安全问题的证据
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2004年7月28日，美国国家科学院完成了特别专题研究并发布研究报告，指明：转基因食品可导致难以预见的主基因（Host DNA）破坏，而用现有的审核和监测系统，美国各政府机构不能发现这些破坏。
美国国家科学院列举了审核转基因食品产品的时候所没发现的异常：
食用了转基因玉米等转基因食物的老鼠，出现血细胞和肝脏细胞异常、肝脏比没食用的更重；食用了转基因玉米的猪，在美国中西部农场出现假孕或不育；
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使用转基因饲料的鸡的死亡率比使用自然饲料的死亡率高出两倍；
转基因大豆被引入英国以后，对大豆过敏人口猛增50%，巴西出现同样状况。美国在1997－2002年间，花生过敏者增加了一倍。种植转基因大豆从1997年开始。花生过敏和大豆过敏有交叉反应。
印度，羊吃了转基因棉花的叶、杆后，死了四分之一，一周内死了10000只。
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1998年秋，苏格兰Rowett研究所的普兹泰教授（Pusztai）就在电视上公开宣称，他的实验证明，实验鼠肾脏、胸腺和脾脏生长异常或萎缩或生长不当，脑部萎缩，多个重要器官也遭到破坏，免疫系统变弱。
1997-1998年，英国等实验分析发现转基因食品导致某些动物健康异常和种植区域出现异常。英国政府资助的研究显示，食用了转基因土豆的老鼠出现了肝脏癌症早期症状、睾丸发育不全、免疫系统和神经系统部分萎缩等异常现象。
2004年先正达研发的转基因Bt-176玉米爆发丑闻，德国黑森州北部农民从1997年开始试种Bt-176玉米，并用作奶牛的补充饲料，2000年当农民开始提高该玉米在饲料中的比例后，所有的牛都死了。
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2005年5月22日，英国《独立报》又披露了知名生物技术公司“孟山都”的一份报告，以转基因食品喂养的老鼠出现器官变异和血液成份改变的现象。
2005年11月16日，澳大利亚联邦科学与工业研究组织（CSIRO）发表的一篇研究报告显示，一项持续4个星期的实验表明，被喂食了转基因豌豆的小白鼠的肺部产生了炎症，小白鼠发生过敏反应，并对其他过敏原更加敏感，并据此叫停了历时10年、耗资300万美元的转基因项目。
2006年，俄罗斯科学院高级神经活动和神经生理研究所科学家伊琳娜.艾尔马科娃博士研究发现，食用转基因大豆食物的老鼠，其幼鼠一半以上在出生后头三个星期死亡，是没有食用转基因大豆老鼠死亡率的6倍。
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2007年，在奥地利政府的资助下，泽特克教授及其研究小组对孟都山公司研发的“转基因玉米
NK603（抗除草剂）和转基因玉米MON810（Bt抗虫）的杂交品种”进行了实验。在经过长达20周的观察之后，发现转基因产品影响了小鼠的生殖能力。2007年，法国科学家证实，孟山都公司出产的一种转基因玉米对人体肝脏和肾脏具有毒性。
2008年，美国科学家也证实了长时间喂食转基因玉米，小白鼠的免疫系统会受到损害，该研究成果发表在同年《农业与食品化学》杂志上。