而非“属”(Genus)。表中在形态分类后面加注\。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调，与其它细菌统一为系统发育分类系统。
此外，因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物，包括多支互不相关的原生生物甚至高等水生植物，此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门(Cyanobacteria)细菌。但也可依据个人理念将名称定为“某菌”或“某蓝菌”，但应注意避免与其余细菌重名。
1. 第一目（色球藻目(Chroococcales)）@
1. 第一科@
1. 管孢藻属(Chamaesiphon)@ 2. 色球藻属(Chroococcus)@ 3. (Cyanobacterium)@ 4. (Cyanobium)@ 5. (Cyanothece)@
6. 蓝纤维藻属(Dactylococcopsis)@ 7. (Gloeobacter)@
8. 黏球藻属(Gloeocapsa)@ 9. 黏杆藻属(Gloeothece)@ 10. 微囊藻属(Microcystis)@
11. 原绿球藻属(Prochlorococcus)@ 12. 原绿藻属(Prochloron)@ 13. 聚球藻属(Synechococcus)@ 14. 集胞藻属(Synechocystis)@
2. 第二目（宽球藻目(Pleurocapsales)）@
1. 第一科@
1. (Cyanocystis)@ 2. (Dermocarpella)@ 3. (Stanieria)@
4. 异球藻属(Xenococcus)@
2. 第二科@
1. 拟色球藻属(Chroococcidiopsis)@ 2. 黏囊藻属(Myxosarcina)@ 3. 宽球藻属(Pleurocapsa)@
3. 第三目（颤藻目(Oscillatoriales)）@
1. 第一科@
1. 节螺藻属(Arthrospira)@ （包含商业化螺旋藻） 2. (Borzia)@ 3. (Crinalium)@ 4. (Geitlerinema)@
5. 盐螺旋藻属(Halospirulina) 6. (Leptolyngbya)@ 7. (Limnothrix)@
8. 鞘丝藻属(Lyngbya)@ 9. 微鞘藻属(Microcoleus)@
10. 颤藻属(Oscillatoria)@ 11. (Planktothrix)@
12. 原绿发藻属(Prochlorothrix)@ 13. (Pseudanabaena)@
14. 螺旋藻属(Spirulina)@ 15. (Starria)@
16. 束藻属(Symploca)@
17. 束毛藻属(Trichodesmium) 18. (Tychonema)@
4. 第四目（念珠藻目(Nostocales)）@
1. 第一科@
1. 鱼腥藻属(Anabaena)@ 2. 项圈藻属(Anabaenopsis)@ 3. 束丝藻属(Aphanizomenon)@ 4. (Cyanospira)@
5. (Cylindrospermopsis)@
6. 筒孢藻属(Cylindrospermum)@ 7. 节球藻属(Nodularia)@ 8. 念珠藻属(Nostoc)@ 9. 伪枝藻属(Scytonema)@
2. 第二科@
1. 眉藻属(Calothrix)@ 2. 胶须藻属(Rivularia)@ 3. 单歧藻属(Tolypothrix)@
5. 第五目（真枝藻目(Stigonematales)）@
1. 第一科@
1. (Chlorogloeopsis)@ 2. 费氏藻属(Fischerella)@ 3. (Geitleria)@ 4. (Iyengariella)@
5. 拟念珠藻属(Nostochopsis)@ 6. 真枝藻属(Stigonema)@
[编辑] 脱铁杆菌门(Deferribacteres) [编辑] 脱铁杆菌纲(Deferribacteres) 1. 脱铁杆菌目(Deferribacterales)
1. 脱铁杆菌科(Deferribacteraceae)
1. 脱铁杆菌属(Deferribacter) 2. (Denitrovibrio) 3. (Flexistipes)
4. 地弧菌属(Geovibrio)
5. (Mucispirillum)
2. 科未定
1. 暖发菌属(Caldithrix) 2. (Synergistes)
[编辑] 异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus) [编辑] 异常球菌纲(Deinococci) 1. 异常球菌目(Deinococcales)
1. 异常球菌科(Deinococcaceae)
1. 异常杆菌属(Deinobacter) 2. 异常球菌属(Deinococcus)
