单晶的可视化结构解析与精修
之Olex2软件的使用
目录
第1章 前言 1.1 Olex2简介
1.2关于Olex2的安装、引用和更新 1.3 Olex2的图形化界面 1.4 文件的建立 第2章 晶体解析和精修 2.1 前言 2.2 打开结构 2.3 解粗结构 2.4 原子指认 2.5 各项异性精修 2.6 加氢 2.7 精修权重 2.8 历史记录
2.9 结构整理原子重命名排序 2.10其他问题 第3章 无序处理 3.1 无序处理方法 3.2 无序类型及实例 第4章 结构验证及画图 4.1 完善CIF信息生成CIF文件 4.2 结构验证 4.3 生成图像 第5章 总论 5.1 空间群转换
5.2 如何用olex2画叠合图 5.3 解析的合理性 5.4 绝对构型的问题 5.5 解析实例
第1章Olex2介绍
1.1 Olex2简介
Olex2是由英国杜伦大学化学系Dolomanov教授开发的一款具有解析、精修、画图等多功能的可视化单晶解析软件。软件基于Python语言，现在已更新至1.2.7版本。
Olex2具有美观的图形界面，可以用鼠标操作，使用方便快捷。而Shelxtl大多数时候只有一个黑洞洞的屏幕，且需要使用键盘输入命令，略繁琐。Olex2具有方便的数据回滚功能，当进行多次尝试时可以直接回滚，无需手动保存。
Olex2扩展性强，可以方便调用多种解析和精修软件，而且可以直接调用platon。Shelxtl只能使用自带的XS和XL软件。
Olex2自带多种实用工具，如solvent mask和twinning等。 Shelxtl所带的工具较少，仅有Xprep。
Olex2是一个免费且不断更新的程序。本教程意在使大家熟悉Olex2视图画界面并使用该程序。
1.2关于Olex2的安装、引用和更新 1.2.1安装
首先需要到www.olexsys.org网站（这个网站现在需要注册）上下载Olex2的最新版本，推荐下载绿色版本，直接解压缩就可以使用，且32位系统下载32位版本，64位版本下载64位版本。然后将压缩包解压，放置在一个没有中文路径名的文件夹里，如D:\\c\\olex2-win64中。
不推荐使用其自带的解析和精修软件，你需要将Shelxtl软件包中的xl.exe和xs.exe（如果使用Shelxtl2013需要复制shelxl.exe和shelxs.exe）复制到Olex2所在文件夹中，如下图1-1所示。配置完后就可以使用了。
图1-1
如果需要使用Platon，需要去Platon下载platon.zip和pwt.zip，将platon.zip中的platon.exe和check.def复制到Olex2文件夹中，再将pwt安装后的salflibc.dll复制到Olex2文件夹中即可。如下图1-2所示。
图 1-2
其他软件如Sir、jana、SuperFlip等均可被Olex2支持。如果它们已经安装在你的计算机上的话，那么直接打开Olex2就可以使用它们。如果只有一个文件的话，像shelxl.exe一样直接复制到Olex2所在文件夹中就可以使用了。
1.2.2如何引用Olex2
O. V. Dolomanov, L. J. Bourhis, R. J. Gildea, J. A. K. Howard and H. Puschmann.\OLEX2: a complete structure solution, refinement and analysis program\J. Appl. Cryst. 2009,42, 339-341. 1.2.3 Olex2的更新
Olex2可以自动通过互联网更新。点击Help－Update options（图1-3），可以在弹出菜单中选择自动寻找更新频率和关闭自动更新功能。
图1-3
1.3 Olex2 图形化界面
Olex2 本身不是一个结构解析和精修程序。Olex2图形化界面分为以下四个部分:
File Menu Graphics Window Main GUI Panel Command Prompt ①图示化主面板：该面板包含程序的主要特征，它分为四个级联面板对应相应的选项卡。
a. Home：包含主要的信息，设置，教程和新闻。 b. Work：包含三个级联面板– 解析，精修和报告。
c. View：包含结构可视化，对称，几何计算和其它图形工具。
d. Tools：包含创建图形，约束和限制，显示化学信息，加氢，无序模型，显
示电子密度等命令
e. Info：包含关于精修和衍射信息。
②图形窗口：结构模型显示窗口，精修和其它的信心显示在下面。按Ctrl-T可切换结构和文本的出现。
③命令行：在图形下面，可输入命令行。 ④文件菜单:
Olex2的指令和特性在他旁边有个
标识,如果你点击它会显示工具的