知识演化呈现出分化和综合并存的大趋势，并影响着学科发展。学科是基于知识分类而产生的制度建构，但受到“知识分类基础上的综合”观念的影响，原有学科之间的边界被打破，多学科研究、跨学科研究等成为新趋势，传统意义上的学科知识分类观被逐渐瓦解。多学科参与成为共识，学科论与领域论逐渐走向融合，呈现“学科研究领域化”和“研究领域学科化”的新常态。在此背景下，多学科研究对高等教育学的学科建设带来新挑战。加之高等教育学无法实现经典学科标准所主张的研究对象、研究方法和学科理论体系的“三独立”标准。因此对于多学科的挑战，高等教育学似乎处于“下风”。高等教育学由于缺乏独特性，无法守住自身边界，多学科纷纷介入，“导致高等教育学出现‘被殖民’学科样态”[10]。高等教育学学科建制的支持者对此进行了辩护，从方法论意义上接纳了多学科研究方法的重要价值，从高等教育现象的复杂性角度论证了多学科参与有助于全面认知高等教育现象的优势所在。然而整体而言，高等教育学与多学科之间并不是僵化的对立，高等教育学本着“中体西用”的实用主义精神促进多学科研究的“本土化”。高等教育学的学科建设逐步接纳和利用多学科研究，但是并没有成功化解两者之间的对立。多学科研究的挑战仍存，对高等教育学的学科发展所造成的危机仍存。
三、制度性危机：面临的“新病”
学科制度分为两种主要模式：一种是国家学科制度，另一种是学术共同体学科制度。国家学科制度模式中，国家主导着学科制度的颁行以及学科目录的编制，兼具学科统计和行政管理的双重功能。学科只有进入国家学科目录，才能得到国家层面的承认，学科才能获得相应的支持。而学术共同体学科制度，不同于国家学科制度，一门学科成立与否的决定权在于学术共同体，而非经过国家的行政确认。学术共同体学科制度不具有国家学科制度的国家管理功能，只是具有学科统计的功能。我国的学科制度是国家学科制度，通过学科目录“对专业划分、专业设置以及与之相联系的招生、学位授予等进行宏观管理，发挥着指令性作用”[11]。
我国高等教育学的诞生环境是国家学科制度。国家学科制度赋予高等教育学的行政合法性，“高等教育学学科的出现始于学科建制”[12]。高等教育学在学科内部建制还未完全成熟的情况下，在1983年进入国家学科目录成为二级学科，获得国家承认。进入学科目录，对于高等教育学而言具有重要意义，意味着国家资源的获取资格，弥补了由于“先天不足”所带来的学科发展困境，至少在学科外部制度上获得了国家支持。事实也证明，这种外部建制先于内部建制的学科发展路径，促进了高等教育学的生根发芽。由此可见，我国高等教育学的发展得益于国家学科制度。学科发展初期，在自身能力还未足够强大时，通过国家学科制度的扶持而获得发展空间。与此同时，这种学科发展路径也造成了高等教育学制度依赖的特征。高等教育学过度依赖学科制度，往往就会“沉溺于现实需要以及受到过多外部力量的干预”[13]。高等教育学的产生，似乎是国家政策调整的结果，而非知识自然演化的结果。我国高等教育学30多年的发展，很大程度上依附于国家学科制度对于其二级学科地位的行政确认，这种依附性发展为学科发展埋下了危机伏笔。
(一)国家学科制度调整取消了高等教育学的二级学科建制
高等教育学是以二级学科的身份获得国家承认，二级学科身份意味着“护身符”或“入场券”，尤其在学科内部发展还未成熟时。二级学科地位的确认，对于高等教育学而言具有重要意义，使其能获得发展所需的政策支持和资源供给。如前所述，高等教育学很大程度上依赖于国家学科制度所赋予的二级学科地位。但这一切都随着国家学科政策调整而出现转变。2011年国务院学位委员会对学科制度进行调整，在其所颁布的《学位授予和人才培养学科目录》中，只保留学科门类和一级学科的设置，取消了二级学科的学科建制。这次学科目录调整取消了二级学科建制的出发点在于减少国家事无巨细的行政干预，将学科发展主导权部分下放到学位授予单位，各学位授予单位在一级学科下自主进行学科布局和优化。取消二级学科建制也是顺应知识分化和综合大趋势的战略调整。但是二级学科建制的取消，对于以二级学科出身的高等教育学而言，却难以体味到政策调整所带来的益处，反而在学科建制层面出现危机。二级学科建制的取消，高等教育学成为教育学一级学科下的研究方向，高等教育学的学科建制出现衰落。这种衰落，对于具有制度依赖性的高等教育学而言，意味着其长期所依赖的学科制度支持的消失，以往学科制度所附带的资源供给减少，对于高等教育学是一次事关生存的学科危机。
国家学科制度调整中二级学科建制的消失，高等教育学的未来道路如何选择，学术界进行了探讨，主要成果是“再学科化”战略的提出[14]。“再学科化”主要解决的是在坚持高等教育学的学科化前提下，如何克服二级学科建制丧失所带来的困境，其核心在于一方面立足于现代学科性质的学科建设，另一方面力争在学科目录中一级学科地位的获得，“纳入国家的学科目录体系，取得学科的社会建制，这是高等教育学适应现行学科管理体制的必要选择”[15]。未来高等教育学的“再学科化”能否顺利实现，还在探索之中，虽说成效有待明确，但也是一种新的路径选择。但“再学科化”是解决二级学科地位丧失的一种策略选择，未来或许还会出现新的选择。但是由于二级学科建制取消所带来的学科困境未破解之前，高等教育学仍会继续面临着二级学科建制消失所带来的学科危机。
(二)“双一流”建设战略和第四轮高校学科评估对学科发展空间的挤压
对于高校而言，学科兼具科学研究和人才培养的双重功能，学科是高校发展的核心所在。通过国家学科政策来引导和规范高校学科的优化，成为国家战略选择突破口。在国家相关高等教育政策逐步聚焦学科建设时，高校必然会将学科建设作为重中之重。这源于政策所带来的资源配置。“双一流”建设作为国家战略的重要组成部分，通过对入选高校和学科进行扶持，增强其发展动力，对于高校和学科发展具有重要导向价值。
“双一流”建设战略实施过程中，国家只是掌舵者角色，具体实施者由高校来担任，这就将学科建设的责任和压力传导给高校。高校如何通过学科布局和优化来提升学科影响力，进而在“双一流”建设中站住脚而获得国家支持，成为高校的难题。高校的学科发展，主要聚焦在如何“做大、做强”上。在原有优势学科基础上进行再提升成为共识。“学科危机与一个学科在学校内的地位有关，如果该学科在学校内的影响力微弱就会有危机，反之就不会。”[16]在“掐尖投资”的逻辑下，高校那些非优势、非特色学科往往成为战略“牺牲品”。高等教育学往往被划归到非优势学科之列，很难在新一轮学科调整中获得关注。高等教育学由于对高校学科排名的贡献率偏低，导致其在高校学科布局中面临裁撤并。“双一流”建设的政策调整，在激发高校学科建设的激情时，也可能人为挤压了高等教育学的发展空间，造成学科危机。