“有六千蒙古人自愿归附了噶尔丹策凌......他们被迁到伊敏河附近”，可见这次胜利的影响不小。
使准噶尔与清朝再次和平额尔德尼召战役
和通脑儿战役的胜利，增强了噶尔丹策凌汗的信心，他决定挤走北路清军，收复喀尔喀。
公元1732年（雍正十年）6月，小策凌敦多卜在喀喇额尔齐斯之北的奇喇山一带奉命集结三万士兵。7月初，分两路出兵开往土拉与克鲁伦，一路煽动喀尔喀反清，指望“全部蒙古人都归附于他们的保护之下”。可是以额驸策凌为首的喀尔喀军队在清军的配合下坚决抵抗准噶尔军。
两路军由归准噶尔的喀尔喀巴济公、贝子矛海和达锡达尔带路，挺进了喀尔喀，经察罕布尔噶苏（在科布多的南部），绕过杜尔根泊，到达察罕叟尔清军大营西北的乌孙珠尔，两路军就此安营扎寨。察罕叟尔大营的靖边大将军锡保，仅率兵三千出战。7月14日，准噶尔军击退了前来的三千清军。7月20日，准噶尔军队沿杭爱山之北继续东进,行抵察罕叟尔大营正北一百五十里出的克尔森齐老扎营。额驸策凌和将军马尔岱率不足一万人的清军，迎战准噶尔军于克尔森齐老。亲王丹津多尔济与锡保由于害怕准噶尔军队，不敢出兵相助，准噶尔军队与额驸策凌的军队在此激战了二日，最终额驸策凌不敌撤走。
于是准噶尔军乘势直奔喀尔喀腹地额尔德尼召，欲攻取哲卜尊丹巴呼图克图。但是雍正皇帝早有准备。1731年9月他已经下令将哲卜尊丹巴呼图克图隐居于内蒙古的多伦诺尔。因此，准噶尔军队到达额尔德尼召后一无所获。当小策凌敦多卜探知额驸策凌与清军在本博图山岭备兵以阻截准噶尔军队的归路时，派兵潜袭他密尔河畔的额驸策凌的牧地，抢了额驸策凌的子女以及牛羊数万。驻守本博图的额驸策凌得知后，“断法及所乘马尾誓天”誓与准噶尔军队决一死战，并派兵寻找准噶尔军队的踪迹。由于小策凌敦多卜屡战屡胜放松了警惕，
8月5日黎明前，额驸策凌率二万军队突袭了喀喇森济泊的准噶尔军营，同时急宝亲王丹津多尔济派兵支援。毫无准备的准噶尔军队，立刻大乱，仓促应战，自然无法与敌人对抗。准噶尔军队只好边战边退，最后退到了额尔德尼召，额驸策凌紧追不舍，一直追到额尔德尼召，与准噶尔军队又激战了二日。小策凌敦多卜由于担心丹津多尔济的增援部队，所以从杭爱山谷向鄂尔昆上游退却。此间额驸策凌组织的进攻连续了十余次，使准噶尔军队伤亡惨重，死伤近万人。小策凌敦多卜下令将所有器械辎重和牲畜塞满山谷，以此堵住清军追击之路。同时指挥二万人，自鄂尔昆河上游经推河，到达扎克拜达里克之南，放火烧掉了所过之处的草场，以此来阻截清军的追击。此时的丹津多尔济收到急报后仍按兵不动，不敢增援，驻守扎克拜达里克的清军将士登城观望准噶尔的军队，路过城南，缓慢西行，络绎不绝。此时守城清军有一万三千多人，但不敢出击，失去了很好的机会，放走了准噶尔军队。
经额尔德尼召战役后，准噶尔失去了与清朝抗衡的实力，也为雍正皇帝提供了与准噶尔讲和的台阶。公元1734年双方在准噶尔谈判划分准噶尔与喀尔喀的边界线。经过五年的反复谈判，终于在公元1739年（乾隆四年）冬正式达成了协议，协议规定：循布延图河，南以博尔济、昂吉勒图、乌克克岭、噶克察一线为界；北以孙多尔库奎、多尔辉库奎至哈尔奇喇、博木喀喇、巴尔楚克等处为界；瓦剌特人在山后游牧，不得越过阿尔泰岭；喀尔喀人只在扎卜堪（今扎布汗河）等处游牧。准噶尔与清廷之间的和平关系就此得到了恢复。
漠南蒙古反清的布尔尼之变
清廷通过怀柔为主、军事为辅的手段，征服蒙古，并用蒙古王公上层，大大加强了对蒙古人民的统治。但是，清廷漠南蒙古的征服并不是一帆风顺的，他们碰到过漠南蒙古的一系列反抗。
