Olex2讲义-审阅版(5)

2019-05-17 19:12

(3)(6)命令表示另外一部分配体三氟甲基在左边,甲基在右边。

该无序产生原因在于配体在配位时无选择,三氟甲基位置任意从而造成无序。 3.2.3末端无序

某化合物末端Q峰较多,原子温度因子高。如图所示。

无法找到原子所在第二位置,只尝试限制1,2键长为1.5,1,3键长为2.5,精修至收敛。 结果如下图所示。

还有某原子热椭球不正常,使用delu 0.001 0.001进行限制。结构如下图所示。

此时结构正常,且没有错误了。 3.2.4 构型无序

(1)在home页面中打开THPP的例子。在solve页面中输入所含元素为C N F,直接使用ShelXT可以直接解出粗结构并指认原子。结构如下。

(2)进行各向异性精修,发现黑框标记的碳原子温度较小,如下图所示。使用olex2自带的“fata”命令进行检查发现该碳原子应为氮原子。

(3)继续精修发现,存在一个峰重为1.1的Q峰,位置如图所示。

(4)该峰与周围原子距离可形成化学键,推测为碳原子的第二位置。使用split命令将之分裂到Q峰位置上进行精修。精修至收敛发现该碳原子非正定,如图所示。

(5)最后加氢精修至收敛发现该碳温度因子又正常了。之前非正定的原因是碳其他方向上U值也会受到氢的影响,加氢后结构正确,温度因子值也会变正确

(6)从最终精修结果来看,该化合物无序的原因是晶体中存在着红框所示的单键和双键混合物。


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