① 圆圈中温度因子较小且周围有Q峰的为相对碳较重的原子,在本例中为氧。 ② 点击选中步骤1中相应原子并点击O按钮将其判断为氧。 ③ 点击Refine按钮精修。
④从1开始重复直到所有原子温度因子相近。至此所有原子类型被确定。 ⑤精修至收敛,即shift为0.000。 技巧:
①热椭球较大的是较碳轻的原子或者不存在的原子。热椭球较小的是较重的原子。 键长
②1.5是碳碳单键。1.4是碳氧单键。1.2是碳氧双键。
③数据好时旁边的Q峰往往是氢的位置,可通过氢的个数判断该原子是否为氮或者氧。
④当原子类型指认正确时,精修后R1值一般会下降。
2.5 各向异性
① 把1处钩去掉。
② 点击2处椭球按钮,将原子全部变为各向异性。 ③ 点击Refine按钮精修至收敛。 2.6加氢
① 点击Add H可以给所有需要加氢的原子加氢。 ② 单击可选中加氢不正确的氢,然后按Del可以删除。 ③ 点击Refine按钮精修至收敛。 ④ 重复步骤1直到所有氢被加上。 2.7精修权重
① 在权重处打钩表明开始精修权重。 ② 单击Refine按钮进行精修。 ③ 精修直到权重值变绿且收敛。 2.8结构整理原子重命名排序
① 使用Naming对原子改名。 其中Start表示开始编号,Suffix表示后缀,Type表示原子类型。点击Name按钮出现Mode模式的提示,点击原子进行命名,命名完成后原子进行命名,命名完成后Esc退出Mode模式。 ② 单击Refine按钮进行精修。更新原子名称。
③ 用Sorting对原子改名。分别可选择原子质量、编号、标签等作为排序依据。 ④ 点击Sort按钮进行排序。点击后ins文件自动更新。 2.9 历史记录 ?ú
work£-History
?D?é??μ???μ±?°êy?Yμ???′??ó?aoí??DTàúê23′ì??£2?±?ê??ˉ±£′? ins or res
2.10 其他问题
①除了Shelxs以外,可以使用Shelxt进行结构解析,XT可以自动指认原子类型,十分方便。
②解析快捷键Ctrl+S,精修的快捷键为Ctrl+R。
③下方命令可以输入Fata命令检查原子类型是否有错,结果仅供参考。
第3章 无序处理
3.1 无序处理方法
无序指分子结构或者结构的一部分不符合空间群的对称性或者晶体结构的周期性。
当少数原子温度因子较高时有可能是有无序结构存在,需要进行无序处理,olex2对于无序处理,操作最人性化,简便易学。现以一个简单的例子讲解一下。
图3-1
如图3-1所示,该分子已经基本解析完成了,但是发现苯环上中间的四个原子的温度因子明显高,而且三氟甲基上的氟温度因子也很高。这提示我们这些原子可能因为单键的旋转造成无序,需要进行无序处理。这个时候先删除四个碳原子上的氢,然后选择四个碳原子,再选择Tool Box里Spilt 命令,如图图3-2所示。这时候选中原子高亮显示,如图3-3 所示。鼠标点击并拖动原子移动到Q 峰上,松开鼠标,按ESC返回。这时olex2已经帮我们填好了相应的Part 指令。如果Part后位置需要调整,则选中需要调整的原子,选择Fit 选项,按住SHIFT拖动原子到相应位置后放开SHIFT,按ESC键返回即可。
图3-2