公元1731年(清雍正九年)，噶尔丹策零拥兵东犯，留台吉等守西路。昌吉之地在其控制下。
公元1755年(清乾隆二十年)农历一月，清政府军机大臣议奏 开发乌鲁木齐(包括昌吉)一带。三月，清政府发兵征讨准噶尔叛乱。六月，清政府平定准噶尔叛乱。昌吉之地逐渐安定。
公元1760年(清乾隆二十五年)农历三月，清政府准安泰等奏：自乌鲁木齐至罗克伦(昌吉西郊)之间，选择了水土富饶之地设立4个村庄，每庄屯兵800余名，委派游击、都司(均官名)各1员，进行管理。农历五月，军机大臣议奏同意杨应琚所请；于昌吉、罗克伦两处各设巡检(官名)2员，管理粮饷等事务。所设官员归哈密兵备道管辖。
同年，昌吉、罗克伦等处有屯兵3500人。
公元1761年(清乾隆二十六年)农历十月，由都司永海和革职总兵吴士胜等率兵督建昌吉城(即宁边城)，次年农历八月竣工。
公元1763年(清乾隆二十八年)农历十一月，旌额理等奏请将 罗克伦巡检移驻特纳格尔，归乌鲁木齐同知辖；将昌吉巡检移驻呼 图壁，归昌吉通判辖。军机大臣研究同意，并令改铸印记。
公元1773年(清乾隆三十八年)农历七月，清政府吏部议准陕甘总督勒尔理奏：将迪化(乌鲁木齐)州知州改为直隶州知州；将宁边(昌吉)州同改为知县，作为州属。昌吉县建立。当时县上官员除 知县外，还有训导、典史各1员；驻防有左营兵，官员有游击1、守备1、干总2、把总4，有马兵474名、步兵475名。
由上可知，昌吉这块土地自1800余年前归入汉朝疆域后，虽历经磨难，但仍在祖国的版图内，直到清朝的乾隆盛世 在这里筑城、建县，成为正式的行政区划，她的历史又翻开新的一 页。
一位清代官员陈庭学曾吟诗写建县20年后的昌吉：
征路仍空阔，天光接野芜。
墩疑高塔峙，树识远村孤。
迁户稠边县，行骆利坦途。
关河限中外，风土未全殊。
从诗中可知，战争的烽火早已远离昌吉而去，眼前出现的是一片虽仍显寥落但却是屯垦开发与各民族共处的和平宁静的新景象。
如今的昌吉：就如它的名字一样是昌盛吉祥，全市总面积8215平方公里，城市建成区面积30平方公里，总人口41万，其中农业人口10万人。