实验内容
实验一、从植物组织中制备基因组DNA 实验二、从哺乳动物组织中制备基因组DNA 实验三、质粒DNA的提取、酶切与电泳鉴定 实验四、DNA片断的纯化与定量
实验五、重组DNA分子的构建、筛选与鉴定 实验六、PCR扩增DNA技术
实验七、PCR扩增产物的限制性长度多态性(PCR-RFLP) 实验八、随机扩增多态性DNA技术(RAPD) 实验九、微卫星DNA技术
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实验一、从植物组织中制备基因组DNA
1.仪器
1.台式离心机 2.恒温水浴器
3.紫外分光光度计 4.琼脂糖凝胶电泳系统 5.紫外透射仪 6.微量移液器 2.材料
1.三羟甲基氨基甲烷(Tris) 2.乙二胺四乙酸(EDTA) 3.十六烷基-三甲基-溴化铵(CTAB) 4.氯仿
5.异戊醇 6.氯化纳 (NaCl) 7.β-巯基乙醇 8.乙醇 9.醋酸铵 10.液氮 11.陶瓷研钵 12.离心管 3.试剂
1.2%CTAB提取液 2. 氯仿:异戊醇:体积比24:1 3. 7.5M醋酸铵 4. TE缓冲液
3.操作步骤 (一)DNA的提取
1.每组取1g新鲜叶片放入预先经过冷处理的研钵中,在液氮中研磨成粉末状。 2.将细粉末转移到1.5 ml的Eppendorf管中,分别加入1ml CTAB提取液,充分混匀,置于65℃水浴中保温1 h。
3.从水浴中取出离心管,12 000 rpm离心10 min,将上清液转移至另一新离心管中。
4.每管中加入1/2体积的氯仿/异戊醇(24:1),轻缓地颠倒混匀,12 000 rpm离心5 min,上清液转至另一新离心管中。
5.每管中加入1/10体积的7.5 M醋酸铵和等体积的冰乙醇(100%),混匀,放置在-20℃冰箱中30 min或在室温下过夜。
6.12 000 rpm离心15 min获得DNA沉淀,70%乙醇洗2次,风干沉淀。 7.加入30ul TE缓冲液(含有10ug/ml RNase A)溶解DNA,并贮存在4℃冰箱中。
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(二)紫外分光光度法测定DNA含量
1. 吸取2ul DNA样品,加水至2 ml,混匀后,转入石英比色皿中, 2. 紫外分光光度计先用2 ml纯水校正零点,
3. 在260nm和280nm分别读出光密度,DNA样品的浓度为OD260×核酸稀释浓度×50/1000;浓度为ug/ul。 (三)琼脂糖凝胶电泳检测 1. 制备1%的琼脂糖凝胶;
2. 取2 ul样品,加3ul上样缓冲液(含溴酚蓝)和12ul无菌水,混匀; 3. 取一系列浓度不同的2ul标准样品(0.5-50ug/ml),分别加入3ul上样缓冲液和12ul无菌水,混匀后小心上样,开始电泳;
4. 将电泳后的凝胶浸入溴化乙锭染色液中染色,然后在紫外透射仪上观察结果,比较样品DNA和标准DNA的荧光强度,并估算出待测样品中的DNA浓度。
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实验二、从哺乳动物组织中制备基因组DNA
1.仪器
手术剪刀、眼科剪刀、酒精灯、台式高速离心机、电泳仪、电泳槽、微量移液器、凝胶成像系统、恒温培养箱、恒温水浴锅、电子秤量器、摇床、离心管、枪头、乳胶手套等
2.材料
猪冷冻肌肉组织、GL2000分子量标记。
3.溶液及试剂
1)化学试剂
TE 缓冲液、Tris饱和酚、氯仿、异戊醇、异丙醇、70%乙醇 2)酶类
蛋白酶K、RNA酶 4)电泳类试剂
1×TBE电泳缓冲液、6×蔗糖上样缓冲液、溴化乙锭溶液(EB)、琼脂糖凝胶
4.操作步骤
1.用剪刀剪取猪冰冻肌肉组织0.2~0.5g于1.5ml离心管内。
2.立即加入700ul STE液(含RNA酶),同时加入77ul 10%SDS液(总体积1/10),用眼科剪刀剪碎组织样品。
3.加入16ul蛋白酶K(20mg/ml),指弹混匀。
4.56℃消化8小时以上,直到肌肉组织颗粒消化完毕。 5.加700ul Tri饱和酚,置脱色摇床抽提2小时。 6.8000rpm离心5分钟,取上清液于另一1.5ml离心管中。 7.加700ul 酚氯仿(1:1)于离心管中,置于脱色摇床抽提1小时。 8.8000rpm离心5分钟,取上清液于另一1.5ml离心管中。 9.加700ul氯仿-异戊醇(24:1),置于脱色摇床抽提1小时。 10.8000rpm离心5分钟,取上清液于另一1.5ml离心管中。 11.加750ul异丙醇充分摇匀沉淀DNA。 12.8000rpm 离心3分钟沉淀DNA。
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13.倒掉上清液,加入1ml 70%冷乙醇指弹洗涤DNA沉淀。
14.12000 rpm 离心8分钟充分沉淀DNA,倒掉上清液,室温自然干燥DNA沉淀。 15.待DNA沉淀完全干燥,加200ul TE液溶解DNA,再加入2ul RNA酶,室温30min后放入4℃保存备用。若要长期保存,放入-20℃冰箱冻存。
16.配制0.8%琼脂糖胶(方法与实验一相同),取5ul DNA样品与适量溴酚篮(1ul)混匀后电泳。
5.电泳检测
1)1%琼脂糖凝胶的配制
称取1g琼脂糖,置于三角瓶中,加入100ml TBE工作液,混匀后将该三角瓶置于微波炉加热煮沸10sec,加入20ul(约一滴)溴化乙锭(1mg/mL),混匀后室温降温至50℃左右。用挡板封住胶板,在固定位置放上梳子,将凝胶缓慢倒入胶板,室温下静止30min左右,待凝胶凝固后,轻轻拔出梳子。拔掉挡板,将凝胶板放入含有TBE缓冲液的电泳槽中。 1)点样
取5ul提取的植物和动物基因组DNA,分别与适量的溴酚篮(样品的1/5)混匀后,点入凝胶孔内。同时将分子量标记5ul(DGL2000)也点入凝胶第一孔位置内。
注:DGL2000分子量标记分别是:2000bp, 1600bp, 1000bp, 750bp, 500bp, 250bp, 100bp。 2)电泳
接通电源后,将电泳仪的电压调至150V,电泳2小时左右,溴酚篮移动距点样孔3cm左右,停止电泳。 3)观察和拍照
将凝胶从凝胶板上取下,放到紫外观察箱中,打开紫外观察灯254nm,可见到大分子量的植物和动物基因组DNA。凝胶DNA的拍照采用凝胶成像仪(在植病重点实验室进行)。
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