基因工程实验讲义 2008 - 图文(2)

2019-04-08 21:56

EcoRⅠ G↓AATTC HindⅢ A↓AGCTT CTTAA↑G TTCGA↑A

连接酶则是将两段核酸连接起来的酶,相当于基因工程中的“糨糊”。常用的T4DNA连接酶是在T4噬菌体感染的大肠杆菌中发现和分离的,需 Mg2+ 和ATP的存在才能发挥活性。它能催化两条匹配DNA链的3’-OH和5’-P之间形成磷酸二酯键而把两个DNA分子连接在一起。

外源DNA就是需要克隆的DNA片断,一般有四种来源。(1)限制性内切酶切割DNA产生的片断,经电泳分离后回收获得;(2)大DNA分子经人工剪切产生的片断,这种片断一般是平末端;(3)cDNA,即与mRNA互补的DNA,由真核基因的mRNA逆转录制备;(4)人工合成的基因,例如根据蛋白质的氨基酸顺序和遗传密码合成的一些基因。

外源DNA分子与载体(质粒)经过相同的酶切可以产生相互匹配的粘末端或平末端,经DNA连接酶连接就构成了重组DNA分子(重组质粒)。质粒的转化就是指将质粒或以它为载体构建的重组DNA分子导入细菌(受体细胞)的过程。这一步是实现重组克隆的增殖。

受体细胞要接纳外源DNA,必须处于感受态。所谓感受态,就是细菌具有吸收周围环境中的DNA的生理状态。为了提高受体菌摄取外源DNA的能力,提高转化效率以获得更多的转化子,人们摸索出了不同的方法处理细菌,使其处于感受态。目前主要采用电转化法和CaCl2法将外源DNA导入受体细胞中,并需要相应地制备电转化感受态细胞和CaCl2感受态细胞。

电转化法是利用瞬间高压在细胞上打孔,因而使外源DNA能进入细胞,一般转化率为 109 ~ 1010 转化子 /μg DNA;对于热激法,是利用冰冷的 CaCl2处理对数生长期的细胞,可以诱导其产生短暂的 “感受态”,易于摄取外源DNA。转化率约106~ 107转化子 /μg DNA。

获得转化子后可以采用多种方法筛选和鉴定目的克隆。首先可根据转化细胞的特征进行初步筛选。由于载体都具有供筛选用的遗传标记,如抗生素,细胞转化后获得了这种遗传特性,使用含适当的相应抗生素的培养基即可初步筛选出转化的细菌。经过培养初步筛选出来的细菌不一定都含有重组DNA,还需进一步对DNA进行分析。常用方法之一是进行重组质粒的抽提,然后电泳分析,观察其分子量与原有载体相比是否增大;方法之二是将抽提的重组质粒进行限制性内切酶分析,观察酶切下来得到的DNA片段大小是否与预计的相符;方法之三是以重组质粒为模板进行PCR鉴定,观察PCR产物的大小是否与目的基因大小相符;方法之四则是将重组质粒进行DNA序列分析,直接分析重组质粒上的插入片段即目的基因的大小与序列是否正确。

在确证得到核酸序列一致的基因后,接下来就要想办法使该基因得到表达,获得基因表达产物——蛋白(肽)。通常采用SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)对蛋白质进行量化、比较及特性鉴定。SDS-PAGE电泳不但能观察到蛋白在电场中的泳动位置,而且还能知道蛋白的分子量大小以及由几个亚基组成。此外,还可将电泳胶上的蛋白质条带转移到尼龙

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膜上,以亲和反应或免疫反应来检测特异蛋白的存在,即所谓的Western Blotting。 在基因表达产物也得到确证之后,就可以对表达的蛋白(肽)进行发酵和分离纯化,并研究其生物学功能。

2 实验目的和要求

2.1 DNA重组技术实验目的和要求

本实验利用质粒载体克隆外源DNA片段,通过这个实验大家可以掌握质粒载体的抽提、外源DNA的准备、酶切、连接及感受态细胞的制备、连接产物的转化以及阳性克隆子的鉴定和验证等。

