生物化学BIOCHEMISTRY(5)

2019-06-11 08:36

速度可以用单位时间内、单位体积中底物的减少量或产物增加量,反应速度的单位:浓度/单位时间。一般用最大反应速度来衡量酶的活性 (2)酶的活力单位:

定义:一般指25?C,最适pH和底物浓度条件下,1分钟内能转化1?mol底物的最低酶量。 酶的比活力:每毫克酶蛋白所具有的酶活力单位数,称酶的比活力(U/mg蛋白质) 酶的转化数,每秒每酶分子,转化底物的微摩尔数kcat 酶的分类与命名: (1)习惯命名法:(缺点:命名重复严重,难以统一) ①依据底物命名:底物+“酶”,e.g. 淀粉酶、蛋白酶 ②来源+底物+“酶”: e.g. 唾液淀粉酶、胃蛋白酶 ③反应性质+“酶”: e.g. 转移酶、氧化酶

④底物+反应性质+“酶”: e.g. 琥珀酸脱氢酶、谷丙转氨酶 (2)系统命名法:(缺点:酶名太长,不便于记忆、书写、交流。“识繁写简”) ①底物+反应性质+“酶”

②列出全部底物,用“:”分隔

③反应性质按标准分类,出现同一底物同类反应时区分参与反应的基团 ④必要时列出反应的产物 酶的标准分类:

? 氧化还原酶类:脱氢酶、氧化酶

? 转移酶类:在底物之间交换或转移基团 ? 水解酶类:催化底物加水分解

? 裂合酶类:催化底物失去或添加基团 ? 异构化酶类:催化同分异构体的相互转化

? 连接酶类:与ATP分解相偶联,催化两个底物合成一个产物的反应 酶学编号:

? “EC”+酶大类编号+亚类底物编号+亚亚类号+序号 ? 之间用“.”分隔

? 可以通过酶学手册查出对应的标号。 酶的应用: (1)抗体酶

具有酶催化活性的抗体:利用目标底物作为半抗原,免疫动物获得抗体,筛选或改造抗体,获得有催化活性的抗体

应用价值:专一性破坏病原体或病变组织(包括血凝块、血栓、硬化斑块等);制药中的立体异构筛选;蛋白质结构分析、 (2)酶工程:

定义:用工程学的手段和方法,改造酶或酶制剂,应用与生产的过程。 目前有化学酶工程和生物酶工程。

化学酶工程:天然酶;化学修饰酶;固定化酶;人工模拟酶 生物酶工程:基因工程大规模生产酶制剂(克隆酶);基因修饰酶(突变酶);全人工设计的新酶。

酶促反应动力学: 米氏方程的导出

(1)酶促反应的中间产物理论与“稳态平衡”假说:酶促反应可分为两个阶段,第一步:酶与底物形成中间产物;第二步:中间产物分解,形成产物,并释放游离酶。两步反应都是可

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逆的。各自具有反应平衡常数k1、k2、k3、k4。酶促反应处于稳态时,酶-底物中间产物的量相对稳定

(2)米氏方程:由中间产物理论可以得出酶促反应速度与底物浓度之间的关系。米氏方程的近似假设:底物浓度远大于酶浓度;稳态迅速建立;产物生成后立刻与酶分离;反应平衡倾向于底物?产物。 米氏方程:

(一)米氏常数的意义:

(1)Km是酶的一个特征性常数:其物理意义为酶反应速度达到最大反应速度一半时的底物浓度,单位为mol/L。只与酶的性质有关,与酶浓度无关。在固定的底物,一定的温度和pH条件下,一定的缓冲体系中测定的,不同条件下具有不同的Km值

(2)可近似地表示酶与底物的亲和力:Km越小,表示酶与底物的亲和力越大;Km越大,表示酶与底物的亲和力越小

(3)如果一个酶有多个底物,则每个底物有一个对应Km, Km最小的底物是该酶的最适底物

(4)若已知Km ,就可计算出在某一底物浓度时,vo相当于vmax的百分率,如[S]=3 Km则v0=0.75vmax

(5)在可逆反应中,两个值中最小的反应方向是该酶促反应的主要方向 (6)如果代谢途径各酶的Km值已知, Km值最大的酶是限速酶 (二)Km与vmax的确定:

双倒数作图(Lineweaver-Burk法):将米氏方程两侧取倒数,可将方程形式转变为直线;该直线在纵轴上的截距为1/ vmax;直线延长线与横轴交点为-1/ Km;作图方便,但存在点分布不好的缺陷。

v- v/[S]作图(Eadic-Hofstee法):将米氏方程改写成V与V /[S]的函数,方程形式为一直线;直线斜率为- Km;横轴截距为: vmax/ Km

