（二）组织管理不够完善
高职院校书院运行的基本保障是组织管理任务。然而，一些院校并没有创办相应的书院管理部门，而是让其教务与学生事务部门共同负责，导致组织管理难以协调一致。在组织结构的构建上，有些主管部门对书院制度的作用、功能没有形成准确认知，构建的组织结构尚未完善，有的则过于简单，对书院组织机构的具体工作划分不够明确。部分书院虽有组织结构，但因人事安排不足使相关工作止步不前。因此，书院在组织管理方面与已有的高职院校运行模式还未实现交融。书院制实行学生住宿形式的管理，要求辅导员全方位教育管理学生，该转变加大了辅导员的工作强度和难度。
（三）资源配置明显不足
完善的资源配置是书院为学生提供良好学习生活环境的前提，但某些高职院校的书院在资源配备上明显不足。首先，就经费而言，大部分高职院校的书院属于学校的新生机构，运行时间较为短暂，运行成果还不显著，导致无法获得充足的经费投入。其次，就师资而言，大部分书院教师的资历相对薄弱，尤其是在满足书院导师制需求的前提下，很难筛选出大量合适的导师。更重要的是，高职院校书院学生的数量尤为庞大，其在师资配备方面十分匮乏。最后，在硬件设施方面，书院借鉴的西方住宿书院形式大多是相对完整的社区，在硬件设施的投入上相对较为充裕。国内很多高职院校的书院建立在传统宿舍的基础上，虽然有所改进和完善，但在宿舍的功能设计和硬件设施投入上仍表现不足，需要进一步加强完善。
（四）文化内涵缺乏特色
文化内涵是书院精神层面的集中表现。作为学生教育管理的新模式，书院制在实践过程中改善了相关的硬件设施，也制定了相关的制度措施。然而，相关部门在文化塑造上仍存在不足，很多高职院校的书院并没有造就自身独具一格的文化特点。大部分书院致力于学生管理事务，过于看中外在形式，却忽略了书院的文化传递，导致出现文化内涵缺失的现象。书院通常以导师制为重点，而事实上符合条件的导师并不多，难以对学生开展个性化培养，且师生间互动的频率也有待提高。书院的文化内涵还体现在书院的院训、学规等方面，但部分高职院校的书院并未形成独具特色的院训、学规等。
三、书院制视角下高职院校教育管理模式的优化路径
（一）制度建设：以学生为本，从学校实际出发，优化制度环境
第一，始终以学生为本。要坚持以学生为本的教育理念，以学生为中心开展教育管理工作，将学生的发展需要作为充分考虑的要点，从而促进学生综合全面地发展。书院制是以促进高职院校学生的全面发展为目标的教育管理改革，高职院校唯有建立完善的体制机制，才能保证书院的正常运行。在建设书院管理制度时，相关部门应形成以生为本的教育理念，掌控好制度设计路向。目前，随着产业结构调整步伐的加快，社会急需一大批综合型、创新型的骨干精英，高职院校在书院制度建设方面既要满足当代社会对骨干人才培养的共性要求，也要遵从学生全面、自由、个性发展的价值追求。
第二，从学校实际出发，建立科学的管理制度。目前书院制已经在一些高职院校成功实践，并在学生的培养上卓有成效。然而，某些高职院校在采用书院制管理模式的过程中，对书院制的调研分析较为浅薄，对具体运作要求的了解不够透彻，未能基于院校自身条件，导致在实践过程中问题频现。因此，高职院校不仅要深入了解书院制的实质，也要综合考虑院校自身，设计出有利于教育发展的书院制模式，还需要有配套的管理制度相辅助。在设计管理制度时，不仅要效仿优质院校的优秀成果，也要全方位地与院校的实际情况相联系，这样才能保证制度建设的系统性、科学性以及可操作性。
第三，提供优质的制度运作环境。首先，将运作机制包含在制度内容之中，确保制度内容具备逻辑性、协调性、指导性和可行性。书院制在很多高职院校中属新生事物，各方对其持有的观点不一，在建立过程中应当采纳各方的意见，有效地提升制度的质量与认同感，保证制度执行的效果。其次，做好书院管理制度的宣传工作，让管理制度更具广泛性、透明性，从而营造良好的执行氛围。最后，厘清运作主体的职权范围，避免不必要的纠纷，同时构建协调沟通机制，加强院校各个部门和书院间的密切合作。
（二）组织管理：结构合理，内外相联，鼓励学生参与
第一，设计科学合理的组织机构。书院的组织结构对其运行形态起着至关重要的作用，可对信息、工作以及人员等进行管理性的安排，保障书院教育管理目标的实现。首先，根据书院教育计划，对管理工作者进行明确的分工，确立科学合理的管理层次。其次，从工作环境的角度出发，增大管理的横向范围，缩小管理的纵向范围，从而达到扁平化的管理效果。最后，在做好职务设计的前提下，理顺各部门之间的联系，在管理决策权限的分配上做到科学合理。
第二，厘清组织内外联系。首先，在调节书院内部联系时，一方面要处理好书院各组织部门之间的关系，既要划清各部门的职能界限，也要确保相互合作；另一方面要妥善处理与教职工的关系，教职人员尽心尽力地投入书院的工作，要尊重教职人员的辛勤付出，与他们保持良好的关系，为其工作提供支持。同时，还要处理好与学生之间的关系，充分了解学生的心理，积极主动地关心学生的学习与生活。其次，在处理书院外部联系时，要将重点放在与院校其他各部门间的关系上。作为学校的新生事物，书院应当积极与其他各部门建立良好的联系，争取在较短时间内取得各部门的支持与理解。同时，还要处理好书院和地方社区的关系，及时主动地与地方社区建立起合作关系。
第三，鼓励学生积极参与书院组织管理。学生既是书院的管理对象，也是书院管理的参与主体。目前，已有学生参与书院管理并取得良好效果的成功范例。高职院校应鼓励学生主动参与书院的各项活动，充分发挥他们的聪明才智，真正使书院成为学生自我教育、自我管理以及自我服务的平台。应摒弃传统的单一化行政管理模式，在书院的组织机构中安排学生参与管理书院的日常事项，从而调动学生参与书院管理的积极性，锻炼培养学生的组织能力、沟通能力和社会领导能力。