(1) CSD Crystalmaker Covalent Radii; (2) CPK Covalent Radii; (3) CPK Van-der-Waals Radii
编辑元素原子的颜色和半径
选择Edit > elements，可以对元素表中元素的颜色和半径进行编辑。
加载不同的元素表：
(1) 在Element Set中选择元素表
(2) 点击Import按钮，就会显示要加载的文件。
保存自定义元素表： (1) 单击Export；
(2) 设定文件名和存储位置，然后完成保存。
编辑已经存在的元素定义： (1) 选择要编辑的元素行；
(2) 点击Radius，输入新的数值，按回车返回； (3) 点击Colour，选择新的颜色； (4) 点击Apply完成编辑。
显示位置浏览器，方法有二：
(1) 选择window > Sidebar > Site Browser命令； (2) 选择Window > Palettes > Site Browser。
改变原子半径：
(1) 选择要编辑的原子； (2) 点击radius；
(3) 输入新的数值，按回车返回。
改变晶体位置的颜色： (1) 选择位置行；
(2) 点击位置颜色按钮，选择一个新的颜色。
改变相同化学元素位置的颜色： (1) 选择化学元素行；
(2) 点击化学元素行颜色按钮，选择一个新的颜色。
重设颜色和半径到默认值：
(1) 在位置浏览器中右键单击显示背景菜单； (2) 选择Apply Default Settings命令。
添加注释
在注释面板中可以添加有关结构的信息，同时，可以对字体，字体颜色进行选择。
显示注释面板：
选择Window > Show Notes。
隐藏注释面板：
(1) 选择 Window > Sidebar > Notes。 (2) 点击Notes按钮(Mac中)。
指定默认文本设置：
(1) 在注释面板中，右键显示菜单； (2) 选择Default Text Options命令。
保存晶体
(1) 以Crystalmaker 二元格式存储。使用File菜单中的Save或者Save As命令； (2) 以Crystalmaker 文本格式存储。选择File > Export > Crystalmaker Text命令。
第四章 构建分子
本章介绍了如何使用CrystalMaker创建新的分子（或原子团）。它还介绍了一些原子互动操作的工具：这些为设计新的结构和建立缺陷提供极大的灵活性。用户可以使用这些工具来编辑晶体或者把晶体转换为 “分子”进行广泛和互动的操作。
构建新分子
构建新分子的两种方法：
(1) 在文本文件中输入原子数据(具体见第10章)
(2) 在CrystalMaker中，选择File > New Molecular命令
输入数据
选择File > New Molecular命令创建新分子，或者选择Edit > Structure命令编辑已经存在的分子。分子编辑对话框如下：
列表中显示了位置标注、坐标和占位率。 如何在列表中添加新原子： (1) 点击Add;
(2) 输入原子标注，最多六位符号； (3) 输入x, y, z的坐标； (4) 输入原子的化学占位率
如果原子位置有序，输入元素符号；如果原子位置无序，输入元素符号以及它们的占位率(就像化学式)，占位率总和最大为1 (5) 点击Return完成编辑。
如何编辑已经存在的原子： (1) 点击想要编辑的项目；
(2) 输入新的数值，点击Return完成编辑。
如何删除原子： (1) 点击选择行； (2) 点击Remove。
生成化学键和多面体
要显示原子键的化学键以及配位多面体，必须定义原子间的键合。有以下三种方法： (1) 在Edit Bond Bonding中指定键合的要求(具体见第3章)； (2) 选择Transform > Generate Bonds命令；
(3) 使用Add/Delete Bond工具定义单独的化学键。
化学键的自动生成
Generate Bonds Now命令是在一个大分子中生成化学键的最方便的途径。Crystalmaker会搜索总半径15%范围内的原子并相应的生成化学键。另外，关于化学键的信息会拷贝到Wdit Bonding中。
如果原子半径太小的话，Generate Bonds Now命令不能找到全部的化学键。由于Crystalmaker的默认设置为无机物，因此对有机物而言，这显得尤为重要。
如果用户的研究主要是无机物晶体或分子，应该使用Edit > Elements命令加载相关的原子半径数值，然后存储为默认值。
手动生成化学键
用户使用工具，可以创建或删除单个化学键。
如果两个选定原子之间没有化学键，使用这个工具会生成化学键；如果已经存在化学键，使用这个工具会删除化学键。
对于大分子，按住shift健，点击工具，Crystalmaker为搜索并生成类似的化学键。
编辑原子
Crystalmaker有一些强大的工具在分子结构中进行原子水平的操作。用户可以选择、移动、旋转、复制或者删除单个原子或者原子团，也可以直接编辑选定的原子。
选择原子
如果只想对晶体的部分进行操作，用户就需要选择这些原子。选定的原子以黄色或红色的光环标注，可以存储到文件。
选定单个原子： (1) 在工具面板中选择
；
(2) 点击想要选择的原子；
(3) 按住shift键，点击选择其他原子。
选择矩形范围内的原子：
(1) 在想选择区域的一角，点击并按住(2) 拖动鼠标选择一个矩形区域； (3) 释放鼠标，选择的原子就会加亮。
选择不规则图形范围内的原子： (1) 在工具面板中选择
；
；
(2) 点击定义选择区域的第一个点，释放鼠标； (3) 继续定义围绕原子的点；
(4) 最后再次点击开始点，完成区域选择，选择区域内的原子就会加亮。
选择圈形区域的原子： (1) 在工具面板中选择
；
(2) 点击并拖动鼠标，定义一个圈形区域； (3) 释放鼠标，区域内原子加亮。