籍以弥补京饷之不足。”本来京饷停止发放而用于赈灾，等各省筹到钱之后再补上。此时的工作重心放在了全力赈灾，修建防洪工程上，这样减少了损失，符合长远利益，但忽视发展海防，这是不可取的，海军衙门军费一直缺少，导致军事实力大打折扣。其实他也知道这样不好，但实在是出于无奈。“窃惟臣部所执掌者，军国之要需也；海军所规划者，筹边之要策也。臣部苟有馀财，必当力辅海军之不足；海军苟无急用，亦当深体臣部之为难。”接着翁同龢给出了具体原因，“今河工续估之奏未来，各省应解之饷已竭，而臣部之库款又如此之万分支绌，臣等辗转筹思，不得不将本年洋药厘金一款，专归臣部拨用。所有海军衙门诸岁拨一百万两之处，俟河工告竣，饷源稍裕，再由臣部奏拨应用。”虽然药厘不能作为海军衙门经费，但拨给南洋、北洋水师经费中有广东等省截留的款项，上年经过户部照数拨给了海军衙门，今年先由户部拨银六十五万两，即“闽海关银二十四万两，镇江关银
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同上
《奏为药厘一项未能提拨海军衙门经费摺》 同上
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二十万两，九江关银十二万两，江汉、宜昌两关银六万两，芜湖关银三万两”，以供海军需要。由此看出在投资方面，翁同龢能善于发现一些能盈利或减少开支的工程项目，但主观上对军事部门的忽视，最终导致清政府逃脱不了割地赔款的命运。
晚清，军饷问题是困扰户部的一个棘手问题，解决好坏直接关系到清政府的存亡。光绪二年，左宗棠出兵准备收复新疆，急需军饷。翁同龢议定“于户部库存四成洋税项下，拨给银二百万两，并准其借用洋款五百万两，各省应解西征协饷提前拨解三百万两，以足一千万两之数。”拨此巨款，户部压力也很大。拨用四成洋税二百万两如何解还户部，只能由户部自行筹拨归款。翁同龢强调西征协饷不得愆期，“协饷愆期而海关病，海关无可弥补，不得不方解部之款，而部库病。”同时他指出西征协饷不能混入各省今年应解新饷数内，必须划清界限，以此来保证财政收入。翁同龢对左宗棠期望很高，在奏章中说道，现在你有
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《奏拨补海军衙门经费片》 《遵议左宗棠出关饷需摺》 《遵议左宗棠出关饷需摺》
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了较充足的军饷，希望能早日成功。左宗棠也确实不负众望，于光绪三年消灭了侵入新疆的浩罕汗国将领阿古柏的军队，收复了新疆大部分地区，维护了祖国统一和领土完整。刘长佑任云南总督时深感云南军饷紧缺，新旧欠饷甚为巨大，早在同治时期，为了清剿回民叛乱，云南欠饷就已很大，回匪平定后，兵乱又起，导致云南长期经济凋敝，陷于困境，于是上奏朝廷“于原协滇饷七省中无论新欠旧欠每月拨定饷银，大省或二万两，小省或一万两，即自奉旨之日为始，作为协滇新饷。”翁同龢等人商议，觉得此法不妥，而应该“按各省积欠之多寡，定每月协拨之数目，庶足以昭公允而免迟误。拟请自本年九月为始，令欠解一百数十万两之浙江、四川两省，每月各酌提银一万三千两；欠解四十馀万两之湖北省，每月酌提银六千两；欠解十馀万两之江苏、广东、湖南、江西四省，每月各酌提银二千两，计每月共解银四万两，即作为协滇新饷。”显然这个方法更科学，根据各省实际欠饷制定不同的筹款额，操作性更强。翁同龢估计如果
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《遵议刘长佑等奏军饷支绌请饬拨协滇新饷摺》 同上
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云南当地设局开捐，捐款比较踊跃的话，再加上协滇新饷，这是一笔很可观的款项。对解决云南长期欠饷问题极为有利。面对新疆整个局势，翁同龢极为忧虑，他于光绪十三年上奏说“窃维理财之要，在量入以为出。??我朝用兵之费，未有如今之多且久，财用窘乏，亦未有如今日之甚者，军兴以来，近三十年，用财曷止万万，出款暗增，入款暗耗。臣等以部库关系根本，储积无多，实难轻予外拨。??协饷究出于民，今则民益困穷矣。”新疆近三十年来所需军饷巨大，主要有西征军饷，伊犁军饷，塔尔巴哈台兵饷，乌鲁木齐军饷。为此翁同龢向皇太后，皇上陈说三条措施：定额饷，定兵额，一事权。饷银，士兵数量都根据实际情况而制定，所谓一事权，就是淘汰一部分冗官，将权力集中在一个人手里，这样做在处理饷银，筹集军饷问题上更有利，减少了不必要的麻烦。翁同龢提出的这三点意见在他筹集军饷的做法中多有体现，应该说是比较合适的。在财政支出大于收入的情况下，这样做无疑缓解了收支差距。光绪十四年，陕甘总督谭钟麟上奏请求催促四川、江西欠饷以济新疆遣撤勇丁之费，“新疆抚臣旧欠勇饷，请拨部款，以资裁汰老
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《统筹新疆全局疏》
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勇，改营为旗。”翁同龢马上采取措施，“现据陕甘总督奏催迅速补解，相应请旨饬下四川总督、江西巡抚，严饬各该藩司，将丁亥年（1887）应行带解甘肃新饷，务于本年三月以前赶紧如数筹拨，戊子年（1888）应行带解之款，一并提前照数解清，毋得任意宕延，致干参处。”新疆要裁掉老兵，定兵额，急需用钱，而四川、江西欠饷一直不到，作为陕甘总督也是万分焦急，户部根据实情，让两省分两批送饷，不得拖延。所谓的甘肃新饷，指的是甘肃关内外各军饷银，合旗、绿、勇营，每年共指拨银四百八十万两。这笔款项具体是由多个省份摊派的，分别是：山西省银八十四万两，河东道银五十二万两，河南省银六十一万两，陕西省银二十万两，湖北省银三十三万两，湖南省银三十六万两，四川省银九十八万两，闽海关银二十万两。翁同龢面对这笔较大款项提出分三次解清，“请旨饬下两江、湖广、四川、闽浙各总督，福州将军，山西、河南、陕西、湖北、湖南、江苏、安徽、江西各巡抚，转饬各藩、运、司、道、监督等一体遵照，截至光绪
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《速议谭钟麟奏请饬催四川江西欠饷摺》 同上
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