会的例规，以后在内邬巴掌握拉萨地方的权力的时期，都是由哲蚌寺的僧人参加祈愿大法会，后来当吉雪地方（拉萨河下游地区）的权力由领主仁蚌巴掌握时，由桑浦寺的僧人和噶玛噶举派的僧人参加祈愿大法会，到牛年的祈愿大法会已经过了十九年。我此时提出，应当按照以前的例规由哲蚌寺的僧人举行拉萨的祈愿大法会，得到大贡玛的同意。虎年（1518年）的祈愿大法会由哲蚌寺的一千五百名僧人和色拉寺的将近三百名僧人参加，在神幻的佛殿‘羊土幻显寺’（ra-sa-vphrual-snang, 即拉萨大昭寺）举行，为兴隆佛法和利益众生而做了清净的祈愿。以前宗喀巴大师在主持祈愿大法会时，在每次集会上都要宣讲马鸣论师所著的《佛本生》（当是指马鸣论师的《佛本生行传一百八赞》）的一段，按照这一例规，我前往祈愿大法会上，给以各个寺院的僧人为首的参加法会的僧俗数千人每次讲说佛本生经一段。从此年开始，一直到阳土鼠年（1528年，此年当是根敦嘉措写作他的自传的年代，实际上一直到1542年根敦嘉措去世之年，他每年都主持拉萨正月祈愿大法会），我都主持了拉萨的祈愿大法会。这些年的祈愿大法会，人数多时有两千多僧人参加，我不断地在祈愿大法会上讲说佛本生经，结果形成了深入讲说的《佛本生故事三十四篇》。每年在法会结束的时候，僧人们依次立下誓愿，参加法会的僧俗人众全部都立誓要守持戒条和斋戒仪轨，不杀生害命，经常念诵六字真言。人们都称诵拉萨大昭寺是真正的化现的神殿，两尊释迦牟尼像和五尊自现的佛像都是与真实的佛陀毫无差别的佛像，在祈愿大法会上和僧众在一起发愿祈祷是非常重要的大事。以前在举行祈愿大法会时，虽然有格贵们负责督促，但是僧人们还是不能到齐，从我负责祈愿大法会开始，经常出现大昭寺的回廊里也坐满了僧人，还是容纳不下的情况。”37
从这一件事情就可看出，根敦嘉措在恢复格鲁派的地位并使格鲁派走出困境方面起了重要的作用。
1526年，根敦嘉措又因色拉寺僧众的请求兼任了色拉寺法台38。1635年根敦嘉措在他60岁时辞去哲蚌寺的法台的职务，而由他的弟子同时也是当时的著名的学者班钦索南扎巴继任，索南扎巴即是藏文史书《新红史》的作者。过了两年，1537年根敦嘉措又辞去色拉寺的法台的职务，由杰尊曲吉坚赞继任。这样，在拉萨的格鲁派三大寺中，根敦嘉措在1526年到1535年的十年中同时担任哲蚌寺和色拉寺两寺的法台，而这两个寺院在规模和僧人数量上都超过甘丹寺，就是在辞去法台职务以后，他也每年主持拉萨正月的祈愿大法会，所以此时根敦嘉措已经成为格鲁派中实际地位超过甘丹赤巴的领袖人物人物。
随着根敦嘉措在格鲁派中的宗教地位的上升，他与地方政权的关系也日益密
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《二世达赖喇嘛自传》，395－396页。
恰白·次旦平措等著、陈庆英等译《西藏通史－松石宝串》，《中国西藏》杂志社、西藏古籍出版社1996
年出版，525－526页。
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切。1518年，被明朝封为阐化王的帕竹政权的首领阿旺扎西扎巴把他在哲蚌寺西边的一座别墅赠给了根敦嘉措。这座别墅在三世达赖喇嘛索南嘉措居住时改名为“甘丹颇章”，这个名字后来还成为格鲁派建立的西藏地方政府的名称。得到这座别墅不仅使根敦嘉措有了专门的住宅，而且还有了属于他这个活佛转世系统的土地和属民，建立起他自己的侍从组织，这应该说是后来的格鲁派大活佛都有拉章组织的最早的雏形。也只是到这时，根敦嘉措才成为了我们今天从宗教社会学的意义上理解的一个真正的“活佛”。
七、圆寂
根敦嘉措在出任哲蚌寺和色拉寺法台以后，他的活动范围主要在前藏地区。每年在主持拉萨的正月祈愿大法会以后，他春季主要在哲蚌寺和色拉寺讲经传法，有时也到拉萨附近的寺院去巡礼和传法。到夏天的六、七月，他都要到曲科杰寺去和300多僧人一起住夏，他还组织进行曲科杰寺的后续修建工程，增修了扎仓的经堂和僧舍等，同时给僧众讲经，到十月份才返回拉萨。1523年夏天在曲科杰寺兴建了一尊高20来米的弥勒佛铜像。在他的关心和组织下，曲科杰寺在这一时期规模不断扩大，成为前藏地区格鲁派的著名的大寺院。
根敦嘉措是格鲁派在困难的时期推举出来的一个领袖人物，他用一生的精力云游前后藏各地，兴建寺院，出任几个大寺院的法台，维系格鲁派的内部团结，争取到帕竹政权首领的大力支持，使格鲁派得以稳固下来，仍然作为一个重要的新教派而存在。但是到他晚年时，随着帕竹政权的进一步衰落和仁蚌巴势力的扩大，格鲁派又开始遇到新的危险。就在他辞去色拉寺法台职务的1537年的秋天，拉萨东北的止贡噶举派和格鲁派发生了冲突，止贡噶举派用武力迫使拉萨东北的18座小寺院改宗止贡噶举派39，这虽然还没有使格鲁派大丧元气，但是这是一个新的困难时期到来的信号。5年后，1542年的春天，根敦嘉措因病在哲蚌寺去世，终年67岁。
根敦嘉措去世时，已经被人们称为哲蚌寺活佛。他在哲蚌寺有自己的拉章，有一大批弟子门徒，所以他去世后哲蚌寺就按照当时的惯例去寻访他的转世灵童，期望根敦嘉措的转世来继承他的事业，带领哲蚌寺和格鲁派走向新的时期。
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东嘎·洛桑赤列《论西藏政教合一制度》。
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