林丹汗长子额哲因病去世以后，其第阿布奈袭为亲王。但是，由于阿布奈对先人的耻辱耿耿于怀，多年不朝见，所以清廷将其革职下狱，囚禁在盛京。阿布奈有二子，长子布尔尼，次子罗不藏。布尔尼袭为亲王，但是布尔尼的态度与其父相同，相反由于阿布奈被囚，布尔尼对清朝仇恨加深。他于公元1672年与1674年曾两次进京朝贺，表面上对清朝顺从，但心里仍然图谋报复。
公元1673年（康熙十二年）十二月，南方爆发了“三藩之乱”三藩是指留镇云南的平西王吴三桂、留镇广东的平南王尚可喜和留镇福建的靖南王耿精忠。叛乱迅速蔓延南方，已经严重威胁清朝的统治。康熙皇帝派京师大军南征“三藩”，一时京城空虚。
由于战乱察哈尔部民人心混乱，因此布尔尼认为脱离清朝的时机已到，在公元1675年（康熙十四年）举兵反清。布尔尼与弟弟罗卜藏同阿杂里喇嘛、僧格浑津、噶尔马色冷、布达里、巴达里、巴呢、陈特塔尔、噶尔昭、噶尔马、薄托和等人密谋。三月，亲王布尔尼与弟弟罗卜藏筹备兵器、整顿和训练察哈尔右翼四旗兵马。察哈尔都统晋津，附牧察哈尔的喀尔喀公垂扎布也积极支持亲王布尔尼和罗卜藏的反清计划。亲王布尔尼派人联系调驻宣府的察哈尔左翼官兵的同时，又派人策动各旗蒙古王公参加反清起义。原察哈尔所属奈曼旗郡王札木禅积极响应了布尔尼的号召，布尔尼决定于三月二十五日起事。不料他的计划被从嫁的长史辛柱公主所发觉，她暗中派她的弟弟阿济根入京告密。清廷觉得事态发展严重，不能不
采取对策。于是康熙帝与皇太后（孝庄文皇后）商量后，派侍卫塞棱赴义州，以议事为名，召布尔尼、罗卜藏入京。布尔尼知道是计策，没有进京，监禁了侍卫塞棱。三月二十五日，布尔尼亲王、罗卜藏、阿杂里喇嘛、僧额浑津喇嘛、喀尔喀公垂扎布、都统晋津、副都统布达里举事反清，率领数千人的队伍（其中也有奈曼旗郡王札木禅的队伍），直奔张家口，准备与调驻宣府的察哈尔左翼四旗的散秩大臣禅尔济、一等侍卫阿达、参领舒什兰会师。但是，这三人不敢与清廷对抗。而察哈尔左翼四旗官兵，不顾散秩大臣禅尔济的阻拦，在宣府哗变，毁长城边墙去投布尔尼亲王的队伍。三月二十七，布尔尼亲王的起义队伍到达张家口以北的鄂西奚，夺取御马厂和清朝大臣马厂的马群挺进张家口。
此时由于京师八旗官兵尽数南征，无力讨伐布尔尼。康熙帝深忧之时太皇太后向康熙帝推荐了大学士图海。于是康熙帝命多罗信郡王鄂札为抚远大将军，图海为副将军，率兵讨伐布尔尼。图海召集了京师满州蒙古八旗所有家奴，共数万人，挥师讨伐布尔尼。因为听到布尔尼要进攻盛京救阿布奈的风声，朝廷命奉天将军与宁古塔将军严守盛京。与此同时，派理藩院郎中马喇等到漠南东部诸旗征调兵马，科尔沁、阿禄科尔沁，翁牛特、巴林、敖汉、喀喇沁、土默特、扎鲁特诸旗王公纷纷请求出兵。
四月，鄂札率兵出征，在开往张家口的途中，图海以金银珠宝诱惑士兵，每到州县村堡，即令家奴抢掠一番，快到察哈尔境内时，又以察哈尔数百年基业，珠宝不可胜数，若能获取终身富贵来鼓舞士气，清军人人士气高涨。四月二十一日，将军鄂札和图海率领的队伍到达歧尔达素后，探知布尔尼队伍在达禄驻扎。四月二十二日，图海队伍到达禄时，布尔尼埋伏于山间，列阵等待。图海指挥队伍猛烈攻击，布尔尼亲率大队摆列火器抗击。图海队伍最终冲破了布尔尼的阵地，布尔尼大怒，两次组织人马进行英勇抗击，但仍不能抵挡图海队伍的连续进攻。喀尔喀公垂札布逃跑，都统晋津率部投降。布尔尼兄弟无法再战，领三十余骑突围，逃往扎鲁特境内。此时，科尔沁和硕额附沙津奉命率领王旗兵马到达扎鲁特旗的贵勒苏特，包围了布尔尼。罗不藏台吉是额附沙津的妹夫，于是面见沙津称兄布尔尼已经逃走，自己前来乞命。沙津命他先招来布尔尼方可饶命。于是遣三十人与罗不藏同往，布尔尼与罗不藏相见后，两人又一同逃走。沙津追到两人，将两人一一射死。
