教程—RasMol使用详解(5)

Pick certre可以选取一个原子为中心，使整个分子可以绕其做各种旋转活动。 Pick coord可在显示过程增加原子的坐标。 六、鼠标操作小常识

按住左键---移动鼠标可以使分子绕中心旋转 按住右键---使分子在x-y平面内平移

按住shift和鼠标左键---鼠标上移放大图像，下移缩小图像

按住shift和鼠标右键---鼠标左移以分子中心为中点在平面内顺时针旋转，右移逆时针旋转

按住ctrl和鼠标左键---上移使z平面向远离视线的方向移动并显示z平面以内的结构，下移向靠近视线的方向移动 七、命令行窗口的使用

虽然Rasmol的一些主要操作可以通过鼠标在主窗口操作来完成，但有些有用的操作还是必须通过命令行窗口来完成，而且有时以命令行窗口操作比鼠标操作更为便捷。下面我们来熟悉一些常用的命令： 1．想要打开一个分子文件，可输入：load [format] 。(注意：此处“[ ]”中的format可以省略，但“< >”中的filename不能省略。即凡是以“[ ]”标注的项都可省略，“< >”标注的项都不能省略。)该操作同鼠标操作的file?open。

如我们要打开位于D盘的DNA文件，可在命令行输入：load d:\\pdb\\DNA.pdb，也可省略为：load d:\\DNA.pdb。

2．退出程序的执行可输入：exit或quit命令。

3．想查看在线帮助主题可输入：help [topic[subtopic]]。

4．想关闭当前查看的分子文件，可输入：zap命令。操作同file?close。

5．下面我们详细介绍两个常用的命令：select 命令。该命令可以特定的选择分子中的某些原子或片断，借以color [object] 命令给选定的原子显示指定的颜色，可以在整个分子中寻找所要的原子。

我们以DNA为例来说明上面几个命令。在命令行中输入load d:\\Rasmol\\dna.pdb,打开文件，如下图：

然后输入select all选取整个分子，输入color green使整个分子显示绿色，如下图：

下面输入select backbone选择DNA的骨干，然后输入color white显示成白色，如下图：

Select 命令是用来选择物件的，可以选择的物件可为以下任意一项：

at alpha basic charged hetero large nucleic acidic amino bonded cyclic acyclic aliphatic aromatic backbone buried cystine cg helix ions neutral purine sidechain turn hydrogen hydrophobic ligand polar medium protein sheet surface pyrimidine selected small water solvent

Color 是用来给物件上色的，可选择的颜色可为以下任意一项： Black Orange Blue Brown Gold Green Pink Purple RedOrange SkyBlue White BlueTint PinkTint Cyan Grey Red SeaGreen GreenBlue Violet GreenTint HotPink Yellow Magenta YellowTint

6．下面将一些常用命令做一下系统的归纳：

Wireframe [Boolean]：显示wireframe模式，其中boolean项为on或off,下同 Wireframe ：value为一数值不可省略，改变棒状键的粗细程度

Set bondmode all：标记所有原子 Set bondmode none：不标记任何原子

Set bondmode not bonded：标记不成键的原子

Spacefill [Boolean]：显示实心球模式 Spacefill ：指定原子的半径值

Star [Boolean]：把原子显示成星状

Backbone [Boolean]：显示α碳主链 Backbone ：指定主链的半径值

Ribbons [Boolean]：显示实心的丝带 Ribbons ：指明丝带的宽度

Strands [Boolean]：把丝带显示为绳丝带 Strands ：指明绳丝带的宽度

Set strands ：指明绳丝带的绳的条数

Label [Boolean]：为原子标上标签

Ssbonds [Boolean]：显示二硫键

Ssbonds ：制定二硫键的半径

Set ssbonds backbone：在半胱氨酸的α碳之间绘制二硫键 Set ssbonds sidechain：在半胱氨酸的硫原子之间绘制二硫键

Hbonds [Boolean]：显示氢键

Hbonds ：制定氢键的半径

Set hbonds backbone：在主链α碳之间绘制氢键 Set hbonds sidechain：在供体和受体之间绘制氢键

Dots [Boolean]：显示点表面

Dots ：指明点表面的点密度

Set picking off/ident/distance/angle/torsion/label/monitor/centre/coord一系列命令同主窗口settings菜单中的相关操作 八、PDB文件格式说明

Protein Date Bank（蛋白质数据银行，简称PDB）是一个以计算机为基础的大分子结构的文档数据库。它是1971年纽约Brookhaven国家重点实验室建立的，是用来解决晶体结构的公共数据库。此库使用统一的格式来存储晶体学研究中的原子坐标和部分化学键的连接。

PDB文件中的每个记录由80个字符组成，使用打孔卡片分类法，第1到6列是记录类型标识符，第7到70列是数据，在以往的记录中第71到80列通常为空的，但有时会有数据库管理程序加入的序列信息。记录标识符前四个字符可以确定记录类型是唯一的，且大分