学科作为“基于知识分类而派生制度的一种人为建构”[3]，其内涵的两重性提供了学科危机划分的逻辑起点。学科内涵的两重性是指学科包括两层意义上的理解，即知识分类和制度建构。首先，从学科本源而言，学问分支或知识分类是学科的基质。任何一门学科的出现，都是知识演化的产物，“体现为自主自为的逻辑，与知识生产、分化和整合的内在逻辑间具有耦合性”[4]。其次，从学科的社会学意义而言，学科还是一种组织机制的建构，产生了多维度的社会学意义上的“关系”。社会学意义上的学科内涵，其出发点是通过制度建构来保障学科发展的资源供给，“拥有以正确的规则程序为基础而形成的一套制度性建构，比知识生产本身更为重要”[5]。因此，从学科内涵两重性来看，学科建设是“内外兼修”，既要关注知识维度的学术合法性，也要关注社会学意义上的制度合法性。依据此，高等教育学的学科危机分为学术性危机和制度性危机两种类型。
高等教育学的学术性危机，指向高等教育学的学科内部构成要素，来源于高等教育学能否满足知识划分的标准。高等教育学的学术性危机，主要表现在对传统经典学科标准的解答，细分为三方面。第一，如何去论证高等教育学的知识分类具有不同于其他知识分类的独特性和不可取代性，即学科研究对象独立性的论证。第二，采用何种研究方法可以更有效地提高学科知识生产效率，以及该学科的学科研究方法是否契合该学科研究对象的独特性，即学科研究方法独特性的论证。第三，是否存在高等教育学的基本命题以及逻辑自洽的学科理论体系，即学科基本理论独特性的论证。简而言之，高等教育学的学术性危机来源于其自身对学科标准的达成程度。如果高等教育学能满足学科标准的三维度，则学术性危机不存在。反之，如果高等教育学的学科内部建设还未能解决独立的学科研究对象、独特的研究方法、完善的学科理论体系的问题，则会产生学科的学术性危机。
高等教育学的制度性危机，指向高等教育学的学科外部制度建设，来源于外部社会影响因素与该学科的匹配程度。一门学科的持续性发展，除了满足内部的知识演化逻辑之外，还应关注学科外部社会资源的获取。这些社会资源主要包括学术共同体、学术组织、人才培养、学术交流机制、国家和社会认可、经费获取等多方面。高等教育学的学科外部机制建设，目的在于通过一定的制度建设，获得国家和社会的承认，从而获取所需资源。制度性建设对于我国高等教育学的发展至关重要。我国高等教育学的产生并不是传统意义上的由内而外的发展路径，而是由外而内的路径[6]，即在学科内部发展没有成熟的情况下，被纳入国家学科目录而获得国家行政认可。先赋予高等教育学具有行政合法性，通过制度建设来确保国家支持，然后再走学科内部建设和外部建设同步推进的发展路径。无可否认，高等教育学的这种发展路径，在进入学科目录获得国家承认从而带来资源配置优势的学科发展环境中，有力地推动了高等教育学的发展。但与此同时，由于高等教育学先天的内部建制不成熟，其发展很大程度上依赖外部学科制度，对国家学科政策产生了很强的制度依赖性。国家学科政策的调整，势必会影响其发展。如果这种制度性保障出现缺位，学科就会面临危机，即制度性危机。
二、学术性危机：挥之不去的“旧伤”
学术性危机来源于学科的学术合法性论证。高等教育学自从创建以来，一直处于学术合法性的论证过程中，即从传统的经典学科标准来塑造高等教育学，进而使其成为一门具有独特研究对象、独特研究方法和完善的学科理论体系的成熟学科，践行“打铁还需自身硬”的学科信仰。对高等教育学的学术合法性的论证，虽取得了一些有影响力的成果，深化了认识，然而这种努力，仍未使得高等教育学的学科发展完全摆脱危机，学术合法性论证仍未成熟，“我国高等教育研究完成的是社会建制和社会运作层面上的范式建构，观念层面的范式建构还远未完成”[7]，高等教育学的学科发展内部动力不足，学科建设的“内忧”导致学术性危机。
(一)“高等教育学究竟是不是一门学科”的学术危机命题
改革开放以后，如何更好地遵循规律来发展高等教育成为时代呼唤。为了更好地、有组织地产出高质量的高等教育研究成果，以学科建制的形式增强高等教育研究能力成为学术界的愿景。加之我国实行国家学科政策，能否进入国家学科目录成为决定资源获取的关键。学术界的愿景和国家学科政策共同促使高等教育研究从一开始就以学科为发轫。1983年高等教育学列入学科目录成为教育学的二级学科，获得了国家赋予的二级学科建制的行政合法性。
尽管高等教育学获得了国家赋予的学科建制，但这种政策性承认并不代表其理所当然就是一门学科。学术界的学科化愿景只是表明学科化的可能。然而这种可能性能否在学科标准上支撑起学科建制，仍是待解决的问题。高等教育学究竟是不是一门学科，变成了学术性危机，学术界对此进行了探讨。回顾研究界对该命题的解答，其出发点在于正确处理高等教育学与教育学之间的关系。高等教育学初创时期，很大程度上是对教育学，严格来说是对普通教育学的移植，“高等教育学=教育学原理+高等教育实践”[8]，难以凸显高等教育学的独特性。为了与普通教育学保持适当的距离，高等教育学从研究对象、研究方法和学术理论体系等方面开始了学科独特性的学术合法性论证。高等教育学研究对象的辨别、基本研究范畴的探究、逻辑起点的探讨、基本理论体系的构建等方面，其出发点都是为了更好地体现学科独特性，同时也有一些有影响力的研究成果。在命题解答方面，虽然承认了高等教育学是一门学科，但同时也是“正在发展、有待提升和有待成熟的学科”[9]。学科内部基本问题仍未得到学术界的统一，学科内部发展仍存在张力。学术界对“高等教育学究竟是不是一门学科”命题的解答，仍在进行，表明高等教育学的内部仍存忧患，危机根源未消失。
(二)“高等教育学究竟是学科还是领域”的学术危机命题
高等教育研究呈现两种倾向：一种是我国大部分学者所承认的学科化；另一种则是国外学术同行所主张的“领域论”，即高等教育研究是一个多学科参与的研究领域，不承认其学科建制。如果说“高等教育学究竟是不是一门学科”的命题关注的是高等教育学与教育学之间的关系，那么“高等教育学究竟是学科还是领域”的命题则关注的是高等教育学与多学科研究之间的关系。第一个命题是我国土生土长的危机，第二个命题则是学科建设的“中国特色”与“国际化”之间的冲突带来的危机。