2. 特吕珀菌科(Trueperaceae)
1. 特吕珀菌属(Truepera)
2. 栖热菌目(Thermales)
1. 栖热菌科(Thermaceae)
1. 海栖热菌属(Marinithermus) 2. 亚栖热菌属(Meiothermus) 3. 海洋栖热菌属(Oceanithermus) 4. 栖热菌属(Thermus)
5. 火山栖热菌属(Vulcanithermus)
[编辑] 网团菌门(Dictyoglomi) [编辑] 网团菌纲(Dictyoglomi) 1. 网团菌目(Dictyoglomales)
1. 网团菌科(Dictyoglomaceae)
1. 网团菌属(Dictyoglomus)
[编辑] 纤维杆菌门(Fibrobacteres) [编辑] 纤维杆菌纲(Fibrobacteres) 1. 纤维杆菌目(Fibrobacterales)
1. 纤维杆菌科(Fibrobacteraceae)
1. 纤维杆菌属(Fibrobacter)
[编辑] 厚壁菌门(Firmicutes)（低G+C革兰氏阳性菌） [编辑] 芽孢杆菌纲(Bacilli) 1. 芽孢杆菌目(Bacillales)
1. (Alicyclobacillaceae)
1. (Alicyclobacillus) 2. (Pasteuria)
3. (Sulfobacillus)
2. 芽孢杆菌科(Bacillaceae)
1. (Alkalibacillus) 2. (Amphibacillus) 3. (Anoxybacillus)
4. 芽孢杆菌属(Bacillus) 5. (Caldalkalibacillus) 6. (Cerasibacillus) 7. (Exiguobacterium) 8. (Filobacillus) 9. (Geobacillus) 10. (Gracilibacillus) 11. (Halalkalibacillus) 12. (Halobacillus) 13. (Haloactibacillus) 14. (Jeotgalibacillus) 15. (Lentibacillus) 16. (Lysinibacillus) 17. (Marinibacillus) 18. (Oceanobacillus) 19. (Ornithinibacillus) 20. (Paraliobacillus) 21. (Paucisalibacillus) 22. (Pelagibacillus) 23. (Piscibacillus) 24. (Pontibacillus)
25. 糖球菌属(Saccharococcus) 26. (Salibacillus) 27. (Salimicrobium) 28. (Salinibacillus) 29. (Salirhabdus)
30. (Sasuginibacillus)
3. 4.
5.
6.
7.
8.
9.
31. (Tenuibacillus) 32. (Terribacillus) 33. (Thalassobacillus) 34. (Ureibacillus) 35. (Virgibacillus) 36. (Vulcanibacillus) (Caryophanaceae)
1. (Caryophanon)
李斯特氏菌科(Listeriaceae)
1. 环丝菌属(Brochothrix) 2. 李斯特氏菌属(Listeria) (Paenibacillaceae)
1. (Ammoniphilus) 2. (Aneurinibacillus) 3. (Brevibacillus) 4. (Cohnella) 5. (Oxalophagus) 6. (Paenibacillus) 7. (Thermicanus) 8. (Thermobacillus) (Planococcaceae)
1. (Filibacter) 2. (Kurthia) 3. (Planococcus) 4. (Planomicrobium) 5. (Sporosarcina)
芽孢乳杆菌科(Sporolactobacillaceae)
1. (Marinococcus) 2. (Sinococcus)
3. 芽孢乳杆菌属(Sporolactobacillus) 4. (Tuberibacillus)
葡萄球菌科(Staphylococcaceae)
1. 孪生菌属(Gemella) 2. (Joetgalicoccus) 3. (Macrococcus) 4. (Salinicoccus)
5. 葡萄球菌属(Staphylococcus) (Thermoactinomycetaceae)
1. (Laceyella)
2. (Mechercharimyces) 3. (Planifilum) 4. (Seinonella) 5. (Shimazuella)
6. (Thermoactinomyces)