第二部分 从18SrDNA序列分析虫霉目属间的(2)

2020-05-09 09:18

中国科学技术大学博士论文

布伦克虫疠霉 Pandora delphacis (Hori)

*ARSEF459

飞虱虫疠霉

Pandora dipterigena (Thaxter)

*ARSEF397

双翅虫疠霉

Pandora kondoiensis (Milner)

*ARSEF825

近藤虫疠霉

Pandora neoaphidis (Remaud. & Henn.)

ARSEF5403

新蚜虫疠霉

Schizangiella serpentis Humber (sp.

*ARSEF203

nov., unpubl.)蛇裂梗霉

Strongwellsea castrans Batko & Weiser

绝育斯魏霉

Zoophthora anglica (Petch)

*ARSEF396

英吉利虫瘟霉

Zoophthora occidentalis (Thaxter)

*ARSEF3073

西虫瘟霉

Zoophthora radicans (Brefeld) (2)

KVL610

根虫瘟霉

Zoophthora radicans (Brefeld) (1)

F853

根虫瘟霉

(Lepidoptera: Plutellidae) Nephotettix cincticeps

AF368521

(Homoptera: Cicadellidae) (Diptera: Nematocera)

AF368522

Acythosiphon kondoi

AF351133 (Homoptera: Aphididae)

Sitobion avenae

AF052405

(Hemiptera) Crotalus horridus

AF368523 (Squamata: Viperidae)

Delia radicum

AF052404

(Diptera) Agriotes sputator

AF368524 (Coleoptera: Elateridae) Acythosiphon pisum (Homoptera: Aphididae) Epinotia aporema

AF052404

(Lepidopera)

?

D61381 AF368525 注:带有星号的菌株,为本次所研究;带有下划线的序列登录号为我们在GenBank中所注册

二、方法

(一)萨氏葡萄糖蛋黄牛奶培养基的制作

将3个新鲜的鸡蛋放入200ml 70%酒精(内加2ml丙酮)液中浸泡2h,灭菌。称取葡萄糖11.9g,蛋白胨4.5g,琼脂8.9g,加入水480ml,加热至沸腾,再用二层纱布过滤,倒入三角瓶中,加塞,在1.5Kg/cm2压力下灭菌15min,灭菌后放在60℃水浴锅中,制得萨氏葡萄糖琼脂培养基(SDA),同时取新鲜牛奶51ml在1.0Kg/cm2压力下灭菌20min。在超净工作台中将灭菌的鸡蛋上的酒精,在酒精灯上烧净,无菌地将蛋打开,将其蛋清倒掉,蛋黄倒入灭菌的烧杯中,再和已降至

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60℃的SDA培养基、牛奶混合,用灭菌玻璃棒充分搅匀,再倒皿,凝固后加入同皿大小的灭菌玻璃纸。放置4℃冰箱备用。

(二)菌体培养

将供试菌株的菌丝,接至萨氏葡萄糖蛋黄牛奶培养基之上,置于光照培养箱中培养14天(18℃),从玻璃纸上剥离菌体,冷冻真空干燥,备用。

(三)溶液配制

1、DNA提取液

100mM Tris-HCl(PH9.0) 40mM EDTA(PH8.0) 2、10% SDS

10g SDS定容至100ml(注意:在气温较低的环境中,会有部分SDS析出, 使用前将溶液在50℃水浴锅中将其完全溶解。) 3、3M NaAc(PH5.2)

4、10mg/ml Rnase(Dnase-free):用前100℃10min灭活Dnase 5、氯化苄(分子式PhCH2Cl):北京化学试剂厂分析纯原液。 6、1×CTAB DNA提取液(参考Doyle,1991;Sambrook,1989)

1%(W/V)CTAB 10mM Tris-HCl(PH8.0) 20mM Na2EDTA 1.4M NaCl 7、TE缓冲液

10mM Tris

1mM EDTA(PH8.0) 8、5×TBE电泳缓冲液

0.45M Tris 0.45M硼酸

20ml 0.5M EDTA(PH8.0)加水定容至1000ml 9、0.5M EDTA(PH8.0)

18.612g EDTA-Na2加水70ml,用10N的NaOH调PH值至8.0后,定容至

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100ml。

10、上样缓冲液(Loading buffer)(6×)

0.25%溴酚兰

40%(W/V)蔗糖水溶液 11、溴化乙锭贮液(EB)(10mg/ml)

1g溴化乙锭

100ml水 室温闭光保存 12、氯仿:异戊醇(24:1) 13、80%乙醇

14、LB培养基(Luria-Bertani培养基)

配制每升培养基,应在950ml去离子水加入: 细菌培养用胰化蛋白胨(bacto-trytone) 10g 细菌培养用酵母提取物(bacto-yeast extract) 5g NaCl 10g

摇动容器直至溶质完全溶解,用5mol/L NaOH(约0.2ml)调节PH7.0,加入去离子水至总体积为1L,在15 lbf/in2(1.034×105Pa)高压下蒸气灭菌20min。 15、SOB培养基

配制每升培养基,应在950ml去离子水中加入: 细菌每升用胰化蛋白胨(bacto-trytone) 20g 细菌培养用酵母提取物(bacto-yeast extract) 5g NaCl 0.5g

