三、争论焦点
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食品安全性环境安全性经济效益主粮的风险
支持者的理由
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中国农业部：
转基因技术是现代生物技术的核心，运用转基因技术培育高产、优质、多抗、高效的新品种，能够降低农药、肥料投入，对缓解资源约束、保护生态环境、改善产品品质、拓展农业功能等具有重要作用。
支持者的理由
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方舟子：美国人已经食用很多年了，三大主粮的转基因早就批了。方舟子：我天天吃。
不能证明有害即是无害。
根据“国际农业生物技术教育应用推广中心”的统计，1996－2004年，使用bt棉减少杀虫剂用量一半以上；棉花增产明显，南非增产25%，北美10%，中国5－10%。
经济效益明显
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世界粮农组织2004年统计：美国1992－1995棉铃虫杀虫剂喷洒年平均4.6次，1999－2001使用转基因bt棉后减少到0.8次，按2002年使用统计，大约减少100万公斤，棉农年净收入增加1.05亿美元。阿根廷和美国种植转基因大豆的农民在2001年分别获益3亿和1.45亿美元，未使用转基因大豆的农民经济损失为2.91亿美元。
统计资料表明，2000年转基因作物使全球杀虫剂使用量减少2230万公斤。由于减少喷药，柴油使用减少由3100万升，减少二氧化碳排放11亿吨。
反对者的理由
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存在食用安全性风险经济效益是短期现象
生态安全性问题已经显现
主粮安全性成为粮食安全的新问题