图2.70 溶菌酶的球棒模型。在这个结构模型中也删除氢原子。
骨架模型
骨架模型仅显示多肽链的骨架原子或只显示各氨基酸的??碳原子。线段将相邻氨基酸的两个??碳原子连接起来(图2.71)。骨架只显示??碳原子,没有标出氨基酸残基的其他原子。
骨架模型表示蛋白质全貌的效果比空间填充模型和球棒模型好得多。但是骨架模型也很难观察到蛋白质的二级结构。
图2.71 溶菌酶的结构图。
绸缎图
绸缎图的草图化水平更高。绸带图通常用来强调蛋白质结构的若干特征,如??螺旋,??链(带箭头的宽带),环(细线),能清晰地看出蛋白质的折叠类型(图2.72)。绸带图能看出蛋白质全貌和蛋白质分子内的二级结构。进化相关蛋白绸带图结构类似,而进化无关蛋白的绸带图明显不同。
缠绕绸带用来表示??螺旋。但是膜蛋白的结构比较复杂,用圆柱表示螺旋绸带。这种方式描述的跨膜??螺旋易于识别。
记住绸带图的空余处也是充填满了原子的(如同前面空间填充模型所显示的),蛋白质内几
乎没有空余之处。绸带图谱的空余处可以用来标示蛋白质结构的其他特征。在绸带图中也可以用球棒结构模型或空间填充模型标出活性位点、底物、化学键、和其他结构成分(图2.73)。
图2.73 溶菌酶的绸带结构图。用球棒显示4个二硫键和功能上重要的天冬氨酸残基。