布尔尼之变不足两个月就以失败告终。清廷镇压布尔尼之后，采取种种措施，进一步削弱察哈尔的势力。首先，对布尔尼的父亲阿布奈处以死刑。其次对伙同布尔尼发动事变的察哈尔首脑，除已故死者外，都逮捕处刑；对追随布尔尼的察哈尔左翼四旗兵丁，令其驻防河南府，以赎其罪。再次调查户口，重编旗佐，改换游牧。
康熙帝对布尔尼时件的平定特别重视。闰五月。鄂扎与图海班师凯旋，康熙帝率众臣迎接，并赞扬他们：“远行征讨，灭察哈尔图，建立大功。”清朝先怀柔兵强马庄的科尔沁，后借故削弱俺答汗裔土默特势力，然后又绝察哈尔汗之后。至此可以说把漠南蒙古已经稳稳地控制在手中。通过这次事件的平定，清朝不仅消灭了察哈尔汗室，而且进一步铲除异己，使蒙古王公全部顺从了清朝。清朝在漠南蒙古的统治根本上确立，内蒙古的政治形势也最后稳定。
噶尔丹大败清军的乌尔会之战
公元1690年（康熙二十九年），噶尔丹兴兵南进，于六月十四日进抵漠南的乌珠穆沁左旗东北索约尔济山，兵锋遥指满都北京，大大动摇了清朝对漠南蒙古的统治。康熙帝决定打退噶尔丹的进犯，率兵亲征。
与此同时，噶尔丹在索约尔山西麓之乌尔会河东岸的乌兰之地安营扎寨。噶尔丹派罕都率领两千余人的宣传队，分别为两队进入乌珠穆沁边境做宣传工作。工作取得了很好的效果，得到了当地阿巴噶旗各台吉的支持。他们暗中与噶尔丹取得联系，并向他提供了尚书阿喇尼的军事情报，并提供了军队所需的马匹与骆驼。
清朝皇帝康熙传谕尚书阿喇尼，将噶尔丹的军事动态不断的奏报，并告诫他不可冒然进攻，要耐心等待。康熙帝同时派员外郎阿尔必特佑出使准噶尔，以及拖延时间，不让噶尔丹逃走，等待时机一举歼灭。
但是由于阿喇尼立功心切，不顾康熙帝的告诫，不等右路军和科尔沁兵自己率部抢先攻击。六月六日阿喇尼的左路军约两万人，从洮儿河上游出发，沿喀尔喀右岸，直奔贝尔湖。经博罗达布苏，到达他奔他什海。此时准噶尔军队已经渡过了乌尔逊河，沿贝尔湖和喀尔喀河东畔，绕到阿喇尼的南边。阿喇尼得知此情报之后立即由原路返回，直奔索约尔济山。六月二十日，天亮之前阿喇尼大军到达乌尔会河，准备攻击噶尔丹的驻地。身经百战的瓦剌特人，早已经布好弓形阵营，以防万一。阿喇尼选派了二百名勇士从正面突袭，又派喀尔喀兵五百人攻击敌人粮草和牲畜以及家眷，目的是打乱敌人的阵脚。用诸札萨克兵及喀尔喀兵，攻打瓦剌特驻地。瓦剌特军队以两翼攻击，打退了阿喇尼的第一梯队，第二梯队又跟进，也被瓦剌特军队以鸟枪和刀戟击退。诸札萨克兵及喀尔喀兵的攻击也告失败，死伤惨重。在阿喇尼军队大乱之时，瓦剌特军主力从山上绕出，从左右两边进攻形成了夹击包围之势。阿喇尼军队当然经不起如此猛烈的攻击，又一次的惨败，阿喇尼率领剩下的士兵突围逃跑。
由于尚书阿喇尼的冒然轻进，导致惨败，被降四级调用。乌尔会战役之后，康熙一方面以阿喇尼违命，非本朝之意，派使臣安噶尔丹，以次拖延他的行动；另一方面迅速调动大军准备彻底消灭噶尔丹的有生力量，乌尔会战役就此结束。
清军大败噶尔丹军的乌兰布通战役
公元1690年（康熙二十九年）经乌尔会之战，噶尔丹大败阿喇尼后，有持无恐，长驱直入，直到克什克腾旗境内乌兰布通（今克什克腾旗西南）。乌兰布通，仅距京城七百里，当时京城戒严，引起了清朝的恐慌。
七月初二，康熙帝命皇兄和硕裕亲王福全为抚远大将军，长子胤禔为副将军，组成一路大军出古北口；又命皇弟和硕恭亲王常宁为安北大将军，和硕简亲王雅布为副将军，组成另一路大军出喜峰口。内大臣佟国纲、佟国维、索额图、明珠等均为参赞军务。七月初六，两路大军共十万先后出发。七月十四，康熙帝也亲征北上。但后来由于身上有病，中途返回。清军分路而进，七月底到达了目的地巴林，并探得噶尔丹的集结地。噶尔丹发现清军到来，知道来者不善，于是遣使到京城，说到：“今虽临十万众，安何惧之有”，并提出：“圣上君南方，我长北方”的主张公开对抗朝廷。为了争取时间包围噶尔丹，并一举将其歼灭，清廷