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2009年年底，法国科研人员发表的实验报告说明，转基因对老鼠内脏有显著的毒性副作用；该报告还指明了孟山都实验数据有严重方法问题和不完整问题，即其所谓安全结论是非常不可靠的。
自转基因作物上市以来，狗猫等宠物饲料导致病变或死亡的案例大增、以至于宠物饲料召回数量超常增加。
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2009年05月，美国环境医学科学研究院以相当强烈的语言发表声明、向所有成员医生提出建议，说：转基因食品对病人有严重的安全威胁；因此，为病人治疗安全和公共健康安全，我们（该机构）号召成员医生不要让他们的病人食用转基因食品，并教育所在社区民众尽量避免食用转基因食品。据华盛顿智囊团Pew研究中心一份44国民意调查显示，西欧和日本分别有81%和76%的人都因为健康和环境理由反对转基因食品，美国也有55%的人认为转基因食品是不良的。
过半男生精液不合格
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广西新闻网2009年11月19日：广西19所高校的217例大学生志愿者的精液进行了质量分析，竟有56.7%的大学男生精液质量异常。玉米作为广西水稻后第二大主食的农作物，至今还是广西5000万人中1000万人不可缺少的主要口粮。
广西自2001年开始种植转基因玉米，广大农民在不知情的情况下种了1026万亩。
已经发生过死人事件！
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1994年美国发生过一种原因不明病症，临床表现是麻痹、疼痛肿胀、心脏异常、记忆受损、头痛、消瘦，共有37人死亡，1500人肢体麻痹致残，5000多人偶发性无力。
原因是食用了一种转基因细菌色氨酸食品添加剂，毒性机理是异常代谢的产物过度积累致毒。
基因的整体反应性
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2010《纽约时报》报道说，新提出的“基因的整体反应性”使得转基因所有的安全评估失效。
这个理论击垮了转基因农业作物的基础，因为转基因作物的假设是单个基因可以精确地被插入，只有一个单一的效果，但其实是有整体效果，以前却并未被考虑在内。