然許多人對於都市更新權利變換的價值以土地價值基礎有所質疑，主要基於更新條例第三條第五款：「權利變換係指更新單元內重建區段之土地所有權人、合法建築物所有權人、他項權利人或實施者，提供土地、建築物、他項權利或資金，參與或實施都市更新事業，於都市更新事業計畫實施完成後，按其更新前權利價值及提供資金比例，分配更新後建築物及其土地之應有部分或權利金。」以及更新條例第三十九條：「權利變換範圍內合法建築物及設定地上權、永佃權或耕地三七五租約之土地，由土地所有權人及合法建築物所有權人、地上權人、永佃權人或耕地三七五租約之承租人於實施者擬定權利變換計畫前，自行協議處理。」所指之合法建物所有權人之權利價值為何？對於更新前存在建物之所有權人，上述條文似乎說明了建物價值可為更新前權利價值之一部份。這與更新條例三十一條條文之精神，權利變換前之權利比率的基礎為各宗土地更新前價值似乎有所衝突。但若將建物價值另行獨立評估於土地權利價值外，則原則上瀕臨老舊頇拆除的建物有了一定的價值，也使得建物所有權人另得依更新條例第三十六條：「權利變換範圍內…。前項因權利變換而拆除或遷移之土地改良物，應補償其價值或建築物之殘餘價值，其補償金額由實施者查定之…。」規定領得建物殘值的補償，得到重複的報酬。
都市更新权利变换前後权利价值评估之探讨
因此，合法建物所有權人之權利價值所指者不應為更新前獨立於土地價值外之建物價值。而是指於更新前合法建物所有權人使用土地權利之使用價值，這是一種類似地上權的使用價值【註10】。其應與地上權、永佃權及耕地三七五租約等權利同樣從所在之個別土地權利價值中分離，意即以土地權利價值為基礎，將部份使用土地之權利分配予建物所權人、地上權人、永佃權人及耕地三七五減租之承租人。
基於上述分析，台北市不動產估價師公會於「九二一地震災區都市更新權利變換前後不動產估價作業手冊」之研究中歸納權利變換前價值評估基礎應如下二圖表示。
狀況一：各宗土地之合法建物所有權人與土地所有權人為同一人，且無地上權、永佃
權及耕地三七五租約時。
狀況二：各宗土地之合法建物所有權人與土地所有權人為不同人，且有地上權、永佃
權及耕地三七五租約時。
都市更新权利变换前後权利价值评估之探讨
以上歸納可能與過去九二一更新重建大樓社區之權利變換估價許多個案不同【註11】（台北市不動產估價師公會，2004），九二一重建個案件物雖已倒塌，但大部份權利變換估價時假設建物未受損的情況下進行評估，乃因為建物受損下的價值評估困難度較高，且在權利人自力更新的情況下重視彼此間權利分配公平問題及提高不願參加者補償費用的可考量下，更新前權利價值有以不動產價值分離後土地貢獻價值加上建物貢獻價值為依據者、有以不動產價值分離後之土地貢獻價值為依據者，建物殘餘價值的補償有以不動產價值分離後之建物價值為依據者。而目前或未來面對有實施者或開發者投入之都市更新個案，若更新前權利價值仍包含獨立於土地權利價值外之建物權利價值時將增加開發成本，且在同一更新區內有不同利用度之地上建物時，建物權利價值有所差異，進而導致每一宗參與更新之土地的價值基礎不同。
二、區分建物大樓更新時，土地持份地價是否需要立體化？土地持份地價
立體化方式？樓層別效用比？地價分配率？土地貢獻或聯合貢獻？
區分所有建物常存在於舊都市區，由於地價昂貴，土地開發以立體利用方式創造更高效益。此於進行都市更新權利變換時更新前價值以土地權利價值為基礎時發生對於權利價值認定基礎的疑問？尤其大樓面臨更新時，建物必頇拆除而僅剩餘土地，建物存在時之立體價值便消失，對於權利變換以「等價交換」的基本觀念形成挑戰。因此，一些區分建物大樓之都市更新個案進行權利變換估價時，部份權利人認為其更新前權利價值應以大樓座落之整宗基地價值以個人擁有的土地持份比率計算之。此說法似乎有其道理，但細究更新權利變換以「立體重劃」及「等價交換」為基本論述，其意義在於更新區土地經更新後開發為立體利用大樓，各權利人得依其價值比率分配更新後同等價值比率之房地。尤其更新條例中未有原位次分配之規定【註12】，更新前
都市更新权利变换前後权利价值评估之探讨
若以土地持份面積為比率時，一樓及二樓以上持有相同面積者其權利價值將相當，在選擇更新後的房地時，因一樓價值較高，共同負擔相同【註13】，將使一樓其成為權利人爭相挑選的樓層，而違悖都市更新立體重劃精神或可能造成權權利變換更為複雜。我國對於區分所有建物之土地持份採用面積持份制，面積大小並未能反應所有權人因持有建物不同樓層而產生價值上的差異，進而產生地價稅或工程受益費課徵的不合理情況（許文昌，1982），而土地持份面積相同，理論上樓層價值不同背後即代表土地持份價值應有所不同。因此，進行都市更新必頇採用一套適合的區分建物土地持份地價立體化的評估模式。
目前實務及理論上將土地持份地價立體化的方式可整理如下：
（一）以樓層別效用比率【註14】方式先行評估更新前各樓層單元房地總價，再
依各單元房地總價佔整棟大樓房地總價比率分配土地素地價值作為各所有
權人之權利價值。
（二）以樓層別效用比方式先行評估更新前各樓層單元房地總價，再採用聯合貢
獻原則【註15】分離個別單元土地與建物價值，以分離後土地價值作為各
所有權人之權利價值。或依個別土地價值佔整棟大樓土地總價值比分配土
地素地價值作為各所有權人之權利價值。
（三）以樓層別效用比方式先行評估更新前各樓層單元房地總價，再採用土地貢
獻原則【註16】分離個別單元土地與建物價值，以分離後土地價值作為各
所有權人之權利價值。或依個別土地價值佔整棟大樓土地總價值比分配土
地素地價值作為各所有權人之權利價值。
（四）以樓層別效用比方式先行評估更新前各樓層單元房地總價，再依不動產估
價技術規則第九十二條規定【註17】評估土地價值，以分土地價值作為各
所有權人之權利價值。或依個別土地價值佔整棟大樓土地總價值比分配土
地素地價值作為各所有權人之權利價值。