2.1.1 提取基因工程中的运载基因的载体DNA,掌握最常用的提取和纯化DNA的方法。 2.1.2 掌握琼脂糖凝胶电泳的原理,学习琼脂糖凝胶电泳的操作。并以此法进一步区分质粒DNA中染色体DNA和RNA的污染;估计出质粒DNA分子量的大小;观察质粒DNA三种基本构象的比例;也可用此法纯化DNA及计算出DNA的浓度,是基因工程实验中最常用的实验方法。

2.1.3 学习和掌握用紫外分光光度法测定DNA的纯度和浓度。

2.1.4 学习和掌握限制性内切酶的特性、酶解和琼脂糖凝胶电泳的操作方法。了解限制性内切酶是DNA重组技术的关键工具,琼脂糖凝胶电泳是分离鉴定DNA片段的有效方法。 2.1.5 学习和掌握感受态细胞的制备过程。

2.1.6 掌握质粒的转化方法,学习把体外重组的DNA(即连接反应物)导入受体细胞(感受态细胞),使受体菌具有新的遗传特性,并从中选择出阳性转化子。

2.1.7 学习从转化子中筛选和鉴定目的克隆的方法,掌握菌落PCR和限制性内切酶酶切两种鉴定方法。

2.2蛋白质在大肠杆菌中的大量表达

2.2.1 了解外源蛋白质在大肠杆菌中大量表达的原理和技术。 2.2.2 了解蛋白质原核表达体系的构建原理 2.2.3 掌握表达产物检测原理

3实验材料和仪器

3.1实验材料:

菌种:大肠杆菌DH5α(含20%甘油的LB培养基-35℃保存) ;

大肠杆菌BL21(含20%甘油的LB培养基-35℃保存,已含加载有GLP-1基因的

重组质粒)

质粒:pUC19(Ampr);pET32a 基因:λ噬菌体DNA;

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3.2主要仪器设备:

超净工作台;恒温培养箱;恒温振荡器;恒温水浴锅;微波炉;低温冰箱; 台式高速离心机;漩涡混合器;分析天平;脱色摇床

稳压电泳仪;垂直/水平式电泳槽;紫外-可见光分光光度计;紫外检测仪;SDS-PAGE电泳系统

PCR扩增仪;凝胶成像分析系统 3.3实验器皿:

锥形瓶;试管;烧杯;量筒;三角推棒;培养皿;

tip头;Eppendorf管;微量移液枪(2μl-1000μl);微量进样器(50μl或100μl);一次性手套,牙签。 3.4细菌培养基:

LB液体培养基

蛋白胨 1.0% 酵母膏 0.5% NaCl 0.5% pH 7.5

固体培养基在上述液体培养基中再加入2%琼脂。将已经配制好的液体或固体培养基灭菌后(1.1公斤/ cm2,保温20分钟),加入100mg/ mL的Amp,使其终浓度为100ug/ mL。然后按需要分装。 3.5分子生物学试剂:

RNaseA溶液: 10mg/ mL,0.1M NaOAc pH 4.8, 0.3mM EDTA,80-100℃加热10分钟,自然冷却到室温,分装,-20℃保藏。

DNA Marker;限制性内切酶EcoRI或Hind III;λDNA(线状);质粒纯化Kit;TaqDNA聚合酶,4×dNTP;引物

溶液I:50mM 葡萄糖;25mM Tris-HCl(pH8.0);10mM EDTA 溶液II:0.2N NaOH;1%(w/v)SDS

溶液III:5M KAc 60mL; 冰醋酸 11.5 mL; H2O 28.5 Ml

EDTA溶液(0.5mol/L,Ph8.0):称取EDTA-Na2盐18.6g,先用70mL双蒸水溶解,然后逐渐加入10M的NaOH溶液,边加热边搅拌,同时不断测量pH值,至pH8.0为止,再加入双蒸水定容至100mL。

