关于高等教育学学科发展的学科性质问题，一是要坚持高等教育学是一门应用性学科，也需要开展基本理论研究。早在学科建立之初，学科创始人潘懋元先生指出，“高等教育学主要是一门应用学科，而且是一门综合性很强的应用性学科……它还要同时进行一部分基础理论研究”。〔14〕托尼·比彻将学科分为“纯硬学科”“纯软学科”“应用硬学科”“应用软学科”，而高等教育学与法学、行政管理学等应用社会科学一起，隶属于“应用软科学”，其特质是“实用性、功利性；注重专业(或半专业)实践；在很大程度上使用个案研究和判断法；研究成果为规约或程序的形成。〔15〕正是“应用”这一学科职能定位，使高等教育学致力为我国高等教育改革与发展建言献策、解决现实问题。在当前的知识社会，知识的“有用性”价值追求十分凸显，成为现代学科是学科发展的主流范式。现代学科的特征是强调社会需求和服务实践的有用性。无论是政府还是学术团体的资源投入，都追求学科的应用性、知识的实用性和满足社会需求。如果高等教育学科无视国家需求、社会需求，学科发展就犹如逆水行舟，事倍功半。除此之外，“应用”研究也是高等教育学理论研究的问题来源。我们不否认可以依靠理论推演来生成新的理论问题，但更多问题来源于实践。从实践出发、服务实践的理论研究才是有生命力的。另外，作为一门学科，高等教育学需要形成理论体系。作为体系大厦的内核是围绕着高级专门人才和提高高等教育质量而构成的知识结构，即便该学科的理论体系是松散型的、非结构紧密型的，但内核圈的知识建构是不容回避的重要任务。故而，需开展基本理论研究，完善理论内核。基本理论研究和基本理论体系建设是高等教育学科永葆生存和发展力的基础，必须予以重视。
二是要深刻认识高等教育学的应用充满着复杂性。高等教育学的理论对实践发挥指导和改造作用并非理论自然而然的演绎与应用。这一过程充满着复杂性。潘懋元先生指出理论发挥指导作用要受到制约，“一是规律的抽象性、一般性与实践的具体性、特殊性的矛盾，从一般的规律到具体的实践，中间有许多环节，如果忽略了这些中间环节，规律就成为空洞的教条；二是规律的客观性和实践的主观性之间的矛盾，人们在将客观的规律转变成原则、政策制度时，会有主观性；三是规律的存在是无条件的，规律的应用是有条件的。〔16〕”这三条理由基本囊括了高等教育学有时不能发挥应用功能的原因。现实中，有人批评高等教育学的理论应用性不足，要么是人们对理论应用条件的认识过于简单化，忽视了理论到实践的转化需要经过“理论—政策—方案—实施”等系列环节；要么是对理论的理解不到位、不充分，不了解理论因时、因地、因人、因事而具有不同变化和型态；要么是错误认为理论指导实践是没有条件，拿来用即可。更何况，在高等教育学理论指导实践这一问题上，当前还有一种情况更为普遍，即高等教育学的理论不受欢迎。因为大学教授往往是各自学科的专家，大学管理者更是自诩深谙大学的管理，教授们、管理者们更相信自己的“经验”“智慧”“眼界”而非高等教育理论。褚宏启教授曾撰文指出“真正的教育创新并不容易，不要轻言、妄言自己所为就是教育创新；不要迷信教育创新，有些教育创新并不必要；有用比新颖更重要，有用不新颖的老做法比新颖无用或者新颖有害的新做法更有价值；拿来主义并不丢人，凡事都想与众不同反而可笑。〔17〕高等教育实践中的问题、难题依靠已有的高等教育理论其实大多数是能够解决的，只是要将理论切实坚守和不折不扣实施却相当困难或复杂。或许说，在高等教育实践中，我们缺乏的是坚守理论可以指导实践的信念和应用理论所需要的条件，而并非真的缺乏必要的高等教育理论，更非高等教育理论“无用”。
三、高等教育学发展的现实难题及未来建议
如前所述，当前高等教育学面临社会建制的生存性危机。除此之外，这门学科发展还存在发展障碍。
(一)偏好宏观研究，轻视微观研究
我国高等教育学的产生是应一线教育教学实践需要而生的。如高级专门人才如何培养、专业和课程如何建设等问题在传统教育学理论中难以找到答案，无法指导实践，故老一辈学者潘懋元、朱九思、薛天祥等先生发起建设高等教育学科才一呼百应。但高等教育学建立之后，研究倾向偏好宏观研究与政策研究，忽视微观研究。有研究者以2004～2014年我国CSSCI数据库收录的5258篇高等教育研究主题的文献为样本分析，结果发现高等教育改革、高等教育质量、高等教育公平、高等教育学、外国高等教育、高等教育大众化、民办高等教育等7个主题是研究热点〔18〕。很明显，这些研究主题都偏向宏观研究与政策研究。造成这种情况的原因一是与政府偏爱实用型的政策研究、问题研究导向有关，而这两类研究都是偏向国家立场和宏大叙事；二是“高、大、上”的宏观研究能给学者带来更多声望，而从事教育教学类等微观研究被认为“小菜一碟”，难以带来卓越声望；三是学术期刊偏好宏观研究成果而不好微观研究成果，起到了推波助澜的作用。但是，高等教育学建立的初衷是为了解决大学如何培养人才以及如何办学的问题，高等教育学应不忘初衷、砥砺前行，而非好“大”喜功。“忽略甚至无视对大学生的学习经历、学习投入、学习质量的研究，忽略甚至无视对课程、教法的研究，忽略甚至无视对第一线从事教学、教育管理者的研究与影响，根本无助于中国高等教育的创新发展与质量提升。”〔15〕在我国教育强国和教育现代化建设的时代背景下，高等教育内涵式发展成为时代强音，这需要在微观层面的教学实验、教师发展、学生学习、课程设计、院校管理等方面着力改革。为此高等教育学应调整方向，聚焦这些微观主题研究，为解决实践问题服务。
(二)实证研究的异化和研究导向的误构误判
为了证实学科的科学性、客观性，高等教育学一直力图通过实证研究来自我证明，再加上实证研究在国内刚刚起步，因此近些年实证研究被大力提倡。但当前实证研究存在以下两点问题：一是为实证研究而实证研究，即研究的目的是为了建构某一模型或者证明研究过程和方法是科学严瑾的，但得出的结论完全是常识，甚至是不证自明的观点。也就是说，实证研究偏离了研究的本意，研究的形式追求成为旨归，而研究结论的目的性追求则被冷落、忽视；二是出现了力倡实证研究而将思辨研究打入冷宫的倾向。然而，没有思辨的参与，只有数据堆砌实则也很难有高质量的研究成果，更不要说有原创性发现。高等教育研究出现了言必称实证方法的倾向，这种异化应引起注意。