当然，在校本课程开发中也存在一些问题，如：（1）总体框架问题，校本课程与部颁课程界限不清晰，课程名称几乎一样。如学科类一些科目似乎不宜列入校本课程之中。此外根据学生的需要还可以增加一些户外课、动手操作课。再者，在如何体现办校特色方面的校本课程似乎有待深化、明确。（2）课程目标问题，尽管整个学校的培养目标比较明确，但从实际情况来看，部分教师似乎对学
校的培养目标还缺乏深刻、清晰的理解还没有在校本课程中体现出来，以致一些教师在写自己所任教校本课程的目标时无法把握。如有位教师在写课程目标时确定：“掌握基本知识与技能，提高动手与动脑能力，养成积极的劳动态度与习惯，分析并独自去解决一些实际问题。”显然，这样的目标过于笼统，没有针对性。实际上，课程目标是一门课程的方向与灵魂，目标不清晰、不具体，势必影响到内容的组织、课程的实施及评价。（3）课程内容问题，从实践可知，教师在选择与组织教学内容时，基本能照顾到学生的兴趣，但也有相当部分的教师组织教材的顺序主要依据“知识点的顺序”(58％)和“自己的想法”(27％)。如果校本课程过多依赖于个人的想法和狭隘的经验，就容易变成教师本位的课程，这样就失去其魅力和意义。再者，学校的课程资源还不够丰富，教师查找到合适的课程材料有一定的困难。（4）课程实施与评价问题，教师普遍反映l课时作为1个单元时间太短，如舞蹈、色彩等课，这个矛盾更为明显。如色彩课，往往色彩刚刚调好，就下课了；民乐课，教师调弦就要一、二十分钟，一课时几乎什么也学不到；一节舞蹈课甚至还学不完一个动作。体育类课程设施配套方面难以做好，科技活动类课程设施的配套还有待完善。至于评价，既要与部颁课的评价方式区别开来，但又由于目标不清晰，有些教师不知怎么评价，往往得出的结果过于乐观。
总之，校本课程是以学校为主体所开发出来的课程，是一种可以因校制宜的课程，是校有、校治、校享的课程。校本课程的有效开发，需要教育理念的不断创新和发展。尽管我校校本课程开发的路荆棘重重，但我们将努力上下而求索！