1、专利总量少，质量不高
一是专利申请和授权总量偏少。2009年全市专利申请总量为13482件，在全国31个省市区排第16位；专利授权总量为7501件，在全国31个省市区排第14位。二是发明专利申请和授权量偏少。2009年，全市发明专利申请量为3845件，仅占全市专利申请总量的28.5%；发明专利授权量为834件，仅占全市专利授权总量的11.1%。三是职务发明专利申请和授权的比例小。2009年全市职务发明申请专利仅占全市专利申请总量的64%，职务发明授权量仅占全市专利授权总量的68%。有相当数量专利申请属于非职务发明，不利于转化应用。四是部分专利技术成熟度不够，不能顺利转化。
2、企业专利创造及运用能力不强
一是企业专利活动不活跃。据统计，2009年全市规模以上工业企业中，仅5.5％的企业有专利申请，5.1%的企业有专利授权，6.7%的企业拥有有效专利，6.3%的企业拥有专利产品。二是企业专利投入明显不足。2009年全市规模以上工业企业专利投入仅占其R&D投入的17%左右，仅占其销售收入的0.23%。三是小型企业专利工作滞后。2009年全市规模以上小型工业企业专利申请量、授权量、有效专利量、专利投入均只占全市规模以上工业企业总量的比例在10%-20%，其专利产品产值和销售收入仅占全市规模以上工业企业总量的4.2%和4.3%。四是地区专利活动不平衡。全市企业专利活动主要集中在主城区和区域性中心城市，5个边远县的企业几乎没有专利活动和专利投入，也没有专利产出。
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3、专利人才严重缺乏
目前，全市知识产权专业人才总量不足1500人，难以满足现实需求，且知识产权人才长效培养机制尚未健全，人才结构和人才布局不尽合理。突出表现为区县、园区基层知识产权管理部门人才严重不足；企事业单位专利管理和技术人才少；熟悉专利法律、专业技术、掌握外语的复合型法律人才，处理涉外纠纷方面事务的人才匮乏。人才总量不足和结构性矛盾突出是制约知识产权管理工作又好又快发展的重要因素。
4、专利管理体系不平衡
一是区县之间专利行政管理体系发展不平衡。目前，全市还有13个区县没有成立知识产权局，从事专利管理工作的专职人员缺乏，工作条件有待完善。二是园区专利管理体系缺乏。全市重点科技、工业园区未设立专利管理机构，专利管理和服务能力不足。三是企事业单位专利管理体系建设滞后。95%的规模以上工业企业没有设立专利管理机构，无专职专利管理人员。部分企事业单位对专利工作重视不够，内部专利管理机制欠缺，专利归属权模糊，导致技术创新活力不够，严重阻碍了企事业单位的发展。
5、专利服务能力有待提高
重庆市专利服务机构发展起步较晚，行业管理体系不够规范，从业人员业务技能和执业素养参差不齐，服务手段也较为落后，普遍存在着规模小、人员少、投资小、资源少、没有品牌的状况，向企业提供专利战略咨询、专利分析、维权保护等深度服务的能力不足。
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6、专利意识有待增强
一些地方领导干部对运用专利制度发展地方经济、调整产业结构的重要性认识不足；一些部门、行业专利工作极其薄弱；一些边远地区的专利管理工作尚未起步；一些企事业单位对专利制度重视不够，理解不深，缺乏前瞻性、系统性的战略布局和营运策略；全社会鼓励创新、保护知识产权创造成果的意识还有待提高。
（三）面临的形势
知识经济时代，知识产权日益成为国家和地区重要的战略资源，成为企业核心竞争力的重要体现，凸现出前所未有的重要价值。知识产权制度成为激励发明创新、推动社会进步的一项基本经济制度。未来五年，知识经济快速发展，经济全球化深入发展，地球资源日趋紧缺，知识对经济增长的基础性作用将进一步显现，专利创造对经济社会发展的牵引和推动作用将日益突出。
“十二五”期间，是我国转变经济发展方式，建设创新型国家的重要时期，也是深入贯彻落实《国家知识产权战略纲要》的重要时期。随着重庆在国家总体发展战略中的重要地位的确立，重庆改革发展将迎来新机遇，这对重庆知识产权工作提出了新的更高的要求。未来五年，重庆专利工作将全面进入经济建设主战场，全面融入经济社会发展，承载着大力提升创新主体的创造能力、增强城市核心竞争力的重要使命，必将在加快产业结构调整，转变经济增长方式和推进内陆开放高地建设中发挥更大的作用。
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二、“十二五”专利发展指导思想、基本原则与发展目标
（一）指导思想
以科学发展观为指导，深入贯彻落实《国家知识产权战略纲要》和《重庆市人民政府关于创建知识产权保护模范城市的意见》，全面对接重庆市产业发展规划和产业结构调整要求，坚持“激励创造、有效运用、依法保护、科学管理”的方针，以增强全社会专利意识为前提，以健全专利法规政策体系为基础，以提高企业专利创造、运用、管理、保护能力为核心，以完善专利管理和服务体系为保障，着力发挥专利在支撑经济社会发展、促进产业结构调整和推进内陆开放高地建设中的重要作用。
（二）基本原则
——坚持专利服务经济社会发展的原则。专利是经济发展的核心要素之一，要牢固树立抓专利就是抓经济、抓发展的思想，把为经济建设服务作为专利工作的出发点和落脚点，充分发挥专利在促转变、调结构、惠民生中的支撑作用。
——坚持专利服务产业结构优化升级的原则。把提高自主创新能力作为调整产业结构的中心环节，推动传统产业加快技术改造，帮助主导产业实现技术突破，促进新兴产业抢占战略制高点，实现产业结构的全面升级和重庆经济的跨越式发展。
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——坚持专利服务企业核心竞争力提升的原则。紧紧围绕打造一批专利优势企业和企业集团的发展目标，加强宣传和培训工作，提高企业专利意识；完善专利管理体系，提升企业专利管理水平；建立激励约束机制，提高企业专利运营能力；建立专利预警机制，提高企业专利保护水平，发挥专利在增强企业核心竞争力、实现企业利益最大化、保障经营安全方面的重要作用。
——坚持专利服务内陆开放高地建设的原则。逐步建立与国际惯例接轨、与企业“引进来、走出去”战略相适应的专利管理制度，改善外商投资环境，提高国际经济技术合作的深度和广度，使专利工作服务内陆开放高地建设的能力不断提高。
——坚持专利服务区县经济发展的原则。建立和完善区县知识产权管理体系，增强专利管理职能，充实专利管理队伍，开展知识产权模范区县创建工作，推行区县专利发展评价制度，提高专利促进地方经济发展的能力。
（三）发展目标
“十二五”期间，重庆市专利工作将紧紧围绕贯彻实施《国家知识产权战略纲要》以及建设创新型城市和内陆开放高地的总体目标，完善专利相关法规和规章，努力营造尊重和保护专利的良好文化氛围，大力推进专利融入经济社会发展，到2015年，专利支撑经济社会发展的作用显著增强，建成知识产权保护模范城市。
——基本建成与直辖市地位相适应的专利管理体系。建立决策科
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