(三)多底物的酶促反应:依次反应机理;随机反应机理;乒乓反应机理;动力学问题 酶抑制剂的反应动力学:

酶的失活与酶的抑制:因为变性因素而引起酶活性的丧失,称失活作用。一些物质与酶结合不引起酶蛋白变性,而导致酶活性的下降,称抑制作用,这些物质称抑制剂。 抑制剂的类型:

①可逆抑制剂:抑制剂与酶以非共价键结合;能用透析、超滤方法除去抑制剂,使酶的活性恢复;可分为竞争性抑制、非竞争性抑制、反竞争性抑制。

②不可逆抑制:抑制剂与酶以共价键结合;不能用透析、超滤方法除去抑制剂;酶的修饰抑制

可逆抑制剂的抑制原理与反应动力学:

(1)竞争性抑制:抑制剂与底物相似,可以竞争性地与酶的活性中心结合。增加底物的浓度可以解除抑制。抑制剂不影响酶促反应的最大反应速度,但减弱酶与底物的亲和性,提高Km

(2)非竞争性抑制:抑制剂与底物不相似,抑制剂是与活性中心外结合位点结合。可形成酶-抑制剂—底物三元复合物。不改变酶与底物的亲和性,Km不变;但会引起最大反应速度下降

(3)反竞争性抑制:酶与底物先结合,然后再与抑制剂结合。稳定酶与底物的复合物,抑制产物释放。增加酶与底物的亲和性, Km下降;最大反应速度下降。 三者的区别总结:

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不可逆抑制剂的作用:

作用特点:“全或无”的抑制方式;增加酶量可以解除不可逆抑制剂的影响 不可逆抑制剂的类型

? 有机磷化合物:作用于Ser、Thr羟基

? 有机汞、有机砷化合物:作用于含巯基的酶(包括辅酶、辅基) ? 氰化物、CO等:与Fe2+ 结合,抑制细胞呼吸相关的酶 ? 烷化剂:碘乙酸等,使巯基烷化

? Kcat型不可逆抑制:某些物质本身不具有抑制剂功能,但被酶催化发生反应后,转变为不可逆抑制剂,称为Kcat型不可逆抑制,也称“自杀性底物” 影响酶活性的其他因素:

(1)温度 酶活性与温度的关系

酶的温度范围与最适温度

(2)pH

酶活性与pH的关系 酶的最适pH

(3)酶的激活剂

凡能增强酶活性的物质称为激活剂

必需激活剂:激活剂与酶结合后酶才有活性

非必需激活剂:激活剂与酶的结合使酶活性由弱变强 包括:金属离子、阴离子、有机小分子

酶(II)——酶促反应机理与活性调节

酶促反应的专一性机理: 酶的活性中心:

? 存在于酶分子表面的具有结合和催化底物形成产物的空间区域 ? 活性中心=结合基团+催化基团

? 必须基团=结合必须基团+催化必须基团+活性中心外必须基团 ? 结合部位决定酶的专一性

? 催化部位决定酶所催化反应的性质 ? 活性中心在一级结构上不具有连续性 ? 酶活性与活性中心的高级构象关系密切 ? 底物与酶的结合一般是非共价的 研究酶活性部位的方法: (1)化学修饰法:

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? 用某些化学试剂与酶分子侧链基团以共价键结合,观察酶的活性改变,以确定活性中心的氨基酸残基

? 如果共价修饰后酶活性不受影响,则修饰的氨基酸残基不是活性中心内的;如果酶活性丧失或降低,则修饰的氨基酸残基可能位于活性中心内

? 修饰剂浓度与酶失活或降低的程度是否成正比,如果成正比,则修饰位于活性中心内 ? 底物或可逆抑制剂与酶鲒合后能否再被修饰剂共价修饰,如果能被修饰,则修饰部位不在活性中心内

(2)定点诱变法:

? 对于氨基酸或基因序列已知的酶,用改变氨基酸残基的方法确定活性部位的方法 ? 如果被代换的氨基酸不影响酶的活性,则该位置的氨基酸残基不是必须基团

? 如果被代换的氨基酸使酶活性丧失或降低,则该位置的原有氨基酸残基是必须基团 ? Vmax不变,Km值升高,该位置氨基酸为结合基团 ? Vmax降低,Km值不变,该位置氨基酸为催化基团 ? 酶活性完全丧失,该位置氨基酸为必须基团 (3)辅酶、辅基连接法:

