硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae) 硝化螺旋菌属(Nitrospira) 钩端螺菌属(Leptospirillum) 磁杆菌属(Magnetobacterium) 热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)
脱铁杆菌门(Deferribacteres) 脱铁杆菌纲(Deferribacteres) 脱铁杆菌目(Deferribacterales) 脱铁杆菌科(Deferribacteraceae) 脱铁杆菌属(Deferribacter) (Denitrovibrio) (Flexistipes) (Geovibrio) 科未定 (Synergistes) (Caldithrix)
蓝藻门(Cyanobacteria) 蓝藻纲(Cyanobacteria)
注：本文采用的Bergey's手册中蓝藻内的分类，不论目科属，均为形态分类，其中目在手册中为“Subsection”而非“Order”，目、科均未列名称，此处目名称为习习用法，科不列名称；属除Halospirulina和Trichodesmium之外均标为“形态属”(Form Genus)而非“属”(Genus)。表中在形态分类后面加注"@"。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调，与其它细菌统一为系统发育分类系统。
此外，因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物，包括多支互不相关的原生生物甚至高等水生植物，此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门(Cyanobacteria)细菌。但也可依据个人理念将名称定为“某菌”或“某蓝菌”，但应注意避免与其余细菌重名。