(Clinical Pharmacogenetics Implementation consortium,CPIC)、认可CPIC药物基因组学指南的医学会、以及美国国家卫生研究院药物基因组学研究网络(Pharmagenomics Research Network,PGRN)认同的项目,这类项目通常经大规模随机对照临床试验(RCT)对项目的意义进行了论证;1B级项目有确切的临床证据提示相关性,且这种相关性被具有一定样本规模的研究所证实,但还需进一步的临床证据。根据检测项目所涉及的基因在影响药物反应中的作用机制和被测靶分子(DNA或RNA)的不同,个体化用药分子检测项目包括药物代谢酶与转运体基因遗传多态性检测、药物作用靶点基因遗传变异检测、其他基因变异检测和药物作用靶点基因mRNA表达检测四种类型(附录C)。 5.3仪器设备的使用、维护与保养
原则上按照《个体化医学检测质量保证指南》的要求进行。药物代谢酶和药物作用靶点基因检测涉及的仪器设备众多,实验室可参考生产商提供的操作说明书编写书面的、有案可查的预防性维护及校准计划,确定仪器设备的维护周期,建立仪器设备日常维护的SOP。对于某些计量分析仪器,应依照我国计量法规定,由计量检定机构定期进行校验,并保存好校验证书。加热系统及冰箱等设备的维护包括对温度进行监测。仪器维护过程中要注意清洁剂的使用,尤其是仪器的光路系统。每台仪器应该配备专用的清洁工具。在例行仪器的维护和保养后,应填写仪器维护保养记录表。如维护中发现问题,应及时汇报并将出现的问题详细记录,最后由维护操作人员签名。 5.4人员培训
原则上按照《个体化医学检测质量保证指南》的要求进行。药物代谢酶和药物作用靶点基因检测通常要涉及试剂配制、核酸提取、仪器编程、结果分析和报告等步骤。操作人员需要有一定的专业技术知识和经验才能获得稳定可靠的检测结果。加强人员培训是确保检测质量的关键。人员培训分为入职培训、内部培训和外部培训。通过培训,让操作人员掌握和建立安全操作的概念、“防污染”的概念、具备独立进行质控活动和仪器维护的能力,可对试剂和质控品的出入库及使用情况、设备保养等情况进行准确记录,进行数据分析。实验室工作人员在培训后书面确认其已接受适当的培训,阅读并理解了相关SOP。实验室应对实验室工作人员进行处事能力考核和周期性能力再考核,定期开展内部培训。外部培训包括国家卫生计生委临床检验中心和国家卫生计生委个体化医学检测培训基地等机构组织开展的各种技术培训。 5.5检测体系的性能验证
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原则上按照《个体化医学检测质量保证指南》的要求进行。临床检验实验室应用的体外诊断试剂包括国家药品食品监督管理总局(CFDA)批准的试剂盒和国家卫生计生委个体化医学检测试点单位通过性能评定、具有严格标准操作规程(SOP)的自配试剂(LDT)。所有试剂都需进行性能评价。实验室所购买的商业化的仪器应根据说明书进行验证。在报告结果之前实验室应该证明其性能能够满足厂家规定的准确度、精密度、线性与可报告范围和参考区间。实验室还应该为每个检测系统建立性能规范,包括适用性、准确度、精密度和分析特异性(包括干扰物质)、可报告范围和其他重要特性,并根据性能规范确定系统的校准和质控程序,保持性能特征建立、校准和质控程序相关活动的记录。同时也需对检验中的耗材进行质检。
个体化医学分子检测包括定性检测和定量检测。定性检测的性能验证指标主要包括重复性/精密度、准确度(突变型的检测能力)、分析特异性、检出限等,可参考美国临床实验室标准化协会(CLSI)的EPl2一A2文件进行。定量检测监测体系性能验证的指标主要包括准确度、精密度、线性、可报告范围、检出限、参考区间、灵敏度、特异性等。