摇动容器使溶质完全溶解,然后加入250mmol/L KCl溶液10ml(在100 ml去离子水中溶解1.86g KCl配制成250mmol/L KCl溶液),用5mol/L NaOH(约0.2ml)调节PH7.0,加入去离子水至总体积为1L,在15 lbf/in2(1.034×105Pa)高压下蒸气灭菌20min。

该溶液在使用前加入5ml经灭菌的2mol/L MgCl2溶液[在90ml去离子水中溶解19g MgCl2,然后加入去离子水至总体积为100ml,在15 lbf/in2(1.034×105Pa)高压下蒸气灭菌20min]和20ml经灭菌1mol/L MgSO4溶液[在180ml去离子水中溶解24.1g MgSO4,然后加入去离子水至总体积为200ml,在15 lbf/in2(1.034×105Pa)高压下蒸气灭菌20min],该培养基在倒皿前使其温度降至60℃左右加入氨苄青霉素1.2ml(50mg/ml)。 16、50mg/ml氨苄青霉素

0.5g氨苄青霉素粉剂溶于10ml灭菌的双蒸水,然后通过0.22?m滤器过滤除

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菌于-20℃保存。 17、1mol/L CaCl2

在200ml纯水中溶解54g CaCl2·6H2O,用0.22?m滤器过滤除菌,分装成1ml小份贮存于-20℃。 18、20mg/ml X-gal

X-gal为5-溴-4-氯-3-吲哚-?-D-半乳糖苷,100mg X-gal溶于5ml二甲基甲酰胺。保存于聚丙烯管中,装有X-gal溶液的试管须用铝箔封裹以防因受光照而被破坏,并应贮存于-20℃,X-gal溶液无须过滤除菌。 19、IPTG溶液

IPTG为异丙基硫代-?-D-半乳糖苷,在4ml蒸馏水中溶解1IPTG后,用蒸馏水定溶至5ml,用0.22?m滤器过滤除菌,分装成1ml小份贮于-20℃。 20、溶液Ⅰ

50mmol/L葡萄糖

25mmol/L Tris-HCl(PH8.0) 10mmol/L EDTA(PH8.0)

溶液Ⅰ可成批配制,每瓶约100ml,在10 lbf/in2(6.895×104Pa)高压下蒸气灭菌15min,贮存于4℃。 21、溶液Ⅱ(现配现用)

0.2mol/L NaOH(临用前用5mol/L贮存液现用现稀释) 1% SDS

22、溶液Ⅲ

5mol/L乙酸钾 60ml 冰乙酸 11.5ml 水 28.5ml

(四)DNA提取(朱衡等,1994)

1、0. 1g菌体加入0.5ml提取液,振荡使之与菌体充分混匀,再加入0.1ml 10% SDS、0.3ml氯化苄,剧烈振荡,使管内混合物成乳状。 2、在50℃保温1h,每隔10min振荡混合一次。

3、加入0.3ml 3M NaAc(PH5.2)混匀,冰水浴15min,6000转4℃离心15min。 4、取上清加入等体积的异丙醇室温沉淀20min。

5、10,000转室温离心15min,沉淀用70%乙醇洗一次,空干15min后,溶于500ml

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TE中。

6、加入5?l 10mg/ml RANase,在37℃水浴锅中保温30min

7、加等体积氯仿异戊醇(24:1)溶液,并剧烈振荡使之形成悬乳状,抽提5- 10min。

8、1300g离心10min,用移液器将上清移至干净的Eppendorf管中。

9、上清液中加入等体积的氯仿-异丙醇,如上操作,再提取一次,移入新管。 10、加入1/10体积的NaAc,再加入等体积冷异丙醇,上下转动,可见有絮状沉 淀析出,放入冰箱至过夜,使DNA沉淀,12,000g离心10min收集沉淀。 11、用1ml 80% 的冷乙醇将沉淀洗涤5min,洗涤两次。

12、除掉乙醇并在空气中空干15min,将DNA溶于50?l TE缓冲液中,-20℃ 保存备用。

13、在0.8%的Agrose胶上检测DNA的质量和浓度。

(五) 18SrDNA基因的特异性PCR扩增

1、PCR反应所需的Taq酶和dNTP分别购置上海生工生物工程公司和Promega

公司。PCR扩增反应:参照Jensen等(1998)扩增虫霉目18SrDNA基因所用引物

nu-SSU-0021-5’(CTGGTTGATTCTGCCAGT)和

nu-SSU-1780-3’

(AATGATCCTTCCGCAGGT),引物由上海Sangon公司合成。

2、按以下次序,将各物质加入一只无菌的0.2ml薄壁离心管中:

10×扩增缓冲液* 5?l dNTP(5?M) 8?l nu-SSU-0021-5'(10?M) 2.5?l nu-SSU-1780-3'(10?M) 2.5?l Taq DNA聚合酶(5U/?l) 0.3?l 模板DNA 2?l 灭菌双蒸水 29.7?l *10×扩增缓冲液:

Tris-HCl 100mM(PH8.3) KCl 500mM MgCl2 20mM Gelatin 0.01%

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