拜叶林克氏菌属(Beijerinckia) (Chelatococcus) (Methyulocapsa) (Methylocella)
慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae) 慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium) 阿菲波菌属(Afipia) (Agromonas)
芽生杆菌属(Blastobacter) (Bosea)
硝化杆菌属(Nitrobacter) (Oligotropha) (Rhodoblastus)
红假单胞菌属(Rhodopseudomonas) 生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae) 生丝微菌属(Hyphomicrobium) (Ancalomicrobium) (Ancylobacter) (Angulomicrobium) (Aquabacter) (Azorhizobium) (Blastochloris) (Devosia)
(Dichotomicrobium) (Filomicrobium) (Gemmiger) (Labrys) (Methylorhabdus) 土微菌属(Pedomicrobium) 突柄微菌属(Prosthecomicrobium) (Rhodomicrobium)
(Rhodoplanes) (Seliberia) (Starkeya)
黄色杆菌属(Xanthobacter) 甲基杆菌科(Methylobacteriaceae) 甲基杆菌属(Methylobacterium) (Microvirga) (Protomonas) (Roseomonas) 红菌科(Rhodobiaceae) 红菌属(Rhodobium) (Roseospirillum)
短小盒菌目(Parvularculales) 短小盒菌科(Parvularculaceae) 短小盒菌属(Parvularcula)
β-变形菌纲(Betaproteobacteria) 伯克氏菌目(Burkholderiales) 伯克氏菌科(Burkholderiaceae) 伯克氏菌属(Burkholderia) (Cupriavidus) (Lautropia) (Limnobacter) (Pandoraea) (Paucimonas) (Polynucleobacter) 青枯菌属(Ralstonia) (Thermothrix) 沃特氏菌属(Wautersia) 草酸杆菌科(Oxalobacteraceae) 草酸杆菌属(Oxalobacter)
(Duganella) (Herbaspirillum) (Janthinobacterium) (Massilia) (Oxalicibacterium) (Telluria)
产碱菌科(Alcaligenaceae) 产碱菌属(Alcaligenes) 无色杆菌属(Achromobacter) 博德氏菌属(Bordetella) (Brackiella) 德克斯氏菌属(Derxia) (Kerstersia) (Oligella) (Pelistega) (Pigmentiphaga) (Sutterella) (Taylorella)
丛毛单胞菌科(Comamonadaceae) 丛毛单胞菌属(Comamonas) 食酸菌属(Acidovorax) (Alcyclophilus) (Brachymonas) (Caldimonas)
代尔夫特菌属(Delftia) (Diaphorobacter) 噬氢菌属(Hydrogenophaga) (Hylemonella) (Lampropedia) (Macromonas) (Ottowia)
(Polaromonas) (Ramlibacter) (Rhodoferax) (Variovorax) (Xenophilus) 科未定
(Aquabacterium) (Ideonella)
纤发菌属(Leptothrix) (Roseateles)
红长命菌属(Rubrivivax) (Schlegelella) (Sphaerotilus) (Tepidimonas) (Thiomonas) (Xylophilus)
嗜氢菌目(Hydrogenophilales) 嗜氢菌科(Hydrogenophilaceae) 嗜氢菌属(Hydrogenophilus) 硫杆状菌属(Thiobacillus) 嗜甲基菌目(Methylophilales) 嗜甲基菌科(Methylophilaceae) 嗜甲基菌属(Methylophilus) (Methylobacillus) (Methylovorus) 奈瑟菌目(Neisseriales) 奈瑟菌科(Neisseriaceae) 奈瑟菌属(Neisseria) (Alysiella)
水螺菌属(Aquaspirillum) (Chromobacterium)
艾肯氏菌属(Eikenella) (Formivibrio) (Iodobacter) 金氏菌属(Kingella) (Laribacter) (Microvirgula) (Morococcus) (Prolinoborus) (Simonsiella) (Vitreoscilla) (Vogesella)
亚硝化单胞菌目(Nitrosomonadales) 亚硝化单胞菌科(Nitrosomonadaceae) 亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas) (Nitrosolobus)
亚硝化螺旋菌属(Nitrosospira) 螺菌科(Spirillaceae) 螺菌属(Spirillum)
嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae) 加利翁氏菌属(Gallionella) 红环菌目(Rhodocyclales) 红环菌科(Rhodocyclaceae) 红环菌属(Rhodocyclus) 固氮弓菌属(Azoarcus) (Azonexus) (Azospira) (Azovibrio) (Dechloromonas) (Dechlorosoma) (Ferribacterium) (Propionibacter)