准确度的评价有两种方法,一种方法是与标准物质进行比较,使用待评估的项目对已知标准的标准物质(如定性检测中用到的阳性参照品)进行分析,将检测结果与已知标准值进行比较;第二种方法是同时用待评估项目与标准方法(或参考方法)对同一批次样品进行分析,然后将不同方法得到的结果进行对比分析。精密度是指重复检测条件下,获得的独立测量结果间的一致程度,是对检测体系随机误差的一种度量,常用标准差表示,标准差越小精密度越好。定性检测的精密度还包括一份阳性或阴性样本在多次检测中,是否能得到可重复的阳性或阴性结果。药物代谢酶和药物作用靶点基因变异检测体系进行准确度、精密度等性能验证时所使用的参考物质为各种突变型和野生型质粒或突变细胞株。
线性分析可直接分析已知浓度的样品,也可将一定浓度的样品进行系列稀释后,根据稀释因子来研究检测值与逐步下降的预期估计浓度之间是否存在线性。可报告范围是能够报告的可靠的最低和最高检测结果,实验室可通过“多点法”进行简单验证,推荐应用5个不同浓度水平的样品进行验证。
LoD是指可被检测体系检出的最低检测浓度,又称最小检测浓度或检测底限。建立和验证LoD时,需同时建立、验证空白检测限。检出限一般由厂家、方法建立者完成,
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实验室LDT试剂应确立方法的LoD。
临界值是鉴别样品、作为判断特定疾病、状态或被测量物存在与否的界限的量值。测量结果高于临界值判断为阳性,低于临界值判断为阴性,接近临界值判断为非确定性。临界值的选择决定检验的诊断特异性和诊断灵敏度。目前已有部分临床治疗指南将药物靶点基因的mRNA表达水平高低(如ERCC1和RRM1)作为指导用药的依据,然而目前对待测靶mRNA表达水平临界值的确定尚未明确。分子诊断实验室可通过绘制受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)确定诊断阈值,得到合适的敏感度和特异度。ROC曲线趋左上角靠近,曲线下面积就越大,其临床检验的准确性就越好。临检过程中应按照试剂盒生产商的说明或定义定期对临界值进行评审。
LDT试剂的性能评估包括样品的类型与数量、所选择的参比方法、评价指标、准确度、重复性与精密度、线性范围、检测范围、分析的灵敏度与特异性、参考区间或cut-off值及临床性能评估结果。具体可参考国家卫计委《个体化医学检测LDT研制技术规范》。 6.药物代谢酶和药物作用靶点基因检测分析后质量保证
原则上按照《个体化医学检测质量保证指南》的要求进行。分析后质量保证包括检测报告、结果解释、报告发放与咨询、检测后样本的保存和处理。 6.1.检测报告、解释及报告发放
1)检测报告的内容及要求
检测报告应通俗易懂,应在尽可能避免歧义的情况下客观地解释结果,以确保临床医生能正确解读。报告单要求有统一的格式和书写内容要求,报告应包含的内容:医疗机构或实验室名称、项目名称、标本编号或条码、送检单位及(或)科室名称、患者信息(姓名、性别、年龄)、标本类型、标本采集与接收时间、送检医生姓名、疾病诊断、报告单出具的时间、标本处理过程、检测方法和主要设备、检测过程、检测结果并附相关图表、结果解释、用药方案建议、检测的局限、必要的参考文献、检测人员、审核人员和复核人员签字、结果报告日期和备注,检测单位联系信息。检测结果应以清晰易读且易被医师和患者理解的形式进行报告,报告单上应采用标准化的基因命名和计量单位。定量检测应注明参考区间、检测方法的线性或测定范围;定性检测可直接写基因型、基因扩增有或无、微卫星不稳定的程度(低、中、高)、甲基化有无等。
2)检测结果的解释
根据药物基因组生物标志物检测指导个体化用药主要包括两种类型:一是根据个体
