10 蓝藻门(Cyanobacteria) 10.1 蓝藻纲(Cyanobacteria) 11 绿菌门(Chlorobi) 11.1 绿菌纲(Chlorobia) 12 变形菌门(Proteobacteria)
12.1 α-变形菌纲(Alphaproteobacteria) 12.2 β-变形菌纲(Betaproteobacteria) 12.3 γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria) 12.4 δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria) 12.5 ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria) 13 厚壁菌门(Firmicutes)（低G+C革兰氏阳性菌） 13.1 梭菌纲(Clostridia) 13.2 柔膜菌纲(Mollicutes) 13.3 芽孢杆菌纲(Bacilli)
14 放线菌门(Actinobacteria)（高G+C革兰氏阳性菌） 14.1 放线菌纲(Actinobacteria) 15 浮霉菌门(Planctomycetes) 15.1 浮霉菌纲(Planctomycetacia) 16 衣原体门(Chlamydiae) 16.1 衣原体纲(Chlamydiae) 17 螺旋体门(Spirochaetes) 17.1 螺旋体纲(Spirochaetes) 18 纤维杆菌门(Fibrobacteres) 18.1 纤维杆菌纲(Fibrobacteres) 19 酸杆菌门(Acidobacteria) 19.1 酸杆菌纲(Acidobacteria) 20 拟杆菌门(Bacteroidetes) 20.1 拟杆菌纲(Bacteroidetes) 20.2 黄杆菌纲(Flavobacteria) 20.3 鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria) 21 梭杆菌门(Fusobacteria)