? 辅酶、辅基一般连接于活性中心

? 对于共价连接的辅基,变性后仍然与原Aa相连

? 非共价结合的辅酶,可以共价交联剂,将其与周围Aa交联,进而研究比邻关系 酶促反应的专一性机理: 酶专一性分类:

结构专一性:绝对专一性、相对专一性(基团专一性、族专一性、键专一性) 立体异构专一性:旋光异构专一性、几何异构专一性 诱导契合假说:

当酶活性中心与底物相互接近的时候,酶和底物之间相互诱导,使彼此的构象发生有利于相互结合的变化,酶与底物在此基础上互补契合,进行反应

动力学原理:诱导契合比简单的刚性契合“模板”假说更能解释酶的催化高效性

主要证据:酶的活性取决于活性中心的构象;活性中心构象比其他部分更容易发生变化,这与酶—底物的诱导契合相一致;X-衍射的结果显示:酶活性中心结合底物之前,和结合底物之后的构象有较大的变化。

在大多数情况下酶分子要比底物分子大,所以一般构象改变以酶为主。 酶促反应的催化原理: 常见的催化机理: ? 邻近定向效应 ? 形变与张力 ? 共价催化 ? 酸碱催化

? 酶活性中心是低介电区域 几个酶的催化实例: ① 溶菌酶 ② 丝氨酸蛋白酶家族:活性中心包含Ser催化基团:胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、弹性蛋白

酶、凝血酶、纤溶酶 ③ 天门冬氨酸蛋白酶家族:活性中心包含2个Asp催化基团:胃蛋白酶、凝乳酶、肾素、

HIV-1蛋白酶 酶活性调节:

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酶的别构调节效应:

(1)别构酶:某些酶分子在活性中心外存在另一配体的结合部位(别构部位)称为别构酶;由多个亚基构成,有四级结构;不遵循米氏方程

(2)别构调节剂:能与别构部位结合的配体称别构效应剂,具有别构效应的酶称别构酶。别构效应有别构激活(正协同效应)和别构抑制(负协同效应)两种。代谢底物经常是别构酶的别构激活剂,代谢产物往往是别构抑制剂 (4)别构酶的动力学曲线及其意义:

正协同效应,S型曲线,在较小的底物浓度变化范围内产生较大的反应速度差异,实现对酶促反应的有效控制

负协同效应,与米氏方程类似,但表现出低浓度对底物浓度依赖性较大,高浓度则对底物浓度不敏感

(5)别构酶的动力学模型: 齐变模型, MWC模型 序变模型,KNF模型

(6)反馈调节与别构酶: 连续代谢过程的反馈调节 限速酶(别构酶) 效应物

共价调节酶:

定义与特点:可以通过共价修饰改变活性的酶称共价调节酶。在修饰过程中,酶的活性在无活性(或低活性)与有活性(或高活性)两种状态中改变。共价修饰的互变是由不同的酶催化的。属于酶活性的快速调节。由激素信号启动的共价修饰会引起级联放大效应 常见调节方式:磷酸化与去磷酸化;甲基化与脱甲基化;腺苷化与脱腺苷化;—SH与—S—S—互变

动力学改变:满足米氏方程;修饰前后,Km、Vmax将发生改变。

酶原的激活:定义:许多酶在体内存在无活性的前体形式,称酶原;酶原转变为有活性的酶的过程称酶原的激活

常见形式:切去多余的肽段。与共价修饰相比最大区别在于不可逆

生物学意义:酶的储存形式;肌体自我保护;对外界刺激快速反应;增加基因表达后调控的形式

实例:消化酶的激活;凝血过程。 酶的其他调节方式: (1)多酶体系

? 连续的代谢反应链的若干催化酶相互聚集在一起,形成一个反应链体系,称多酶体系 ? 可分为:可溶性的、结构化的、在细胞结构上有定位关系的三种。 ? 多酶体系的自我调节:终产物的反馈调节

? 限速步骤:多酶体系总速度取决于其中反应速度最慢的一步,称限速步骤。 (2)同工酶

? 催化同一种化学反应,但酶蛋白的分子结构组成却有所不同的一组酶。 ? 乳酸脱氢酶(LDH):4个亚基构成、有两种不同的亚基类型(H、M),形成5种不同的同工酶,它们对底物的Km值是不同的。

? 生物意义:代谢调控;遗传分化;疾病治疗

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