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的遗传信息调整用药剂量,以增加药物疗效,减少药物不良反应的发生;二是根据个体的遗传信息确定用药的种类,避免应用针对特定基因型个体无效或可能产生严重药物不良反应的药物。药物剂量的调整往往需根据随机对照临床研究的结果;对目前缺乏随机对照临床研究的遗传变异,可依据基因型对药物药代动力学曲线下面积影响的大小估算用药剂量;当一个药物的反应性受多个基因或基因与环境因素间相互作用影响时,可根据国内国际大规模临床试验推导出的、纳入了个体基因型及其他因素的用药剂量计算公式确定用药剂量。常见药物代谢酶和药物作用靶点基因遗传变异检测结果对临床用药的指导建议见表2。
表2. 药物代谢酶和药物作用靶点基因检测项目及其用药指导 检测项目
ALDH2*2多态性检测
用药指导
携带ALDH2*2等位基因的心绞痛患者尽可能改用其他急救药物,避免硝酸甘油舌下含服无效。
CYP2C9*3多态性检测
将CYP2C9和VKORC1基因型代入华法林剂量计算公式计算初始用药剂量;减少携带CYP2C9*3的个体塞来昔布的用药剂量;适当增加携带CYP2C9*3等位基因的高血压患者洛沙坦的用药剂量。
CYP2C19*2和*3多态性检测
增加PM基因型个体氯吡格雷的剂量,或选用其他不经CYP2C19代谢的抗血小板药物如替格瑞洛等;PM基因型个体阿米替林的起始剂量降低至常规剂量的50%并严密监测血药浓度;PM基因型患者应用伏立康唑时容易出现毒副反应,建议适当减少剂量。
CYP2D6*10多态性检测
携带CYP2D6*10等位基因的患者他莫昔芬的疗效欠佳,阿米替林的起始剂量应降至常规用药剂量的25%。
CYP3A5*3多态性检测
减少CYP3A5*3/*3基因型患者他克莫司的用药剂量,以避免发生不良反应。可将CYP3A5*3基因型代入公式计算他克莫司的起始剂量。
CYP4F2*3多态性检测
降低CYP4F2*3纯合子基因型患者华法林及香豆素类抗凝药(醋硝香豆素、苯丙香豆素)的用药剂量。
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DPYD*2A等位基因检测 携带DPYD*2A等位基因的患者应慎用5-FU、卡培他滨和替加氟,或降低用药剂量,以避免毒性反应。
慢型NAT1/NAT2基因型检测 NAT1和NAT2慢代谢型基因型患者反复给予异烟肼后易出现蓄积中毒,引起周围神经炎,应引起注意。
SLCO1B1 521T>C多态性检测 携带521C等位基因的患者慎用辛伐他汀和西立伐他汀,以降低发生肌病的风险,具体可根据FDA推荐剂量表(附表2)。
TPMT多态性检测 降低低酶活性基因型患者MP的用药剂量,杂合子起始剂量为常规剂量的30~70%,携带两个突变等位基因的个体用药剂量为常规用药剂量的1/10,或1周3次给予常规剂量的药物,或换用其他药物,以避免产生严重的造血系统毒性反应;携带TPMT活性极高基因型的患者 MP治疗可能无效。携带TPMT突变等位基因的儿童患者建议用卡铂而不用顺铂,以避免引起耳毒性。
UGT1A1多态性检测 UGT1A1*28(6/7)和(7/7)基因型个体应用伊立替康时应选用剂量较低的化疗方案,以避免引起严重腹泻;携带UGT1A1*6等位基因的患者4级中性粒细胞减少症的发生风险增加,应谨慎使用。
ACE I/D多态性 DD基因型的高血压患者建议选用福辛普利进行降压治疗;DD基因型的高血压合并左心室肥大和舒张期充盈障碍的患者建议使用依那普利和赖诺普;II基因型患者应用赖诺普利或卡托普利治疗时应注意监测肾功能。
ADRB1多态性检测 Gly389基因型高血压患者建议不选用美托洛尔降压,或适当增加用药剂量。
APOE多态性检测 基因型为E2/E2的高血脂症患者建议选用普伐他汀治疗,以提高降脂疗效。
ANKK1 rs1800497多态性检测 携带rs1800497A等位基因的患者应用第二代抗精神
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