(Fervidobacterium) (Geotoga) (Marinitoga) (Petrotoga) (Thermosipho)
热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria) 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria) 热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales) 热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae) 热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium) (Thermodesulfatator)
恐球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus) 恐球菌纲(Deinococci) 恐球菌目(Deinococcales) 恐球菌科(Deinococcaceae)
恐球菌属(Deinococcus) （注：依据希腊语δεινο? / deinos，与“恐龙”的dino-同源） 栖热菌目(Thermales) 栖热菌科(Thermaceae) 栖热菌属(Thermus)
海栖热菌属(Marinithermus) 亚栖热菌属(Meiothermus) 海洋栖热菌属(Oceanithermus) 火山栖热菌属(Vulcanithermus)
产金菌门(Chrysiogenetes) 产金菌纲(Chrysiogenetes) 产金菌目(Chrysiogenales) 产金菌科(Chrysiogenaceae)
产金菌属(Chrysiogenes)
绿弯菌门(Chloroflexi) 绿弯菌纲(Chloroflexi) 绿弯菌目(Chloroflexales) 绿弯菌科(Chloroflexaceae) 绿弯菌属(Chloroflexus) 绿线菌属(Chloronema) 太阳发菌属(Heliothrix) 玫瑰弯菌属(Roseiflexus) 颤绿菌科(Oscillochloridaceae) 颤绿菌属(Oscilochloris) 爬管菌目(Herpetosiphonales) 爬管菌科(Herpetosiphonaceae) 爬管菌属(Herpetosiphon)
厌氧绳菌纲(Anaerolineae) 厌氧绳菌目(Anaerolineales) 厌氧绳菌科(Anaerolineaceae) 厌氧绳菌属(Anaerolinea) 暖绳菌属(Caldilinea)
热微菌门(Thermomicrobia) 热微菌纲(Thermomicrobia) 热微菌目(Thermomicrobiales) 热微菌科(Thermomicrobiaceae) 热微菌属(Thermomicrobium)
硝化螺旋菌门(Nitrospira) 硝化螺旋菌纲(Nitrospira) 硝化螺旋菌目(Nitrospirales)
硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae) 硝化螺旋菌属(Nitrospira) 钩端螺菌属(Leptospirillum) 磁杆菌属(Magnetobacterium) 热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)
脱铁杆菌门(Deferribacteres) 脱铁杆菌纲(Deferribacteres) 脱铁杆菌目(Deferribacterales) 脱铁杆菌科(Deferribacteraceae) 脱铁杆菌属(Deferribacter) (Denitrovibrio) (Flexistipes) (Geovibrio) 科未定 (Synergistes) (Caldithrix)
蓝藻门(Cyanobacteria) 蓝藻纲(Cyanobacteria)
注：本文采用的Bergey's手册中蓝藻内的分类，不论目科属，均为形态分类，其中目在手册中为“Subsection”而非“Order”，目、科均未列名称，此处目名称为习习用法，科不列名称；属除Halospirulina和Trichodesmium之外均标为“形态属”(Form Genus)而非“属”(Genus)。表中在形态分类后面加注\。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调，与其它细菌统一为系统发育分类系统。
此外，因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物，包括多支互不相关的原生生物甚至高等水生植物，此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门(Cyanobacteria)细菌。但也可依据个人理念将名称定为“某菌”或“某蓝菌”，但应注意避免与其余细菌重名。
色球藻目(Chroococcales)@ 第一科@
管孢藻属(Chamaesiphon)@ 色球藻属(Chroococcus)@ (Cyanobacterium)@ (Cyanobium)@ (Cyanothece)@
蓝纤维藻属(Dactylococcopsis)@ (Gloeobacter)@ 黏球藻属(Gloeocapsa)@ 黏杆藻属(Gloeothece)@ 微囊藻属(Microcystis)@ 原绿球藻属(Prochlorococcus)@ 原绿藻属(Prochloron)@ 聚球藻属(Synechococcus)@ 集胞藻属(Synechocystis)@ 宽球藻目(Pleurocapsales)@ 第一科@ (Cyanocystis)@ (Borzia)@ (Crinalium)@ (Geitlerinema)@
盐螺旋藻属(Halospirulina) (Leptolyngbya)@ (Limnothrix)@ 鞘丝藻属(Lyngbya)@ 微鞘藻属(Microcoleus)@ 颤藻属(Oscillatoria)@ (Planktothrix)@
原绿发藻属(Prochlorothrix)@
(Pseudanabaena)@ 螺旋藻属(Spirulina)@ (Starria)@ 束藻属(Symploca)@ 束毛藻属(Trichodesmium) (Tychonema)@
念珠藻目(Nostocales)@ 第一科@
鱼腥藻属(Anabaena)@ 项圈藻属(Anabaenopsis)@ 束丝藻属(Aphanizomenon)@ (Cyanospira)@ (Cylindrospermopsis)@ 筒孢藻属(Cylindrospermum)@ 节球藻属(Nodularia)@ 念珠藻属(Nostoc)@ 伪枝藻属(Scytonema)@ 第二科@
眉藻属(Calothrix)@ 胶须藻属(Rivularia)@ 单歧藻属(Tolypothrix)@ 真枝藻目(Stigonematales)@ 第一科@
(Chlorogloeopsis)@ 费氏藻属(Fischerella)@ (Geitleria)@ (Iyengariella)@
拟念珠藻属(Nostochopsis)@ 真枝藻属(Stigonema)@
绿菌门(Chlorobi)