(3) 选择Plain background按钮，然后点Colour按钮，出现颜色选择框； (4) 选择一个新的颜色，在Preview长方形中显示预览； (5) 点击Apply完成设置； (6) 关闭Model Options窗口。
旋转晶体
Crystalmaker允许使用鼠标进行晶体旋转： (1) 点击晶体结构；
(2) 点击工具面板中的旋转工具
；
(3) 把鼠标移至结构上，光标变为一个开放的手，表明是可以旋转的； (4) 点击并按下鼠标，光标变为一个握紧的手；
(5) 始终按下鼠标，在屏幕内缓慢的移动，晶体随之旋转；
为了控制旋转，我们需要了解鼠标是如何相对于屏幕旋转轴移动的。Crystalmaker使用了一组正交轴，标记为XYZ。这与晶体学的坐标不同。
Crystalmaker的屏幕坐标轴相对于屏幕保持不变：X轴从左到右；Y轴从下到上；Z轴从屏幕里到外：
绕X轴旋转： 上下垂直移动鼠标
绕Y轴旋转： 左右水平移动鼠标
绕Z轴旋转：
按住shift键，瞬时针或逆时针拖动鼠标
指定旋转角度：
鼠标旋转虽然有用，但不精确。我们需要使用工具面板上的旋转工具，对晶体沿Z轴精确旋转30度：
(1) 在旋转面板上会显示一个默认旋转角度，这个角度可以在下拉菜单中进行选择； (2) 点击角度，选择30；
(3) 点击+Z(或者按数字键盘上的1或9)。晶体绕Z轴进行旋转。
定义观察方向
另一种改变晶体位向的方法是定义一个晶体学观察方向，即在晶体内定义一个方向，让其平行于Z轴。
可以通过以下两种方法定义观察方向： (1) 晶向坐标[UVW]；
(2) 晶面坐标(hkl)，(hkl)为晶面的米勒指数。
让我们从[111]晶向观察尖晶石晶体：
(1) 选择Transform > Set View Direction，显示窗口：
(2) 确保Lattice Vector按钮被选择； (3) 在三个数值框中都输入1； (4) 点击OK；
晶体会沿[111]方向重新画出。
改变晶体模型
Crystalmaker中提供六种模型结构：Ball and Stick，Space Filling，Polyhedral，Wireframe，Stick and Thermal Ellipsoid。
对于每种模型，用户都可以选择是否显示：单胞外形，轴矢量，表面覆盖 不同的模型可以在Model菜单中选择。
渲染模型
目前位置结构在Crystalmaker中显示彩色模型。如果用户想要预览灰色的激光打印效果，可以选择Greyscale模型得到高质量的灰色效果。
另外，对于要在期刊上发表的图片，Black & White模型会比较合适。 使用Rendering菜单，可以在不同的渲染效果之间进行切换。
改变原子样式
现在我们开始研究原子的样式
(1) 在Model菜单中选择Ball-and-stick； (2) 选择Model > Model Options；
(3) 点击Atoms显示Atom Options面板。 列表中显示了非对称单元中所有位置，按元素排列。用户可以打开或关闭原子组来显示单个位置。每个原子和位置都对应有原子球、热椭圆体和多面体样式。 点击选择一个新的原子样式。 (4) 实验不同的原子样式； (5) 点击Apply完成设置。
改变化学键样式
我们可以为不同的化学键选择不同的样式。
(1) 点击Model Options中的Bonds，出现原子键列表，包括Al-O键和Mg-O键以及它们的原子键样式和颜色；
(2) 编辑Al-O键样式，点击原子键样式下拉菜单，选择一个新的样式； (3) 点击Apply按钮完成设置。
改变多面体样式
下面，我们给予尖晶石晶体中不同Mg和Al位置以不同的多面体样式。 (1) 选择Model > Polyhedral命令；
(2) 选择Model > Model Options命令打开Model Options窗口； (3) 点击Atom显示Atom Options面板；
(4) 定位Al元素行，在多面体栏上点击并按住鼠标，出现多面体样式下拉按钮； (5) 选择Stripe-Fill Solid；
(6) 点击Mg多面体栏，从下拉菜单中选择Plain Solid 样式； (7) 确保氧多面体样式为Blank，出现一个红色十字； (8) 点击Apply完成设置，出现类似以下的图片：
使用位置浏览器
位置浏览器显示了晶体中所有的位置，按照原子类型排列。用户可以改变单个位置的颜色，或者隐藏、标注位置。 改变原子颜色：
(1) 确保结构是以colour model(Rendering > Colur)或Ball&Stick model (Model > Ball&Stick)模式显示；
(2) 如果位置浏览器不可见，先使window Sidebar 可见(Window > Show Sidebar)，并确保这包含Site Browser(Window > Sidebar > Site Browser)； (3) 定位Al元素行，点击颜色按钮，出现颜色选择框； (4) 选择一个新的颜色。
按类型孤立原子
(6) 移至Site Browser，定位O元素行；
(7) 第三列“Vis”包含复选框，表示是否显示原子或元素。点击氧元素后Vis复选框隐藏所有氧元素：