核酸上样缓冲液:50%蔗糖,0.2%溴酚兰溶液

(1) TBE 缓冲液(Tris-硼酸):89 mM Tris-硼酸;2 mM EDTA(pH8.0)。 (2) 50×TAE缓冲液(Tris-HAc):0.04M Tris-HAc,1 mM EDTA(pH8.0)。 Tris 24.22g,用30mL水充分溶解,加5.7mL冰乙酸,再加入10mL EDTA(0.5mol/L,

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Ph8.0),再用冰乙酸调pH至8.0,加水定容至100mL。

琼脂糖:按所需浓度称取,并用TAE缓冲液配制,微波炉或煤气加热熔化使用。 EB染液替代品:Goldernview 染料

氨苄青霉素(Amp)溶液: 100mg/mL,无菌水溶解

IPTG溶液:诱导用IPTG浓度为1mol/L;涂平板用IPTG浓度为20%(质量体积比),配好后-20 ℃避光保存

X-gal溶液:市售X-gal液体浓度为2%,使用时按需加入适量。 苯酚:氯仿:异戊醇=25:24:1(V/ V/ V) 70%冷乙醇(-20℃保藏)

酶:Hind III;T4 DNA连接酶;Taq聚合酶

普通质粒小提试剂盒(离心柱型):TIANGEN BIOTECH(BEIJING)CO.,LTD 3.6 SDS-PAGE电泳试剂:

储备液

1.2M Tris-HCl (pH8.8),100ml 2.1M Tris-HCl (pH6.8),100ml 3.10%SDS,100ml 4.50%甘油,100ml 5.50%溴酚兰,10ml

工作液 A液:100ml

1.30%丙烯酰胺(29.2g) 2.0.8%甲叉双丙烯酰胺(0.8%)

加蒸馏水至100ml,过滤,棕色瓶避光保存。 B液:100ml

1.75ml 2M Tris-HCl(pH8.8) 2.4ml 10%SDS 1. 21ml H2O C液:100ml

1.50ml 1M Tris-HCl(pH6.8) 2.4ml 10%SDS 3.46ml H2O 过硫酸铵,5ml

0.5g过硫酸铵溶于5ml 蒸馏水。 电泳缓冲液,1L 1.3g

2.14.4g甘氨酸

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3.1g SDS

加蒸馏水定容到1L。

5×上样缓冲液,10ml 1.0.6ml 1M Tris-HCl (pH6.8) 2.5ml 50% 甘氨酸 3.2ml 10% SDS 4.0.5ml 2-巯基乙醇 5.1ml 1% 溴酚兰

染色液, 1L 1.1g考马斯亮蓝R-250 2.450ml甲醇 3.450ml H2O 4.100ml乙酸

脱色液,1L 1.100ml乙醇 2.100ml冰醋酸 3.800ml H2O

其它试剂均为国产分析纯

4实验内容

4.1 DNA重组技术实验内容 4.1.1载体的制备

从大肠杆菌中提取质粒作为运载外源基因的载体。并将提取到的质粒进行琼脂糖凝胶电泳,观察质粒大小、构型和纯度。为作下一步的酶切,连接及转化试验,还必须测定DNA的纯度和浓度。将提取到的质粒用分光光度计检测 260nm、280nm 波长吸光值,可检测质粒纯度并根据吸光值计算出浓度。 4.1.2目的基因的制备

根据已知基因序列,设计两条引物,运用PCR方法扩增出目的基因片断。将扩增片断用琼脂糖凝胶电泳检测,用PCR产物回收Kit纯化PCR产物,为下一步酶切准备。注意,如果是真核基因,应该是用其cDNA序列进行克隆。 4.1.3体外DNA的重组(酶切与连接)

选择合适的两种限制性内切酶对供体(目的基因)和受体(载体)同时进行酶切,产生相匹配的粘性末端,再利用T4DNA连接酶将基因片段与载体连接起来,在体外构建成重组DNA分子。

4.1.4重组DNA分子引入受体细胞

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