2007年完成货物吞吐量115.96万吨，占全港总吞吐量的0.58%。
[盐田港区]
由深圳盐田港集团有限公司开发建设。1991年11月开港，同年对外国籍船舶开放。盐田港区是深圳港乃至全球集装箱吞吐量最大的单一港区，目前现有500吨级以上泊位22个，其中经营性泊位16个，万吨级以上经营性深水泊位16个，集装箱专用泊位16个，可以挂靠目前最大型集装箱船舶。码头岸线总长6064.9米。
盐田港区位于大鹏湾海域西北部，距大鹏湾口14海里。大鹏湾口门宽10公里，水域面积250平方公里，湾内水深达10—20米，水深、浪小、不淤，是中国南方少有的天然良港。港区航道为天然航道，是深圳港发展集装箱运输的主要港区。
自1994年盐田港集团有限公司与香港和记黄埔有限公司合作经营集装箱业务以后，马士基海陆、美国总统及东方海外等国际大型航运集团先后在盐田港区开辟定期班轮航线，为深圳港建成华南地区集装箱枢纽港创造了条件。
由盐田港集团有限公司与香港和记黄埔有限公司合资成立的盐田国际集装箱码头有限公司专营国际集装箱业务；盐田西港区由盐田港股份有限公司与盐田国际按照股比整合后统一经营，以后统计数据均以盐田港区的名称。
2007年货物吞吐量为5432.13万吨，占全港总吞吐量的27.17%，其中集装箱1001.61万标准箱。
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[大铲湾港区]
大铲湾港区位于珠江口东岸，水路南距香港20海里，北至广州40海里。陆路到深圳宝安国际机场10公里。该港区规划分四期建设，其中一期工程由深圳市大铲湾港口投资发展有限公司与香港九龙仓集团下属现代货箱码头有限公司按照35：65的股份合资建设与经营。一期工程岸线总长1830米，陆域面积112万平方米，规划建设5个深水集装箱专用泊位，设计年吞吐能力250万标准箱。大铲湾码头（一期）是深圳市政府重大项目之一，于2005年3月经国家发展与改革委员会批准开发。2007年 12月21日，举行4、5号泊位正式投入试运行庆典。两个泊位岸线长度846米，设计年吞吐能力100万标准箱，最大靠泊能力10万吨级集装箱船。
[福永港区]
由深圳宝安国际机场的2个客运泊位和1个500吨级、1个1000吨级货运泊位以及1个5000吨级油料码头组成，码头岸线总长442.4米。主要功能是机场旅客水路集疏运和机场燃料油的供应,客、货及油码头于1991年9月建成。1992年对外国籍船舶开放。目前由于建设机场第二跑道的需要，码头将进行搬迁。
2007年完成旅客吞吐量110.85万人次，货物吞吐量202万吨，占全港总吞吐量的1.01%，其中集装箱5.06万标准箱。
[下洞港区]
是深圳市东部地区集中建设的油气专用港区和库区，3个栈桥式码头共有泊位9个，其中万吨级以上泊位3个，由中石化深圳石油分
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公司（下洞油库）、深圳华安液化石油气公司和光汇石油化工有限公司建设经营。码头岸线总长1898.4米。
2007年完成货物吞吐量614.38万吨，占全港总吞吐量的3.07%。
[沙渔涌港区]
位于深圳市大鹏湾龙岗区境内，始建于1984年，1985年投产。现由深圳沙渔涌港口联合开发总公司建设经营。已建成经营性泊位6个，最大靠泊能力5000吨级，码头岸线总长704.0米。
广东大鹏液化天然气码头（简称LNG）位于大鹏半岛秤头角，栈桥长度420米，可靠泊10万吨级液化天然气船，主要接卸由澳大利亚进口的低温常压液化天然气。2006年6月28日两国政府总理为首艘靠泊的液化天然气船剪彩。卸船后的天然气，通过管道供应深圳市东部电厂发电用燃气和珠江三角洲部分地区居民生活用气。
2007年完成货物吞吐量366.44万吨，占全港总吞吐量的1.83%。
[内河港区]
包括深圳河的上步码头、新洲河码头以及宝安区的西乡、松岗、沙井等码头，用于装卸深圳市沙、砖、水泥等建筑材料及日杂百货、鲜活等物资。除上步、新洲河码头有人工岸线及简单机械设备外，其它为简易码头。
2007年货物吞吐量为98.53万吨，占全港总吞吐量的0.49%。
[孖洲岛修船基地]
由于修船业务的快速发展和蛇口港区功能调整的需要，友联船厂从蛇口三突堤搬迁至孖洲岛，目前已建成（2008年1月）50万吨空
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船干船坞1个，30万吨空船干船坞1个，30万吨空船船坞4个，15万吨、10万吨和2万吨船坞各1个，工作船和交通船泊位2个。
2007年已正式开始承接各类船舶和钻井平台的维修、保养等业务。
五、集疏运系统 （一）公路集疏运
深圳市已建成以高速公路为骨架，干支相连，辐射广州、东莞、惠州、汕头和香港方向，进而与华南及广大内地地区相连的公路网络系统。广州、东莞方向主要有广深珠高速公路、107国道、梅观高速公路等。惠州、汕头方向主要有深汕高速公路、惠盐高速、盐坝高速、深惠高等级公路等。通过皇岗、罗湖、文锦渡、沙头角、西部通道等口岸与香港公路网沟通。深圳市对外辐射的主要干线路汇集于城市内高速或快速路进入东、西部港区，逐步形成了深圳港四通八达、客货分离、疏港货物东进东出、西进西出的公路集疏运体系。
（二）铁路集疏运
广深铁路与京广、京九铁路沟通并延伸至香港九龙成为我国重要的南北铁路主干线之一。广梅汕铁路和三茂铁路直接与广深铁路相接，成为深圳市直接辐射粤东、粤西地区的重要铁路网络。深圳港通过平南铁路和平盐铁路与广深铁路相连，形成了深圳港铁路集疏运网络。
西部的蛇口港区、赤湾港区、妈湾港区的货物可以经平南铁路集
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疏运。平南铁路全长50公里，目前通过能力为250万吨，2010年为290万吨。
东部的盐田港区的货物可以经平盐铁路集疏运。平盐铁路全长20公里，设计通过能力500万吨。
目前，已经开展铁路集装箱运输的线路有：深圳——成都、深圳——长沙、深圳——南昌、深圳——昆明、深圳——大朗（广州）、深圳——赣州，还有深圳经我国二连浩特市，途经6个国家，行程1.2万公里，最终到达捷克的国际集装箱班列。2007年铁路疏港集装箱近4万标准箱，其中盐田国际完成36825标准箱，比2006年增加2万标准箱，结束了多年不足2万标准箱左右的局面。
（三）水路驳运
为推动客户选择华南公共驳船快线服务，在口岸部门的大力支持下，蛇口、赤湾集装箱码头公司积极开拓水路驳运业务。通过到货源地举办“推介会”，让班轮公司、货主及贸易公司对华南公共驳船快线高效便捷、节约成本等方面的优势有了更深入的了解，达到联合当地相关部门和班轮公司等共同合作，取得多方共赢得局面。
目前，深圳西部港区的“进口中转”业务已经扩展到了泛珠三角的17个城市39个码头，有27个关区与蛇口海关签订进口中转备忘录。包括中山、江门、顺德、佛山、南海、珠海、肇庆、云浮、湛江、茂名、防城、北海、黄埔（新沙、开发区、新港、老港）、东莞太平、新风、梧州、新会、高明、花都、开平、海口等。
（四）港区集疏运状况
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