做出了可以谈判解决的姿态，故意拖延时间。噶尔丹发觉了清军的意图，做好了与清军开战的准备。七月二十九（1690年9月2日）清军集结完毕，队伍向乌兰布通的噶尔丹军逼近。八月初一（9月3日）黎明开始出击，两军决战于乌兰布通。
噶尔丹军共两万余人，占有险要的地势，隔河占据高岸“缚驼结阵以待”将大量的骆驼横卧在地上，上面盖着湿毡，背上加箱架，环列为营，名为“驼阵”，以此来防御清军的炮火攻击。士兵依托箱垛从驼阵中放枪和箭，顽强抵抗清军的攻击。清军利用大量的火炮为前列，攻击中坚，猛烈轰击噶尔丹军的“驼阵”。双方激战了一下午，“驼阵”终被炮火攻破。噶尔丹军遂退入山林，利用地势拼命的抵抗，直到傍晚左翼军由山腰绕到噶尔丹军之后攻击，噶尔丹军溃退，左翼军因为被河崖、沼泽相阻，退回原地。噶尔丹见败局已定，乘夜渡拉木河向漠北撤退。十五日噶尔丹因害怕清军的追击，发出请罪誓书，顶佛象发誓，保证不再犯边，清军没有把握有利时机追击，致使噶尔丹有时间逃脱。
噶尔丹第一次遭受清军重创，沿路士兵们又染瘟疫，仅剩下几千人逃回科布多。乌兰布通战役,挫败了噶尔丹的锐气，歼灭了噶尔丹的有生力量，从而清朝边境得到安定。
清朝征服蒙古最后一大部落——漠西瓦剌特的昭木多战役经过四年的休养生息，噶尔丹决定离开自己的根据地科布多地区东进。公元1695年（康熙三十四年）他命令属下停止耕种，集合起来向克鲁伦河方向移动。
噶尔丹深入克鲁伦河流域，为康熙皇帝创造了有利的条件。为了不再重演乌兰布通战役的失误，康熙帝决定御驾亲征，用大军消灭噶尔丹，并下令在全国范围内开始大规模的战争准备。
康熙帝与大臣们详细地研究了作战方针。定于公元1696年（康熙三十五年）2月趁噶尔丹军队马匹疲瘦，不便远逃的机会，分三路出兵，将噶尔丹夹击于土拉河一带。
三路大军中以西路军最为重要，费扬古被任命为“抚远大将军”，负责西路军的行动，西路军共有三万余人，将由呼和浩特开赴土拉河，阻截噶尔丹的西逃之路。中路大军由康熙帝亲自率领，共三万人，分两支由京城出发，康熙帝领一直由独石口出关；大臣领一支由古北口出发，在预定的地点集结后，直逼喀而喀的克鲁伦河。东路大军有一万多人，由萨布素指挥，在克鲁伦河下游设防，阻挡噶尔丹东逃的路线。
噶尔丹已料到康熙帝的大军三路并进，目的是想对其军队在土拉河一带夹击包围。为了破坏康熙帝的计划，噶尔丹决定撤离土拉河。4月初噶尔丹下令烧掉了土拉河布尔察可以南十余站内的草原，以此来阻挡两路大军。同时全军转移，沿克鲁伦河至达尔罕敖拉一带驻扎。4月末，康熙帝亲率中路军抵达距离达尔罕敖拉不远的地方。噶尔丹率部撤离达尔罕敖拉，西走巴颜乌拉以此避免被清军夹击。然后与阿拉布坦会师攻打西路军。5月7日，噶尔丹溯河而行，经克勒和硕、拖诺山，至巴颜乌兰与阿布坦会师，在直奔土拉河。5月12日，到达土拉河附近的特勒尔济，同费扬古指挥的西路军遭遇，从而拉开了著名的昭木多之战的序幕。
向土拉河前进的西路大军，在沙漠中艰难而行，粮草不济，人疲马乏。5月3日，北渡土拉河时，仅有一万四千多人抵达昭木多扎营。昭木多位于肯特山南部，土拉河北面，汗山
的东面，是明成祖破阿鲁台的旧战场。因三面临河，林木茂盛，故称之为昭木多。
费扬古利用昭木多的地理条件，令孙思克率绿旗官兵居中；京城、西安的满洲官兵，察哈尔及诸札萨蒙古兵居东侧；令右卫官兵大同绿旗兵沿河布阵；派前锋统领硕代、副统领阿南达、阿迪领兵四百吸引噶尔丹主力到昭木多。噶尔丹的先头部队由阿拉布坦、伊拉谷克三呼图克图和辉特部照日格图巴图尔率领。他们遇到清军先锋马上列阵战斗，阿南达等且战且退，将噶尔丹军成功地吸引到了昭木多阵地。噶尔丹本想一鼓作气突围出击，便可乘胜而进，给果却落入了清两路军的包围之中。噶尔丹到达昭木多时，发现清军早已埋伏在所有有利地点了。在此不利的情况下，噶尔丹与清军开始交锋，双方都下马列阵步斗。噶尔丹慌忙占领了一座小山，鸟枪齐发，企图夺回制高点。噶尔丹军蜂拥攻击清军所占的小山，人人勇猛。但清军以藤牌和拒马木阻其冲锋，并弩铳齐发，集中火器猛烈攻击，档距敌人仅20步左右时，弓箭齐射。阿努哈屯、戴巴图尔宰桑、博罗特和卓等中跑身亡。在清军猛攻之下，噶尔丹、丹济拉、丹津鄂木布等先后撤退。阿拉布坦虽几处受伤，但仍率分队英勇厮杀。噶尔丹整顿队伍之后，又冲杀进来与清军肉搏战到日暮，双方死伤二千多，但仍相持不退。
在山顶观战的费扬古见噶尔丹军队后队人马不动，于是令一支军队偷袭他们的老营和辎重，又命河岸埋伏的清军从侧面突袭噶尔丹。顿时噶尔丹阵后大乱，妇女和小孩喊声大起。影响了军队的士气，马上大乱阵脚，趁此机会清军立即围攻冲杀。噶尔丹军终于支持不住，趁夜色纷纷逃入山林。这一战清军共消灭噶尔丹军二千多人，俘虏三千多人，获得牛羊六万多头只。噶尔丹妻子阿奴哈敦以及许多大将阵亡。噶尔丹率少数人马突围成功。昭木多之战，噶尔丹主力尽被消灭，从此一蹶不振。
不久噶尔丹患病身亡。随着噶尔丹的败亡，准噶尔与清朝之间的第一次战争便告结束，清朝赢得了征服蒙古最后一大部落——漠西瓦剌特的第一回合胜利。