不能增加经济效益
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1996年-2001年，仅为种植转基因玉米，美国玉米农就支付了6.59亿美元，而收入却是6.57亿美元，亏损9200万美元。由于许多欧亚国家严格限制转基因食品，美国的玉米农的出口损失了8.14亿美元。
绿色和平引用美国农业部的数据显示，来自孟山都公司的Roundup Ready(抗草甘膦)转基因大豆的减产，致使美国农民在2008年出现了数以亿计的损失。2008年该品种比普通大豆减产了5%，美国的大豆产量由于产量阻碍造成的损失达400至800万公吨。
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中美两国科学家对中国481户棉农的长期研究揭示了问题的另一面。研究人员经过历时7年的跟踪调查后发现，这些农户在种植转基因棉花的第三年经济效益最大，他们的平均杀虫剂用量比种植普通棉花者低70%，而收入要高出36%。
但情况从第四年开始发生逆转。转基因棉花尽管抑制了棉铃虫，但它无法杀死盲蝽等其他害虫，导致盲蝽侵害棉田。
2008年中国棉花盲蝽发生面积390万公顷，产量损失5万吨，分别是2000年的3.9倍和6.2倍，两者均创20年来的新高。
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路透社2009-11-17日报道、英国ISIS科研机构于2010-01-18颁布的报告说，美国转基因作物种植使美国农业农药施用量从1996年到2008年增加了3.83亿磅，2008年施用量比2007年增加了46%。康奈尔大学教授平斯特拉普?安德逊提供的具体数据：三大转基因作物，玉米、大豆、棉花，在1996-1998三年间，减少了农药使用量2060万磅，但是从1999到2004年六年间，这些植物的农药用量却增加了1亿4千3百万磅。九年之间转基因作物的农药用量净增1亿2千2百万磅。
基因污染
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夏威夷一些科研机构发现，当地采用转基因农作物以后，由于转基因作物的授粉传播作用，一些原始植物开始出现萎缩现象。在加拿大西部的几个农场，菜农们反映使用转基因菜油种子造成了“基因污染”，使该地不带油的其它品种蔬菜难以正常生长，使该地菜农的蔬菜销售损失了1000万美元。
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英国农业、渔业和食品部承认，转基因作物的花粉漂移到种植区域以外不可避免，已经产生了抗除草剂的杂草。
最早商业化种植的几大类转基因作物已经威胁到生物多样性，配合转基因作物的广谱除草剂，能够不加选择地消灭野生植物品种，对动物也有毒性。